# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fg00188s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1019.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1019, 2309 aa vs ./tmplib.24314 library 1985196 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.1516+/-0.0109; mu= -22.9104+/- 0.730 mean_var=751.5230+/-180.403, 0's: 0 Z-trim: 18 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.046785 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 43, opt: 31, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0324 ( 2800 res) ee08846s1 (2800) 465 48.8 2.7e-05 KIAA0536 ( 1028 res) hg03863 (1028) 426 45.7 8.5e-05 KIAA0754 ( 1174 res) hh06485 (1174) 330 39.3 0.0083 >>KIAA0324 ( 2800 res) ee08846s1 (2800 aa) initn: 797 init1: 297 opt: 465 Z-score: 187.0 bits: 48.8 E(): 2.7e-05 Smith-Waterman score: 663; 30.331% identity (52.318% similar) in 755 aa overlap (1589-2296:341-1020) 1560 1570 1580 1590 1600 1610 KIAA10 AGTSPVGEIGEEKILPTSETKQCTVLDTYPGVSEADA-GETLSSTGPFALEPDATGTSKG : : . : :. . .::. :: .:.:.. 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KIAA07 -VAAVSSPEET---APAVAAAITQEGMSAVAGFSPEWAAL-AITVPITEEDGTPEGPVTP 670 680 690 700 710 720 370 380 390 400 410 KIAA10 MTRPQELPELPKTTALELQESSVASAMELPGPPATSMPELQGPPVTPVLELPGP------ : . :: : :.:... :. : :. ::...: . :..:. .: : KIAA07 ATTVHA-PEEPDTAAVRV------STPEEPASPAAAVPTPE-EPTSPAAAVPTPEEPTSP 730 740 750 760 770 420 430 440 450 460 KIAA10 -SATPVPELP-GPLST-PVPELPGPPATAVP--ELPGPSVTPVPQLSQELPGLPAPSMGL .:.: :: : .: .. :.:: : ::.::: : : .. :: . : : :: .. KIAA07 AAAVPPPEEPTSPAAAVPTPEEPTSPAAAVPTPEEPTSPAAAVP--TPEEPTSPAAAV-- 780 790 800 810 820 830 470 480 490 500 510 520 KIAA10 EPPQEVPEPPVMAQELPGLPLV-TAAVELPEQPAV-TVAMELTEQPVTTTELEQPVGMTT : : : :. : : : .::: ::.:: ..:. :.:.. . ... : KIAA07 -PTPEEPTSPAAAVPTPEEPTSPAAAVPTPEEPASPAAAVPTPEEPASPA-----AAVPT 840 850 860 870 880 530 540 550 560 570 KIAA10 VEHPGHP--------EVTTATGLLGQPEATM----VLELPGQPVATTA----LELPGQPS :.:. : : ..:. . :: . .. :.. .. .: :: : .:. 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KIAA07 VPTPEVPAIP-----AAAVPPM---EEVSPIGV-PFLGVSAHTDSVPISEEGTPVLEEAS 1060 1070 1080 1090 1100 1110 740 750 760 770 780 790 KIAA10 MDSQMLASNTMDSQMLASNTMDSQMLASSTMDSQMLATSSMDSQMLATSSMDSQMLATST .. : .. .:: ... . . : .: ... . ::....: KIAA07 -STGMWIKEDLDSLVFGIKEVTSTVLHGKV---PLAATAGLNSDEVIVHFDSGKGLKSKV 1120 1130 1140 1150 1160 800 810 820 830 840 850 KIAA10 MDSQMLATSSMDSQMLATSSMDSQMLATSSMDSQMLATSSMDSQMLATSTMDSQMLATST KIAA07 RFAGLTWW 1170 2309 residues in 1 query sequences 1985196 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:06:00 2008 done: Thu Dec 18 15:06:02 2008 Total Scan time: 1.150 Total Display time: 0.280 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]