# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk07740.fasta.huge -Q ../query/KIAA0995.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0995, 1014 aa vs ./tmplib.23663 library 1986491 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2590+/-0.00726; mu= 8.3584+/- 0.492 mean_var=221.7206+/-52.225, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.086133 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0553 ( 1450 res) pf08859 (1450) 242 43.8 0.0002 >>KIAA0553 ( 1450 res) pf08859 (1450 aa) initn: 202 init1: 86 opt: 242 Z-score: 171.4 bits: 43.8 E(): 0.0002 Smith-Waterman score: 253; 20.178% identity (51.505% similar) in 897 aa overlap (122-986:176-1014) 100 110 120 130 140 150 KIAA09 LLLLLQQHQRPPKRRLAHPELRRWIDGAAAGSGDRGRAGAGAGTAAAAAATAAAPGGDGV : :. ......::.:.:. . :.. KIAA05 ELAEQRKQAECAPGSGPMFKPTTVAVDEEGGEDDKDESATNSGTGATASC---GLGSEFS 150 160 170 180 190 200 160 170 180 190 200 210 KIAA09 ADAADPPTGGVGRAQRGLVLRPAPGHLRERAAPLPVALLLGLPFTLYMALPSTMIIVAVY .: . : :. ::. ::: : .. . . :: :. . : . : KIAA05 TDKGGPFTAVQITNTTGLA--QAPG-LASQGISFGIKNNLGTPLQKLGVSFSFAKKAPVK 210 220 230 240 250 220 230 240 250 260 270 KIAA09 CPVIAAVFIVLKMVNYRLHRALDAGEVVDRTANEFTDQRTKAEQGNCSTR-RKDSNGPSD ::.:: .. . . . : :. ... :.. .:. . .:... :.: KIAA05 LESIASVFK-----DHAEEGTSEDGTKPDEKSSDQGLQKVGDSDGSSNLDGKKEDEDPQD 260 270 280 290 300 310 280 290 300 310 320 KIAA09 PGGGIE--MSEFIR-EATPPVGCSSRNSYAGLDPSN-QIGSGSSRL---GTAATIKGDTD ::.. .:.. : . .: . . : . :.. .. . : .. . ::. KIAA05 -GGSLASTLSKLKRMKREEGAGATEPEYYHYIPPAHCKVKPNFPFLLFMRASEQMDGDNT 320 330 340 350 360 370 330 340 350 360 370 380 KIAA09 T-AKTSDDISLSLGQSSSLCKEGSEEQDLAADRKLFRLVSNDSFISI-QPSLSSCGQDLP : :.. . . . . . . : ... : .:.. . .. . . :. .:: . . KIAA05 THPKNAPESKKGSSPKPKSCIKAAASQ--GAEKTVSEVSEQPKETSMTEPSEPGSKAEAK 380 390 400 410 420 430 390 400 410 420 430 KIAA09 R----DFSDKVNLPSHNHHHHVDQSLSSACDTEVASLVPLHSHSYRKDHRPRG-----VP . : ::. .: ::... : : . :.. .: ..: . ..: : . KIAA05 KALGGDVSDQ-SLESHSQKVSETQMCESNSSKETSLATPAGKESQEGPKHPTGPFFPVLS 440 450 460 470 480 490 440 450 460 470 480 KIAA09 RTSSSAVAFPDTSLNDFPLYQQRRGLDPVSELESSKPL----SGSKESLVENSGLSGEFQ . :.:. .:. : .. . .: : : .:: . :... ....: . KIAA05 KDESTALQWPSELL----IFTKA---EP-SISYSCNPLYFDFKLSRNKDARTKGTEKPKD 500 510 520 530 540 