# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk07913.fasta.huge -Q ../query/KIAA0996.ptfa ./tmplib.23663 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 KIAA0996, 869 aa
 vs ./tmplib.23663 library

1986636 residues in  2037 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7893+/-0.00845; mu= 12.2479+/- 0.573
 mean_var=290.5755+/-70.809, 0's: 0 Z-trim: 6  B-trim: 0 in 0/40
 Lambda= 0.075239

FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                      opt bits E(2037)
KIAA0378  ( 970 res)   hh00502s1                   ( 970)  216 37.6  0.0084


>>KIAA0378  ( 970 res)   hh00502s1                        (970 aa)
 initn: 177 init1:  90 opt: 216  Z-score: 142.1  bits: 37.6 E(): 0.0084
Smith-Waterman score: 238;  23.007% identity (55.616% similar) in 552 aa overlap (121-637:225-750)

              100       110       120       130       140       150
KIAA09 RRLSAIDVDKVAGAVDVLTLQENIMNITFCKLEDEKCPHCQSGVDPVLLKLIRLAQFTIE
                                     ..  :.  : :  .. .:   .: .:  ..
KIAA03 IKTFWSPELKKERVLRKEEAARMSVLKEQMRVSHEENQHLQLTIQ-ALQDELR-TQRDLN
          200       210       220       230        240        250  

                    160       170       180        190             
KIAA09 YLLHSQ------EFLTSQLHTLEERLRLSHCDGEQSKKL-LTKQAGE-----IKTLKEEC
       .::...      : .: .: : :.  ::.    .:.:.: : ... :     :.: :.  
KIAA03 HLLQQESGNRGAEHFTIEL-TEENFRRLQAEHDRQAKELFLLRKTLEEMELRIETQKQTL
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      200       210       220          230           240           
KIAA09 KRRKKMISTQQLMIEAKANYYQCHFCDKAF---MNQAFLQ-SHIQ---RRHTEENSHF--
       . : . :.    :...:.   .    :.     : .:  : ::..    .. .:: :.  
KIAA03 NARDESIKKLLEMLQSKGLPSKSLEDDNERTRRMAEAESQVSHLEVILDQKEKENIHLRE
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KIAA09 EYQKNAQIEKLRSEIVVLKEELQLTRSELEAAHHASAVRFSKEYEMQKTKEEDFLKLFDR
       : .. .:..   ..  .:.  ...  ...  :     .: . : :.:  : .  :.  ::
KIAA03 ELHRRSQLQPEPAKTKALQTVIEMKDTKI--ASLERNIR-DLEDEIQMLKANGVLNTEDR
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     310       320       330            340          350       360 
KIAA09 WKEEEKEKLVDEMEKVKEMFMK----EFK-ELTSKNS---ALEYQLSEIQKSNMQIKSNI
         ::: ...  :. : .  :::    ..: ::..:.:   ::. .:  ....: . :..:
KIAA03 --EEEIKQI--EVYKSHSKFMKTKIDQLKQELSKKESELLALQTKLETLSNQNSDCKQHI
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KIAA09 GTLKDAHEFKEDRSPYPQDFHNVMQL-LDSQESKWTARVQAIHQEHKKEKGRLLSHIEKL
        .::..   ::.:.   :   ....: :. .::  . ... . :.  .::: : ..:. .
KIAA03 EVLKESLTAKEQRAAILQTEVDALRLRLEEKESFLNKKTKQL-QDLTEEKGTLAGEIRDM
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KIAA09 RTSMIDDLNASNVFYKKRIEELGQRLQEQNELIITQRQQIKDFTCNPLNSISEPKVNAPA
       .  .       ::. .:.::.: ..:..... . . ....:..  .  :. .   .   :
KIAA03 KDMLEVKERKINVL-QKKIENLQEQLRDKDKQLTNLKDRVKSLQTDSSNTDTALATLEEA
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KIAA09 LHTLETKSSLPMVHEQAFSS--HILEPIEELSEEEKGRENEQKLNNNKMHLRKALKSNSS
       :   : .  .  ..::   .  . :: :: . .:.:  . ..:.:  . .: .  .:  .
KIAA03 LS--EKERIIERLKEQRERDDRERLEEIESFRKENK--DLKEKVNALQAELTEKESSLID
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KIAA09 LTKGLRTMVEQNLME--KLETLGINADIRGISSDQLHRVLKSVESERHKQEREIPNF-HQ
       : .   ...  .: .  ::..: :  . .    ..:.  ::.... .  . :  :.:  :
KIAA03 LKEHASSLASAGLKRDSKLKSLEIAIEQKKEECSKLEAQLKKAHNIED-DSRMNPEFADQ
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       :..         ....:    :.:. .: ..    :. : ..                  
KIAA03 IKQ---------LDKEASYYRDECGKAQAEVDRLLEILKEVENEKNDKDKKIAELESLTL
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KIAA09 TSVPKIKKNVMEDPFPRKSSTITTPPFSSEEEQEDDDLIRAYASPGPLPVPPPQNKGSFG
                                                                   
KIAA03 RHMKDQNKKVANLKHNQQLEKKKNAQLLEEVRRREDSMADNSQHLQIEELMNALEKTRQE
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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]