# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh04776s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1008.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1008, 935 aa vs ./tmplib.24314 library 1986570 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2396+/-0.00527; mu= 15.3564+/- 0.359 mean_var=99.7893+/-23.561, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 18 in 2/38 Lambda= 0.128390 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1955 ( 947 res) fk07007 ( 947) 964 189.7 1.5e-48 KIAA1769 ( 2114 res) af00171 (2114) 323 71.3 1.4e-12 >>KIAA1955 ( 947 res) fk07007 (947 aa) initn: 1195 init1: 378 opt: 964 Z-score: 963.7 bits: 189.7 E(): 1.5e-48 Smith-Waterman score: 1710; 37.162% identity (64.752% similar) in 888 aa overlap (109-921:19-884) 80 90 100 110 120 130 KIAA10 VLLHQIVSAWRPGTWASVASSLRLPGSLETYVEQEQGENANDRNDRAIRVAAKWYNEHLK :. .:.::. . . :.: :: :: .: . KIAA19 HADSLSSCAASKRQEQCCYLPRERGESMEKWQTRSIYNAAVWYYHHCQ 10 20 30 40 140 150 160 170 180 190 KIAA10 KMSADNQLQVIFITNDRRNKEK--AIEEGIPAFTCEEYVKS----LTANPELIDR-LACL ... ....:.:.. .. . ::. ..: ..:. . : : :: : : KIAA19 -----DRMPIVMVTEDEEAIQQYGSETEGVFVITFKNYLDNFWPDLKAAHELCDSILQSR 50 60 70 80 90 100 200 210 220 230 240 KIAA10 SEEGNEI-ESGKIIFSEHLPLSKLQQGIKSGTYLQGTFRASREN-YLEATVWIHG----D :. :: :: . ::::: :. ::::: :.:: . .... .:: : ..: : KIAA19 RERENESQESHGKEYPEHLPLEVLEAGIKSGRYIQGILNVNKHRAQIEAFVRLQGASSKD 110 120 130 140 150 160 250 260 270 280 290 300 KIAA10 NEENKEIILQGLKHLNRAVHEDIVAVELLPKSQWVAPSSVVLHDEGQNEEDVEKEEERER .. ..:...:.: ::..: :.:.::::::..: . .:.: :.: . . : KIAA19 SDLVSDILIHGMKARNRSIHGDVVVVELLPKNEWKG-RTVAL-----CENDCDDKASGE- 170 180 190 200 210 310 320 330 340 350 360 KIAA10 MLKTAVSEKMLKPTGRVVGIIKRNWRPYCGML-SKSDI----KESRRHLFTPADKRIPRI . :: : ::::::::...::: : . :: .. :.... : :: : :::.: KIAA19 ----SPSEPM--PTGRVVGILQKNWRDYVVTFPSKEEVQSQGKNAQKILVTPWDYRIPKI 220 230 240 250 260 270 370 380 390 400 410 420 KIAA10 RIETRQASTLEGRRIIVAIDGWPRNSRYPNGHFVRNLGDVGEKETETEVLLLEHDVPHQP :: :.:: ::. :..: ::.: .: :::::::: :: .:. : : ..:.:... : KIAA19 RISTQQAETLQDFRVVVRIDSWESTSVYPNGHFVRVLGRIGDLEGEIATILVENSISVIP 280 290 300 310 320 330 430 440 450 460 470 KIAA10 FSQAVLSFLP----KMPWSITEKDMKNREDLR--HLCICSVDPPGCTDIDDALHCRELEN ::.: . .: . ::... .. ..:.::: :: . :.:: :: :.::.: : :.: KIAA19 FSEAQMCEMPVNTPESPWKVSPEEEQKRKDLRKSHL-VFSIDPKGCEDVDDTLSVRTLNN 340 350 360 370 380 480 490 500 510 520 530 KIAA10 GNLEVGVHIADVSHFIRPGNALDQESARRGTTVYLCEKRIDMVPELLSSNLCSLKCDVDR ::::.:::::::.::. :.. .: :. :.:: :: ..: ::.: .::..:::: ::: KIAA19 GNLELGVHIADVTHFVAPNSYIDIEARTRATTYYLADRRYDMLPSVLSADLCSLLGGVDR 390 400 410 420 430 440 540 550 560 570 580 KIAA10 LAFSCIWEMNHNA-EILKTKFTKSVINSKASLTYAEAQLRIDSA-NMNDDIT-------- : : .::... . :: :. . ...: : .: : :: .:. .. ::: KIAA19 YAVSIMWELDKASYEIKKVWYGRTIIRSAYKLFYEAAQELLDGNLSVVDDIPEFKDLDEK 450 460 470 480 490 500 590 600 610 620 630 KIAA10 ---TSLRGL----NKLAKILKKRRIEK---GALTLSSPEVRFHMDSET--HDPIDLQTKE ..:. : .::. : .. : .. ::: : . :: ..:.. :: : : : KIAA19 SRQAKLEELVWAIGKLTDIARHVRAKRDGCGALELEGVEVCVQLDDKKNIHDLIPKQPLE 510 520 530 540 550 560 640 650 660 670 680 690 KIAA10 LRETNSMVEEFMLLANISVAKKIHEEFSEHALLRKHPAPPPSNYEILVKAARSRNLEIKT ..:: : : :.::: ::::: : : ..::::.:: : . : . :..... : : KIAA19 VHET---VAECMILANHWVAKKIWESFPHQALLRQHPPPHQEFFSELRECAKAKGFFIDT 570 580 590 600 610 620 700 710 720 730 740 750 KIAA10 DTAKSLAESLDQAESPTFPYLNTLLRILATRCMMQAVYFCSG--MDNDFHHYGLASPIYT . :.::.:::.:..: : .: ::: .::. : .:.:: .: ...::::::: :: KIAA19 RSNKTLADSLDNANDPHDPIVNRLLRSMATQAMSNALYFSTGSCAEEEFHHYGLALDKYT 630 640 650 660 670 680 760 770 780 790 800 KIAA10 HFTSPIRRYADVIVHRLLAVAIGADCTYP---ELTDKHKLADICKNLNFRHKMAQYAQRA :::::::::.:..::::: .::. : . .: ... : ..:...: :.. ::..:. KIAA19 HFTSPIRRYSDIVVHRLLMAAISKDKKMEIKGNLFSNKDLEELCRHINNRNQAAQHSQKQ 690 700 710 720 730 740 810 820 830 840 850 KIAA10 SVAFHTQLFFKSKGIVSEE-----AYILFVRKNAIVVLIPKYGLEGTVFFEEKD------ :. . ..::.: ..:: . : .: :.....::..:..:......:: KIAA19 STELFQCMYFKDKDPATEERCISDGVIYSIRTNGVLLFIPRFGIKGAAYLKNKDGLVISC 750 760 770 780 790 800 860 870 880 890 900 KIAA10 --------KPNPQLIYDDEIPSLKI--EDTVFHVFDKVKVKIMLDSSNLQHQKIRMSLV- ::. ....: : :...::.::.: :.: ...: . . ::. .. KIAA19 GPDSCSEWKPGSLQRFQNKITSTTTDGESVTFHLFDHVTVRISIQASRCHSDTIRLEIIS 810 820 830 840 850 860 910 920 930 KIAA10 -EP-QIPGISIPTDTSNMDLNGPKKKKMKLGK .: .::. . ..: . KIAA19 NKPYKIPNTELIHQSSPLLKSELVKEVTKSVEEAQLAQEVKVNIIQEEYQEYRQTKGRSL 870 880 890 900 910 920 >>KIAA1769 ( 2114 res) af00171 (2114 aa) initn: 290 init1: 123 opt: 323 Z-score: 317.8 bits: 71.3 E(): 1.4e-12 Smith-Waterman score: 424; 24.014% identity (53.405% similar) in 558 aa overlap (320-820:654-1201) 290 300 310 320 330 KIAA10 EGQNEEDVEKEEERERMLKTAVSEKMLKPTGRVVGIIKRN------------WRPYC--- :::.:..::. : : KIAA17 GRLDCGMAFAGDEVLVQLLSGDKAPEGRLRGRVLGVLKRKRHELAFVCRMDTWDPRIMVP 630 640 650 660 670 680 340 350 360 370 380 KIAA10 --GMLSK---SDIKE-SRRHLFTPADKRIPRIRIETRQASTLEGRRIIVAIDGWPRNSRY : ..: ...:. :. ... :. :. .: : . ..: . : : : .. : KIAA17 INGSVTKIFVAELKDPSQVPIYSLRKGRLQRVGLERLTAEARHSRLFWVQIVLWRQGFYY 690 700 710 720 730 740 390 400 410 420 430 440 KIAA10 PNGHFVRNLGDVGEKETETEVLLLEHDVPHQPFSQAVLSFLPKMPWSITEKDMKNREDLR : : . : ... : ..: ::... : .::... . . . . ::: : KIAA17 PLGIVREVLPEASTWEQGLRILGLEYSLRVPPSDQATITKVLQKYHTELGRVAGRREDCR 750 760 770 780 790 800 450 460 470 480 490 500 KIAA10 HLCICSVDPPGCTDIDDALHCRELENGNLEVGVHIADVSHFIRPGNALDQESARRGTTVY . .::: : ..:::: :.: . ::.:::.::. :. ..:: :. :.:.. : KIAA17 AFLTFTVDPQGACNLDDALSVRDL-GPRCEVAVHITDVASFVPRDGVLDVEARRQGAAFY 810 820 830 840 850 860 510 520 530 540 550 560 KIAA10 LCEKR-IDMVPELLSSNLCSLKCDVDRLAFSCIWEMNHNAEILKT-KFTKSVINSKASLT .. . :.: : ... :: ::::.: . :.. . ::. .:. ::..: .:. KIAA17 APGREPVPMLPASLCQDVLSLLPGRDRLAISLFLTMEKASGQLKSLRFAPSVVQSDRQLS 870 880 890 900 910 920 570 580 590 600 610 KIAA10 YAEAQLRI---DSANMN-----DDITTSLRGLNKLAKILKKRRIEKGALTLSSPEVRFHM : ::. : .:. . :.. . . . ....:...:... . . : KIAA17 YEEAEEVIRQHPGAGRELPARLDSVDACVVAACYFSRLLRRHRLRSDCFYEQPDEDGTLG 930 940 950 960 970 980 620 630 640 650 660 KIAA10 DSETHDPIDLQTKE-LRETNSMVEEFMLLANISVA---------------KKIHEEFSEH .: ...:: . . : .: ::.. .. . . : . :. ... KIAA17 FRAAH----IMVKEYMIQFNRLVAEFLVGSECTRTVTPLRWQPAPRSQQLKALCEKHGDR 990 1000 1010 1020 1030 670 680 690 700 710 KIAA10 ALLRKH---------PAPPPSNYEILVKAARSRNLEIKTDTAKSLAESLDQAESPTFPYL . : : .:: . ..:.. .. .. .:. ..... . . . :.: KIAA17 VPLSLHLGHHLHGGGGSPPDTRLHLLASLWKQVQFAARTQDYEQMVDLV--TTDDMHPFL 1040 1050 1060 1070 1080 1090 720 730 740 750 760 770 KIAA10 NTLLRILATRCMMQAVYFCS-GMDNDFHHYGLASPIYTHFTSPIRRYADVIVHRLLAVAI : : .: :. : ... ::.: :: ::::::: ::...: . .:. KIAA17 APAGRDLRKALERSAFGRCARGHQQQGGHYSLQVDWYTWATSPIRRYLDVVLQRQILLAL 1100 1110 1120 1130 1140 1150 780 790 800 810 820 830 KIAA10 GADCTYPELTDKHKLADICKNLNFRHKMAQYAQRASVAFHTQLFFKSKGIVSEEAYILFV : . : . .:. ....: .:: :: . ..: . .:.. KIAA17 GHGGSAYSARD---IDGLCQAFSLQHALAQSYQRRARSLHLAVQLKAQPLDKLGFVVDVE 1160 1170 1180 1190 1200 1210 840 850 860 870 880 890 KIAA10 RKNAIVVLIPKYGLEGTVFFEEKDKPNPQLIYDDEIPSLKIEDTVFHVFDKVKVKIMLDS KIAA17 AGSRCFRLLFPSNRETLPDPCPVPYGSLQLAEHPHALAGRPGLRLLWRRRVYSAQGSSPP 1220 1230 1240 1250 1260 1270 935 residues in 1 query sequences 1986570 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:05:31 2008 done: Thu Dec 18 15:05:32 2008 Total Scan time: 0.640 Total Display time: 0.100 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]