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Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0997, 646 aa vs ./tmplib.23663 library 1986859 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8642+/-0.00736; mu= 18.8183+/- 0.504 mean_var=250.8616+/-64.331, 0's: 0 Z-trim: 51 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.080976 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0354 ( 730 res) hg01842 ( 730) 280 46.4 1e-05 KIAA1020 ( 638 res) fg00473s1 ( 638) 250 42.8 0.00011 KIAA0441 ( 702 res) hh00601s1 ( 702) 249 42.8 0.00012 KIAA0414 ( 492 res) hh00161 ( 492) 214 38.4 0.0018 KIAA1993 ( 532 res) bg00180 ( 532) 214 38.5 0.0019 KIAA0478 ( 1253 res) hh05955 (1253) 217 39.6 0.002 KIAA0628 ( 540 res) hh01433 ( 540) 204 37.3 0.0042 KIAA1956 ( 680 res) fk08713 ( 680) 199 36.9 0.0069 KIAA1954 ( 468 res) fk02322 ( 468) 197 36.4 0.007 KIAA0569 ( 1318 res) hh02356 (1318) 199 37.5 0.0089 KIAA1508 ( 573 res) hk06576 ( 573) 194 36.2 0.0096 >>KIAA0354 ( 730 res) hg01842 (730 aa) initn: 307 init1: 181 opt: 280 Z-score: 194.7 bits: 46.4 E(): 1e-05 Smith-Waterman score: 339; 20.408% identity (50.583% similar) in 686 aa overlap (3-627:54-713) 10 20 30 KIAA09 QKMAKPSHSSYVLQQLNNQREWGFLCDCCIAI : :.: ..:::: :: : :::: :.. 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KIAA04 AASSEYFSMMFAEEGEIGQSIYMLEGMV-ADTFGILLEFIYTGYLHASEKSTEQILATAQ 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 KIAA09 YLQLYNVPDCLEDIQDADCSSSKCSSSASSKQNSKMIFGVRMYEDTVARNGNEANRWCAE .:..:.. :.:. . :: : . :. : KIAA04 FLKVYDLVKAYTDFQN-NHSSPKPT--------------------TLNTAG--------- 120 130 140 170 180 190 200 210 220 KIAA09 PSSTVNTPHNREADEESLQLGNFPEPLFDVCKKSSVSKLSNPKERVSRRFGRSFTCDSCG . .: : :.. : . . : .: :: :. :.. : ... KIAA04 -APVVVIP-NKKNDPPKRKRG---RP-----KK--VNTLQEEKSELAA------------ 150 160 170 180 230 240 250 260 270 280 KIAA09 FGFSCEKLLDEHVLTCTNRHLYQNTRSYHRIVDIRDGKDSNIKAEFGEKDSSKTFSAQTD .:.. .: . :: ... . : ::.. : ..:. KIAA04 ---------EEEIQLRVNNSV-QNRQNF-----VVKG-DSGVLNE--------QIAAKEK 190 200 210 220 290 300 310 320 330 340 KIAA09 KYRGDTSQAADDSASTTGSRKSSTVESEIASEEKSRAAERKRIIIKMEPEDIPTDELKDF . : . . . . . .. ..: .. .:: ..:. : . . .:::. KIAA04 EESEPTCEPSREEEMPVEKDENYDPKTEDGQASQSRYSKRR--IWR-------SVKLKDY 230 240 250 260 270 350 360 370 380 390 400 KIAA09 NIIKVTDKDCNESTDNDELEDEPEEPFYRYYVEEDVSIKKSGRKTLKPRMSVSADERGGL ... ..: . . . .: : : : : :..: .. .:. KIAA04 KLVG-DQEDHGSAKRICGRRKRPGGPEAR--------CKDCG-KVFKYNHFLAIHQRSHT 280 290 300 310 320 410 420 430 440 450 460 KIAA09 ENMRPPNNSSPVQEDAENASCELCGLTITEE-DLSSHYLAKHIENICACGKCGQILVKGR . :: .:. :: .... .:. : . : .: :.. :. . KIAA04 -GERP-------------FKCNECGKGFAQKHSLQVHTRMHTGERPYTCTVCSKALTTKH 330 340 350 360 470 480 490 500 510 520 KIAA09 QLQEHAQRCGEPQDLTMNGLGNTEEKMDLEENPDEQSEIRDMFVEMLDDFRDNHYQINSI .: :: . . ...: . :. . .: . .:. : . : . .: : .. .. KIAA04 SLLEHMSLHSGQKSFTCDQCGKY-----FSQNRQLKSHYRVHTGHSLPECKDCHRKFMDV 370 380 390 400 410 420 530 540 550 560 570 KIAA09 Q--KKQLFKHSAC-PFRCPNCGQRFETENLVVEHMSSCLDQDMFKSAIMEENERDHR--R . ::.: :.. :: : ::. : ... . :. : :: . 