490 500 510 520 530 540 KIAA09 LAGDLKINTSQ-PPTKSGKSKPLKAEKSMDSLRSLSTRSSGSTESYCSGTDRDTNSTVSS .... : . . : . .::: . .:: . : : . .. .. : ::: ... . . KIAA05 IGSSSKDHLQGLDPGEPNKSKEVGGEKIVRS--SGGRMDAPASGSACSGLNKQEPGGSHG 550 560 570 580 590 600 550 560 570 580 590 600 KIAA09 YKSEQTSSTHIESILSEHEESPKAGTKSGRKKECCAGPEEKNSCASDKRTSSEKIAMEAS ..:.:. .:. :..:.: :. .. .::. .. .... :. .. ::. . : : KIAA05 SETEDTG----RSLPSKKERSGKSHRHKKKKKHKKSSKHKRKHKADTEEKSSKAESGEKS 610 620 630 640 650 610 620 630 640 650 660 KIAA09 TNSGVHEAKDPTPSDEMHNQRGLSTSASEEANKNPHANEFTSQGD--RPPGNTAENKEEK . .. : : ..:: . .. : . .: : : . :.. : KIAA05 KKRKKRKRKKNKSSAPADSERGPKPEPPGSGSPAPPRRRRRAQDDSQRRSLPAEEGSSGK 660 670 680 690 700 710 670 680 690 700 710 720 KIAA09 SDKSAVSVDSKVRKDVGGKQKEGDVRPKSSSVIHRTASAHKSGRRRTGKKRASSFDSSRH .:... . .:. : ::....:.. :.: .: :....:.: . ... :: : . KIAA05 KDEGGGGSSSQ---DHGGRKHKGELPPSSC---QRRAGTKRSSRS-SHRSQPSSGDEDSD 720 730 740 750 760 730 740 750 760 770 KIAA09 RDYVCFRGVSGTKPHSAIFCHDEDSSDQSDLSRASS--VQSAHQFS----SDSSSSTTSH : : . . . . ..:::... . ::. : .:.:. : :.::...... KIAA05 -DASSHRLHQKSPSQYSEEEEEEDSGSEHSRSRSRSGRRHSSHRSSRRSYSSSSDASSDQ 770 780 790 800 810 820 780 790 800 810 820 830 KIAA09 SCQSPEGRYSALKTKHTHKERGTDSEHTHKAHLVPEGTSKKRATRRTSSTNSAKTRARVL :: : . :: . . . :...: . ..::.:. :. :... KIAA05 SCYSRQRSYSDDSYSDYSDRSRRHSKRSHDSDDSDYASSKHRSKRHKYSSSD-------- 830 840 850 860 870 880 840 850 860 870 880 890 KIAA09 SLDSGTVACLNDSNRLMAPESIKPLTTSKSDLEAKEGEVLDELSLLGRASQLETVTRSRN :. ...: .. .: . . . ..: . . : :.. .. :::. KIAA05 --DDYSLSCSQSRSRSRSHTRERSRSRGRSRSSSCSRSRSKRRS---RSTTAHSWQRSRS 890 900 910 920 930 900 910 920 930 940 950 KIAA09 SLPNQVAFPEGEEQDAVSGAAQASEEAVSFRRERSTFRRQAVRRRHNAGSNPTPPTLLIG .. .. : ::. . : : .:: . ::. .: . ...: : KIAA05 YSRDRSRSTRSPSQR--SGSRKRSWGHES-PEERHSGRRDFIRSKIYRSQSPHYFRSGRG 940 950 960 970 980 990 960 970 980 990 1000 1010 KIAA09 SPLSLQDGQQGQQSTAQVKVQSRPPSQAAVLSASASLLVSSLLRCMRLVAVICHL . .: .:..: : . :::: KIAA05 EGPGKKDDGRGDDSKA-----TGPPSQNSNIGTGRGSEGDCSPEDKNSVTAKLLLEKIQS 1000 1010 1020 1030 1040 1014 residues in 1 query sequences 1986491 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:24:34 2008 done: Thu Dec 18 15:24:35 2008 Total Scan time: 0.700 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]