# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk06065.fasta.huge -Q ../query/KIAA0991.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0991, 630 aa vs ./tmplib.23663 library 1986875 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.7782+/-0.00861; mu= -21.0087+/- 0.578 mean_var=415.9900+/-100.277, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 9 in 1/39 Lambda= 0.062883 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0158 ( 367 res) ha03233 ( 367) 981 103.2 3.9e-23 KIAA0128 ( 424 res) ha03961 ( 424) 864 92.7 6.8e-20 KIAA0202 ( 508 res) ha02944 ( 508) 862 92.6 8.9e-20 >>KIAA0158 ( 367 res) ha03233 (367 aa) initn: 630 init1: 457 opt: 981 Z-score: 507.2 bits: 103.2 E(): 3.9e-23 Smith-Waterman score: 981; 46.519% identity (78.481% similar) in 316 aa overlap (306-618:9-319) 280 290 300 310 320 330 KIAA09 AEATPRSQEATEAAPSCVGDMADTPRDAGLKQAPASR-NEKAPVDFGYVGIDSILEQMRR :: :.. : ..: ::::. .. .:..: KIAA01 DEASQKMSKQQPTQFINPETP---GYVGFANLPNQVHR 10 20 30 340 350 360 370 380 390 KIAA09 KAMKQGFEFNIMVVGQSGLGKSTLINTLFKSKISRKSVQPTSEERIPKTIEIKSITHDIE :..:.::::..::::.::::::::::.:: . . . : : . :.: .:..:.. : .:: KIAA01 KSVKKGFEFTLMVVGESGLGKSTLINSLFLTDLYPERVIPGAAEKIERTVQIEASTVEIE 40 50 60 70 80 90 400 410 420 430 440 450 KIAA09 EKGVRMKLTVIDTPGFGDHINNENCWQPIMKFINDQYEKYLQEEVNINRKKRIPDTRVHC :.::...:::.::::.:: :: ..:.. :...:..:.:.::..: ..::.. : :.:::: KIAA01 ERGVKLRLTVVDTPGYGDAINCRDCFKTIISYIDEQFERYLHDESGLNRRH-IIDNRVHC 100 110 120 130 140 150 460 470 480 490 500 510 KIAA09 CLYFIPATGHSLRPLDIEFMKRLSKVVNIVPVIAKADTLTLEERVHFKQRITADLLSNGI :.::: ::.:.:::. ::: . . :::::::::::::::.:: ..:.:: .. ..: KIAA01 CFYFISPFGHGLKPLDVAFMKAIHNKVNIVPVIAKADTLTLKERERLKKRILDEIEEHNI 160 170 180 190 200 210 520 530 540 550 560 570 KIAA09 DVY--PQKEFDEDSEDRLVNEKFREMIPFAVVGSDHEYQVNGKRILGRKTKWGTIEVENT .: :. : ::: . . .. .. :::.::::.. ...::.. :: ::..:::: KIAA01 KIYHLPDAESDEDEDFKEQTRLLKASIPFSVVGSNQLIEAKGKKVRGRLYPWGVVEVENP 220 230 240 250 260 270 580 590 600 610 620 630 KIAA09 THCEFAYLRDLLIRTHMQNIKDITSSIHFEAYRVKRLNEGSSAMANGVEEKEPEAPEM : .: :: .:: ::::.....:...:.: .: .::..:. . : KIAA01 EHNDFLKLRTMLI-THMQDLQEVTQDLHYENFRSERLKRGGRKVENEDMNKDQILLEKEA 280 290 300 310 320 330 KIAA01 ELRRMQEMIARMQAQMQMQMQGGDGDGGALGHHV 340 350 360 >>KIAA0128 ( 424 res) ha03961 (424 aa) initn: 817 init1: 268 opt: 864 Z-score: 449.0 bits: 92.7 E(): 6.8e-20 Smith-Waterman score: 864; 44.369% identity (78.498% similar) in 293 aa overlap (321-611:18-302) 300 310 320 330 340 350 KIAA09 SCVGDMADTPRDAGLKQAPASRNEKAPVDFGYVGIDSILEQMRRKAMKQGFEFNIMVVGQ :.::.::. .:. :...::: :::. ::. 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