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KIAA19 IEG-DHEQGDLLVRESQITEVKV-KMEKSDRPSCSDSSSLGDD-GYH--TEMVDGEQV-V 250 260 270 280 290 300 270 280 290 300 310 320 KIAA09 KAEFGEKDSSKTFSAQTDKYRGDTSQAADDSASTTGSRKSSTVESEIASEEKSRAAERKR .. : : . .. .: .:: .. : . . .:: .: .. . .:: ... KIAA19 AVNVG---SYGSVLQHAYSYSQAASQPTNVSEAFGSLSNSSPSRSMLSCFRGGRARQKRA 310 320 330 340 350 330 340 350 360 370 380 KIAA09 IIIKMEPEDIPTDELKDFNIIKVTDKDCNESTDNDELEDEPEEPFYR---YYVEEDVSIK . .... ..:. . : .: . .: :. :.: : : .: . KIAA19 LSVHLH------SDLQGL----VQGSDSEAMMNNPGYESSPRERSARGHWYPYNERLICI 360 370 380 390 400 390 400 410 420 430 440 KIAA09 KSGRKTLKPRMSVSADERGGLE-NMRPPNNSSPVQEDAENASCELCGLTITEEDLSSHYL :. : ...:.:. .:: . .: :..:: :..: ... KIAA19 YCGK---------SFNQKGSLDRHMRLHMGITPF-------VCKFCGKKYTRKDQLEYHI 410 420 430 440 450 450 460 470 480 490 KIAA09 AKHIENI---CA-CGKCGQILVKGRQLQEHAQRCGEPQDLTMNGLGNTEEKMDLEENPDE : .. : :::: KIAA19 RGHTDDKPFRCEICGKCFPFQGTLNQHLRKNHPGVAEVRSRIESPERTDVYVEQKLENDA 460 470 480 490 500 510 >>KIAA0478 ( 1253 res) hh05955 (1253 aa) initn: 259 init1: 127 opt: 217 Z-score: 153.2 bits: 39.6 E(): 0.002 Smith-Waterman score: 217; 35.200% identity (62.400% similar) in 125 aa overlap (3-124:15-134) 10 20 30 40 KIAA09 QKMAKPSHSSYVLQQLNNQ-REWGFLCDCCIAIDDIYFQAHKAVLAAC : :..: .:::: . .: : ::: :.: :::.::: :::: KIAA04 GEERKSSSWGRVDAMELPNYSRQLLQQLYTLCKEQQF-CDCTISIGTIYFRAHKLVLAAA 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 KIAA09 SSYFRMFFMNHQHSTAQLNLSNMKISAECFDLILQFMYLGKIMTAPSSFEQFKVAMNYLQ : :. .. : : .... .: : : :.:..:: ::. .. .: .. . :: KIAA04 SLLFKTLLDN----TDTISIDASVVSPEEFALLLEMMYTGKLPVGKHNFSKIISLADSLQ 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 KIAA09 LYNVP-DCLEDIQD-ADCSSSKCSSSASSKQNSKMIFGVRMYEDTVARNGNEANRWCAEP ...: .: . . . ..:: KIAA04 MFDVAVSCKNLLTSLVNCSVQGQVVRDVSAPSSETFRKEPEKPQVEILSSEGAGEPHSSP 120 130 140 150 160 170 >>KIAA0628 ( 540 res) hh01433 (540 aa) initn: 1121 init1: 177 opt: 204 Z-score: 147.6 bits: 37.3 E(): 0.0042 Smith-Waterman score: 293; 26.250% identity (55.417% similar) in 240 aa overlap (419-632:123-347) 390 400 410 420 430 440 KIAA09 TLKPRMSVSADERGGLENMRPPNNSSPVQEDAENASCELCGLTIT-EEDLSSHYLAKHIE ..: :..:: :.: . :: : ... : KIAA06 QTGETAQVCTKSGRNHILNSDLLLLQRELIEGEANPCDICGKTFTFNSDLVRHRISHAGE 100 110 120 130 140 150 450 460 470 480 490 KIAA09 NICACGKCGQILVKGRQLQEHAQR------------CGEPQDLT-MNGLGNTEEKMDLEE . .: .::. . .. .:.:: :: :: .:. ..:: .... : KIAA06 KPYTCDQCGKGFGQSSHLMEH-QRIHTGERLYVCNVCG--KDFIHYSGL-IEHQRVHSGE 