# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fg00613.fasta.huge -Q ../query/KIAA1022.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1022, 1131 aa vs ./tmplib.24314 library 1986374 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.9785+/-0.0105; mu= -14.8539+/- 0.709 mean_var=483.0347+/-114.112, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.058356 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1650 ( 797 res) hk02174 ( 797) 628 68.0 6.2e-12 >>KIAA1650 ( 797 res) hk02174 (797 aa) initn: 1059 init1: 379 opt: 628 Z-score: 306.1 bits: 68.0 E(): 6.2e-12 Smith-Waterman score: 1329; 35.610% identity (58.119% similar) in 893 aa overlap (279-1128:4-794) 250 260 270 280 290 300 KIAA10 YSRNAGPQANFRNKRGQMPENPYSEVGKIASKAVYVPAKPARRKGMLVKQSNVEDSPEKT : ....:.:: :::. :::: .:::. :.. KIAA16 GAFSASLFAPSKPQRRKSPLVKQLQVEDAQERA 10 20 30 310 320 330 340 350 360 KIAA10 C---SIPIPT--IIVKEPSTSSSGKSSQGSSMEIDPQAPEPPSQLRPDESLTVSSPFAAA . : : ...::: . : : .: : . :. :. ..: KIAA16 ALAVGSPGPGGGSFAREPSPTHRGPRPGG----LDYGAGDGPG-------LAFGGP---- 40 50 60 70 370 380 390 400 410 420 KIAA10 IAGAVRDREKRLEARRNSPAFLSTDLGDEDVGLGPPAPRTRPSMFPEEGDFADEDSAEQL : ..:: ::: :: : .::: :: : : :: KIAA16 --GPAKDR--RLEERRRSTVFLS-------VG-------------------AIEGSAP-- 80 90 100 430 440 450 460 470 480 KIAA10 SSPMPSATP-REPENHFVGGAEASAPGEAGRPLNSTSKAQGPESSPAVPSASSGTAGPGN .. .:: : : .....: ..: ::: : : ... .: : . : : .: .. KIAA16 GADLPSLQPSRSIDERLLG----TGP-TAGRDLLLPSPVSA--LKPLVSGPSLGPSG-ST 110 120 130 140 150 490 500 510 520 530 KIAA10 YVHPLTGRLLDPSSPLALALSARDRAM--KESQQGPKG-EAPKADLNKPLYIDTKMRPSL ..:::::. :::::::::::.::.::. . ...: ..: :: ::..:.. : KIAA16 FIHPLTGKPLDPSSPLALALAARERALASQAPSRSPTPVHSPDADRPGPLFVDVQARDPE 160 170 180 190 200 210 540 550 560 570 580 590 KIAA10 DAGF--PTVTRQNTRG---PLRRQETENKYETDLGRDRKG-DDKKNMLIDIMDTSQQKSA ... :. . .. : ::. . : .::. .:::.:.....::: :. : KIAA16 RGSLASPAFSPRSPAWIPVPARREAEKVPRE-----ERKSPEDKKSMILSVLDTSLQRPA 220 230 240 250 260 270 600 610 620 630 640 650 KIAA10 GLLMVHTVDATKLDNALQEEDEKAEVEMKPDSSPSEVPEGVSETEGALQISAAPEPTTVP ::..::... . . : .: : :. .:. : . . : : : .: KIAA16 GLIVVHATSNGQEPSRLGGAEE--ERPGTPELAPA--PMQSAAVAEPLPSPRAQPPGGTP 280 290 300 310 320 660 670 680 690 700 KIAA10 GRTIVAVGSMEEAVILPFRI--PPPPLASVDLD--EDFIFTEPLPPPLEFANSFDIPDDR . . . :: :: : : . :: :.: : . :.. .::: ::::. . KIAA16 ADAGPGQGSSEEEPELVFAVNLPPAQLSSSDEETREELARIGLVPPPEEFANGVLLATPL 330 340 350 360 370 380 710 720 730 740 750 760 KIAA10 AASVPALSDLVKQKKSDTPQS-PSLNSSQPTNSADSKKPASLSNCLPASFLPPPESFDAV :. : .: . :: :..:. :. : : ::: . KIAA16 AGPGP------------SPTTVPSPASGKPS----SEPP------------PAPES---A 390 400 410 770 780 790 800 810 820 KIAA10 ADSGIEEVDSRSSSDHHLETTSTISTVSSISTLSSEGGENVDTCTVYADGQAFMVDKPPV ::::.::.:.::::: :::::::::::::.::::::.:: .:: : .:::..:...:::: KIAA16 ADSGVEEADTRSSSDPHLETTSTISTVSSMSTLSSESGELTDTHTSFADGHTFLLEKPPV 420 430 440 450 460 470 830 840 850 860 870 880 KIAA10 PPKPKMKPIIHKSNALYQDALVEEDVDSFVIPPPAPPPPPG---SAQPGMAKVLQPRTSK :::::.: . :. . ..: :.... :: .. : .: :. . : : :: KIAA16 PPKPKLKSPLGKGPVTFRDPLLKQSSDSELMAQQHHAASAGLASAAGPARPRYLFQRRSK 480 490 500 510 520 530 890 900 910 920 930 940 KIAA10 LWGDVTEIKSPILSGP---KANVISELNSILQQMNREKLAKPGEGLDSPMGAKSASLAP- :::: .: .. : :: : .:::::.: :::.:.. . :: :.:. .. : : KIAA16 LWGDPVESRG--LPGPEDDKPTVISELSSRLQQLNKDTRSL-GE---EPVGGLGSLLDPA 540 550 560 570 580 590 950 960 970 980 990 1000 KIAA10 -RSPEIMSTISGTRSTTVTFTVRPGTSQPITLQSRPPDYESRTSGTRRAPSPVVSPTEMN .:: . . .. . ..... . . : : .: .::::::: .:. .. KIAA16 KKSPIAAARLFSSLGELSSISAQRSPGGPGGGASYSVRPSGRYPVARRAPSPV-KPASLE 600 610 620 630 640 650 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA10 K-ETLPAPLSAA-----TASPSPALSDVFSLPSQPPSGDLFGLNPAGRSRSPSPSILQQP . : : : ..: . :. :. .:.: .: . . ..:::::::: : .: KIAA16 RVEGLGAGAGGAGRPFGLTPPTILKSSSLSIPHEPKEVRFVVRSVSARSRSPSPSPLPSP 660 670 680 690 700 710 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA10 ISN---------KPFTTKPVHLWTKPDVADWLESLNLGEHKEAFMDNEIDGSHLPNLQKE :. .:: ::..::.: ::.:::::..::::.. : :.::.:.::: : :. KIAA16 ASGPGPGAPGPRRPFQQKPLQLWSKFDVGDWLESIHLGEHRDRFEDHEIEGAHLPALTKD 720 730 740 750 760 770 1110 1120 1130 KIAA10 DLIDLGVTRVGHRMNIERALKQLLDR :...::::::::::::::::.:: KIAA16 DFVELGVTRVGHRMNIERALRQLDGS 780 790 1131 residues in 1 query sequences 1986374 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:06:08 2008 done: Thu Dec 18 15:06:09 2008 Total Scan time: 0.730 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]