# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk05454.fasta.huge -Q ../query/KIAA0990.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0990, 883 aa vs ./tmplib.23663 library 1986622 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8592+/-0.00592; mu= 19.7471+/- 0.404 mean_var=140.1680+/-32.281, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.108330 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1402 ( 788 res) hk09846 ( 788) 489 88.5 3.2e-18 >>KIAA1402 ( 788 res) hk09846 (788 aa) initn: 328 init1: 152 opt: 489 Z-score: 419.0 bits: 88.5 E(): 3.2e-18 Smith-Waterman score: 679; 25.207% identity (53.018% similar) in 845 aa overlap (74-865:6-782) 50 60 70 80 90 100 KIAA09 AALGRAGLRGRGQRAEGARGLRRRRRRRRRPGGRSGAGMAARGRRAWLSVL---LGLVLG : : :: .. . :..: : :.:: KIAA14 SLRLCPWGTHLAGPTTMRLSSLLALLRPALPLILG 10 20 30 110 120 130 140 150 KIAA09 FVLASRLVLPRASELKRAGPRRRASPEGCRSG-QAAASQAGGARGDAR-GAQLWPPGSDP . :. : : :.: .. : . : :.: : :.: ..: .. : :: KIAA14 LSLGCSLSLLRVSWIQGEGEDPCVEAVGERGGPQNPDSRARLDQSDEDFKPRIVPYYRDP 40 50 60 70 80 90 160 170 180 190 200 KIAA09 DG---------------GPRDRNFLFVGVMTAQKYLQTRAVAAYRTWSKTIPGKVQFFSS . : :.: :.:.:.:.. :.: :::. :: .. .: . : .. KIAA14 NKPYKKVLRTRYIQTELGSRER--LLVAVLTSRATLSTLAVAVNRTVAHHFPRLLYFTGQ 100 110 120 130 140 150 210 220 230 240 250 260 KIAA09 EGSDTSVPIPVVPLRGVDDSYPPQKKSFMMLKYMHDHYLDKYEWFMRADDDVYIKGDRLE .:. . . . :: .: : : : :...: :. :.::. .::.:... :: KIAA14 RGARAPAGMQVVS-HG--DERPAWLMS-ETLRHLHTHFGADYDWFFIMQDDTYVQAPRLA 160 170 180 190 200 270 280 290 300 310 320 KIAA09 NFLRSLNSSEPLFLGQTGLGTTEEMGKLALEPGENFCMGGPGVIMSREVLRRMVPHIGKC . :. .. :.::. . : .: : : .. .: :: : ..:: .: :. ::. : KIAA14 ALAGHLSINQDLYLGR----AEEFIG--AGEQAR-YCHGGFGYLLSRSLLLRLRPHLDGC 210 220 230 240 250 260 330 340 350 360 370 380 KIAA09 LREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEMQQLFYENYEQNKKGYIRDLHNSKIHQAIT .. ... : .:::. :: :: ... :: :...: :. . .: . .:.. KIAA14 RGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQ--YRSFELAKNRDPEKEGSSAFLSAFA 270 280 290 300 310 320 390 400 410 420 430 KIAA09 LHPNKNPPYQYRLHSYM----LSRKISELRHRTIQLHREIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGI .:: .. .::::. . : : ::... :. :...... ... . . .:. KIAA14 VHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQI-RNLTVLTPEGEAGL---SWPVGL 330 340 350 360 370 440 450 460 470 480 490 KIAA09 PPSFMRFQPRQREEILEWEFLTGKYLYSAVDGQPPRRGMDSAQREALDDIVMQVMEMINA : : :..: :.: :...: .. .: .:: : . ...:.: . : . ..:..: KIAA14 PAPFT---PHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAP-KCPLQGASRADVGDALETALEQLNR 380 390 400 410 420 430 500 510 520 530 540 550 KIAA09 NAKTRGRIIDFKEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLLLLYKKHKGKKMTVPVRRHAYLQQTFS . : :. . ... :::: .: : :: ::::: ..:.. .. :.. : . .: KIAA14 RYQPRLRF-QKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRALA--RRVSLLRPLS 440 450 460 470 480 560 570 580 590 600 610 KIAA09 KIQFVEHEELDAQELAKRINQESGSLSFLSNSLKKLVPFQLPGSKSEHKEPKDKKINILI ..... . ..... . : . :: .:. KIAA14 RVEILP-------------------MPYVTEATR--VQLVLP---------------LLV 490 500 510 620 630 640 650 660 670 KIAA09 PLSGRFDMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLF-----NSDSNPDKAKQVELMT-DYRI .. :.. : . : : ... :..:: .. . :: :. . . . KIAA14 AEAAAAPAFLE---AFAANVLEPREHALLTLLLVYGPREGGRGAPDPFLGVKAAAAELER 520 530 540 550 560 570 680 690 700 710 720 730 KIAA09 KYPKADMQILPVSGEF-SRALALEVGSSQFNNESLLFFCDVDLVFTTEFLQRCRANTVLG .:: . . : : .: :.. ..: :.. ..:.:. : : :.::: :.. : KIAA14 RYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPGPEVLNRCRMNAISG 580 590 600 610 620 630 740 750 760 770 KIAA09 QQIYFPIIFSQYDPKIVY---------SGKVPSDNHFAFTQKT----GFWRNYGFGITCI : .::. :....: . .: : . : .. : . . . :. KIAA14 WQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPIGGRFDRQASAEGCF 640 650 660 670 680 690 780 790 800 810 820 830 KIAA09 YKGDLV----RVGGFDVSIQGW-----GLEDVDLFNKVVQAGLKTFRSQEVGVVHVHHPV :..: . :..: ... : ::: .:.: . .::. ::. : :.:. KIAA14 YNADYLAARARLAG-ELAGQEEEEALEGLEVMDVFLRF--SGLHLFRAVEPGLVQKFSLR 700 710 720 730 740 840 850 860 870 880 KIAA09 FCDPNLDPKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEMWLEKNDPSYSKSSNNNGSVRTA :.: :. . :. : :. :. ::: .:. KIAA14 DCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQANST 750 760 770 780 883 residues in 1 query sequences 1986622 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:24:23 2008 done: Thu Dec 18 15:24:23 2008 Total Scan time: 0.610 Total Display time: 0.040 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]