160 170 180 190 200 500 510 520 530 540 550 KIAA09 NPDEQSEIRDMFVEMLDDFRDNHYQINSIQKKQLFKHSACPFRCPNCGQRFETENLVVEH .: . .. : . : .: : .... .. ::.: .::. : .:...: KIAA06 KPFKCAQCGKAFCHSSDLIR--HQRVHTRER---------PFECKECGKGFSQSSLLIRH 210 220 230 240 250 560 570 580 590 600 KIAA09 MS--------SCLD--QDMFKSAIMEENERDHR--RKHFCNLCGKGFYQRCHLREHYTVH . : . .....:. . .. . : ... :. :::.: .: : :: .: KIAA06 QRIHTGERPYECNECGKSFIRSSSLIRHYQIHTEVKQYECKECGKAFRHRSDLIEHQRIH 260 270 280 290 300 310 610 620 630 640 KIAA09 TKEKQFVCQTCGKQFLRERQLRLHNDMHKGMASGEIGPSKPVEK : :. : :. ::: :.: .: :. .: : KIAA06 TGERPFECNECGKAFIRSSKLIQHQRIHTGERPYVCNECGKRFSQTSNFTQHQRIHTGEK 320 330 340 350 360 370 >>KIAA1956 ( 680 res) fk08713 (680 aa) initn: 978 init1: 154 opt: 199 Z-score: 143.7 bits: 36.9 E(): 0.0069 Smith-Waterman score: 289; 24.242% identity (51.212% similar) in 330 aa overlap (348-641:122-438) 320 330 340 350 360 370 KIAA09 KSRAAERKRIIIKMEPEDIPTDELKDFNIIKVTDKDCNESTDNDELEDEP-----EEPFY :. :.. :. .:. : ..: :: .. KIAA19 GAILGDILHLADHQGTHHKQKLHRCEAWGNKLYDSS-NRPHQNQYLGEKPYRSSVEEALF 100 110 120 130 140 150 380 390 400 410 420 KIAA09 ----RYYVEEDVSIKKSGRKTLKPRMSVSADE--RGGLENMRPPNNSSPVQEDAENASCE ...: :. :: .. : . : .. .: . : .. :. :: : . :: KIAA19 VKRCKFHVSEESSIFIQSGKDFLPSSGLLLQEATHTGEKSNSKPECESPFQWGDTHYSCG 160 170 180 190 200 210 430 440 450 460 470 KIAA09 LCGLTITEEDLSSHYLAKHIENICACGKCGQILVKGRQLQEHAQR---------CGE-PQ : . . . . .. : : .::. . : ....: :: ::: . KIAA19 ECMKHSSTKHVFVQQQRLPSREECYCWECGKSFSKYDSVSNH-QRVHTGKRPYECGECGK 220 230 240 250 260 480 490 500 510 520 530 KIAA09 DLTMNGLGNTEEKMDLEENPDEQSEIRDMFVEMLDDFRDNHYQINSIQKKQLFKHSACPF ... .: .... . : : .: : .: .:. ..: . . :. KIAA19 SFSHKGSLVQHQRVHTGKRPYECGECGKSF---------SHK--GSLVQHQRVHTGERPY 270 280 290 300 310 540 550 560 570 580 KIAA09 RCPNCGQRFETENLVVEHMS--------SCLD--QDMFKSAIMEENERDH--RRKHFCNL .: .::. : .. ...:. : . . . ... . ...: : .: . :. KIAA19 ECGECGKSFSQNGTLIKHQRVHTGERPYECEECGKCFTQKGNLIQHQRGHTSERPYECEE 320 330 340 350 360 370 590 600 610 620 630 640 KIAA09 CGKGFYQRCHLREHYTVHTKEKQFVCQTCGKQFLRERQLRLHNDMHKG---MASGEIGPS ::: : :. : ::. :::.:. . : :::.: :. .:: :. : : . :: : : KIAA19 CGKCFSQKGTLTEHHRVHTRERPYECGECGKSFSRKGHLRNHQRGHTGERPYECGECGKS 380 390 400 410 420 430 KIAA09 KPVEK KIAA19 FSRKGNLIQHQRSHTGERPYECRECRKLFRGKSHLIEHQRVHTGERPYECNECGKSFQDS 440 450 460 470 480 490 >>KIAA1954 ( 468 res) fk02322 (468 aa) initn: 1078 init1: 169 opt: 197 Z-score: 143.6 bits: 36.4 E(): 0.007 Smith-Waterman score: 247; 23.431% identity (53.138% similar) in 239 aa overlap (425-632:200-437) 400 410 420 430 440 450 KIAA09 SVSADERGGLENMRPPNNSSPVQEDAENASCELCGLTITE-EDLSSHYLAKHIENICACG :. :: .... .: .: .. :. :. KIAA19 YRCNLCGRSFRHGTSLTQHEVTHSGEKPFQCKECGKAFSRCSSLVQHERTHTGEKPFECS 170 180 190 200 210 220 460 470 480 490 500 KIAA09 KCGQILVKGRQLQEHAQ--RCGEPQDLTMNGLGNTEEKMDLEENPDEQSEIRDMFVE--- ::. . .. .: .: . . :.: . . : . ... .: .. . .:.... . KIAA19 ICGRAFGQSPSLYKHMRIHKRGKPYQ-SSNYSIDFKHSTSLTQDESTLTEVKSYHCNDCG 230 240 250 260 270 280 510 520 530 540 550 KIAA09 ----MLDDFRDN---HYQINSIQKKQLFKHSAC------PFRCPNCGQRFETENLVVEHM . :: :. : : . .: :...: :..: ::. :. . .:: KIAA19 EDFSHITDFTDHQRIHTAENPYDCEQAFSQQAISHPGEKPYQCNVCGKAFKRSTSFIEHH 290 300 310 320 330 340 560 570 580 590 600 KIAA09 S--------SCLD-QDMF-KSAIMEENERDH--RRKHFCNLCGKGFYQRCHLREHYTVHT : . . : . . . ..:: : .. . : :::.: : : .: .:: KIAA19 RIHTGEKPYECNECGEAFSRRSSLTQHERTHTGEKPYECIDCGKAFSQSSSLIQHERTHT 350 360 370 380 390 400 610 620 630 640 KIAA09 KEKQFVCQTCGKQFLRERQLRLHNDMHKGMASGEIGPSKPVEK :: . :. ::. : .. .:. :. .: : KIAA19 GEKPYECNECGRAFRKKTNLHDHQRIHTGEKPYSCKECGKNFSRSSALTKHQRIHTRNKL 410 420 430 440 450 460 >>KIAA0569 ( 1318 res) hh02356 (1318 aa) initn: 339 init1: 146 opt: 199 Z-score: 141.7 bits: 37.5 E(): 0.0089 Smith-Waterman score: 203; 22.571% identity (48.903% similar) in 319 aa overlap (311-617:140-423) 290 300 310 320 330 340 KIAA09 AQTDKYRGDTSQAADDSASTTGSRKSSTVESEIASEEKSRAAERKRIIIKMEPEDIPTDE :: :.: . :: : .. : :.. KIAA05 MADGPRCKRRKQANPRRKNVVNYDNVVDTGSETDEEDKLHIAEDDGIANPLDQETSPASV 110 120 130 140 150 160 350 360 370 380 390 KIAA09 LKDFNIIKVTDKDCNESTDNDEL-EDEPEEPFYRYYVEEDVSIKKSGRKTLKPRMSVSAD . . .:.. . ..::. : :.:.. .: .. . .: . .: . : KIAA05 PNHESSPHVSQALLPREEEEDEIREGGVEHPWHN---NEILQASVDGPEEMKEDY----D 170 180 190 200 210 220 400 410 420 430 440 450 KIAA09 ERGGLENMRPPNNSSPVQEDAENASCELCGLTITEEDLSSHYLAKHIENICACGKCGQIL : ... :.. :. ::.: :. .. ...:. . :. . KIAA05 TMGPEATIQTAINNGTVK----NANC--------TSDFEEYFAKRKLEE-----RDGHAV 230 240 250 260 460 470 480 490 500 510 KIAA09 VKGRQLQEHAQRCGE-------PQDLTMNGLGNTEEKMDLEENPDEQSEIRDMFVEMLD- ...:. :: :..:. : : : ::: : : :...: KIAA05 ----SIEEYLQRSDTAIIYPEAPEELSRLG---TPEANGQEEN-DLPPGTPDAFAQLLTC 270 280 290 300 310 520 530 540 550 560 KIAA09 DFRDNHYQ-INSIQKKQLFKHSACP--FRCPNCGQRFETENLVVEHMSSCLDQDMFKSAI . : :. ..:.... ..: : :: :. : .. . .:: . . . KIAA05 PYCDRGYKRLTSLKEHIKYRHEKNEENFSCPLCSYTFAYRTQLERHMVTH-KPGTDQHQM 320 330 340 350 360 370 570 580 590 600 610 620 KIAA09 MEENERDHRRKHFCNLCGKGFYQRCHLREHYTVHTKEKQFVCQTCGKQFLRERQLRLHND . .. . :: :. :::.: . ::.:: .:. :: . : .: :.: KIAA05 LTQGAGN--RKFKCTECGKAFKYKHHLKEHLRIHSGEKPYECPNCKKRFSHSGSYSSHIS 380 390 400 410 420 430 630 640 KIAA09 MHKGMASGEIGPSKPVEK KIAA05 SKKCIGLISVNGRMRNNIKTGSSPNSVSSSPTNSAITQLRNKLENGKPLSMSEQTGLLKI 440 450 460 470 480 490 646 residues in 1 query sequences 1986859 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:24:38 2008 done: Thu Dec 18 15:24:39 2008 Total Scan time: 0.520 Total Display time: 0.170 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]