# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj07083.fasta.nr -Q ../query/KIAA0980.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0980, 1406 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7812920 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2411+/-0.000202; mu= 11.2049+/- 0.011 mean_var=134.3163+/-25.737, 0's: 34 Z-trim: 79 B-trim: 346 in 1/65 Lambda= 0.110665 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|118601093|sp|Q9Y2I6.2|NLP_HUMAN RecName: Full=N (1382) 9058 1458.9 0 gi|22137756|gb|AAH36380.1| Ninein-like [Homo sapie (1380) 9006 1450.6 0 gi|190411074|gb|ACE78295.1| ninein-like protein is (1033) 4837 784.9 0 gi|109468999|ref|XP_230778.4| PREDICTED: similar t (1396) 4409 716.7 2.8e-203 gi|123230312|emb|CAM17134.1| novel protein [Mus mu (1394) 4337 705.2 8.2e-200 gi|73989862|ref|XP_534204.2| PREDICTED: similar to (1476) 3751 611.6 1.2e-171 gi|44890493|gb|AAH67071.1| RIKEN cDNA 4930519N13 g (1186) 3709 604.8 1.1e-169 gi|194224081|ref|XP_001490704.2| PREDICTED: simila (1057) 3537 577.3 1.9e-161 gi|126304263|ref|XP_001382084.1| PREDICTED: hypoth (1498) 3169 518.7 1.2e-143 gi|117949608|sp|Q6ZQ12.2|NINLP_MOUSE RecName: Full (1276) 3137 513.5 3.6e-142 gi|148696643|gb|EDL28590.1| RIKEN cDNA 4930519N13, (1406) 2774 455.6 1.1e-124 gi|148696644|gb|EDL28591.1| RIKEN cDNA 4930519N13, (1059) 2737 449.6 5.3e-123 gi|149031102|gb|EDL86129.1| rCG37377, isoform CRA_ ( 560) 2728 447.9 9.3e-123 gi|221039762|dbj|BAH11644.1| unnamed protein produ ( 420) 2691 441.8 4.6e-121 gi|213623902|gb|AAI70378.1| Unknown (protein for M (1397) 2182 361.1 3.1e-96 gi|52630453|gb|AAT67990.2| ninein-like protein [Xe (1836) 2089 346.4 1.1e-91 gi|148696646|gb|EDL28593.1| RIKEN cDNA 4930519N13, ( 775) 1769 294.9 1.4e-76 gi|149031101|gb|EDL86128.1| rCG37377, isoform CRA_ ( 858) 1621 271.3 2e-69 gi|148696645|gb|EDL28592.1| RIKEN cDNA 4930519N13, ( 987) 1620 271.2 2.5e-69 gi|134025602|gb|AAI35981.1| Nlp protein [Xenopus t ( 390) 1437 241.6 8.1e-61 gi|194685646|ref|XP_001787474.1| PREDICTED: simila ( 430) 1221 207.1 2.1e-50 gi|60688401|gb|AAH90932.1| NIN protein [Homo sapie (1377) 1220 207.5 5.2e-50 gi|149410361|ref|XP_001514734.1| PREDICTED: simila (2118) 1187 202.4 2.7e-48 gi|149410359|ref|XP_001514688.1| PREDICTED: simila (2127) 1187 202.4 2.7e-48 gi|119586105|gb|EAW65701.1| ninein (GSK3B interact (1275) 1182 201.4 3.3e-48 gi|52699551|gb|AAU86898.1| ninein isoform 6 [Homo (1989) 1178 201.0 7e-48 gi|148704640|gb|EDL36587.1| ninein, isoform CRA_b (2081) 1178 201.0 7.2e-48 gi|148704639|gb|EDL36586.1| ninein, isoform CRA_a (2084) 1178 201.0 7.2e-48 gi|21930287|gb|AAG33512.2|AF302773_1 ninein-Lm iso (2090) 1178 201.0 7.2e-48 gi|119586101|gb|EAW65697.1| ninein (GSK3B interact (1956) 1175 200.5 9.6e-48 gi|187952713|gb|AAI37790.1| Nin protein [Mus muscu (2035) 1175 200.5 9.9e-48 gi|219519243|gb|AAI44914.1| Ninein [Mus musculus] (2035) 1175 200.5 9.9e-48 gi|50400728|sp|Q61043.2|NIN_MOUSE RecName: Full=Ni (2035) 1175 200.5 9.9e-48 gi|148536871|ref|NP_891989.2| ninein isoform 1 [Ho (2046) 1175 200.5 9.9e-48 gi|119586100|gb|EAW65696.1| ninein (GSK3B interact (2052) 1175 200.5 9.9e-48 gi|50400772|sp|Q8N4C6.3|NIN_HUMAN RecName: Full=Ni (2090) 1175 200.5 1e-47 gi|119586097|gb|EAW65693.1| ninein (GSK3B interact (2095) 1175 200.5 1e-47 gi|33946313|ref|NP_057434.3| ninein isoform 4 [Hom (2096) 1175 200.5 1e-47 gi|148536869|ref|NP_065972.3| ninein isoform 2 [Ho (2133) 1175 200.5 1e-47 gi|119586103|gb|EAW65699.1| ninein (GSK3B interact (2139) 1175 200.5 1e-47 gi|125346156|ref|NP_032723.2| ninein isoform 2 [Mu (2035) 1173 200.2 1.2e-47 gi|125346101|ref|NP_001074922.1| ninein isoform 1 (2113) 1173 200.2 1.3e-47 gi|109083597|ref|XP_001098065.1| PREDICTED: simila (2270) 1172 200.1 1.5e-47 gi|21930292|gb|AAF23015.2| ninein [Homo sapiens] (2096) 1170 199.7 1.8e-47 gi|46309834|gb|AAS87211.1| ninein [Mus musculus] (2113) 1169 199.6 2e-47 gi|194207371|ref|XP_001916189.1| PREDICTED: ninein (2083) 1166 199.1 2.7e-47 gi|74202635|dbj|BAE24872.1| unnamed protein produc ( 884) 1134 193.6 5.2e-46 gi|73963756|ref|XP_537442.2| PREDICTED: similar to (2129) 1133 193.8 1.1e-45 gi|1113865|gb|AAA83234.1| ninein (2168) 1111 190.3 1.2e-44 gi|149051367|gb|EDM03540.1| ninein (predicted), is (2031) 1105 189.3 2.3e-44 >>gi|118601093|sp|Q9Y2I6.2|NLP_HUMAN RecName: Full=Ninei (1382 aa) initn: 9058 init1: 9058 opt: 9058 Z-score: 7817.1 bits: 1458.9 E(): 0 Smith-Waterman score: 9058; 100.000% identity (100.000% similar) in 1382 aa overlap (25-1406:1-1382) 10 20 30 40 50 60 KIAA09 GTGVVPRSWPRAGGRRRRLPACYGMDEEENHYVSQLREVYSSCDTTGTGFLDRQELTQLC :::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|118 MDEEENHYVSQLREVYSSCDTTGTGFLDRQELTQLC 10 20 30 70 80 90 100 110 120 KIAA09 LKLHLEQQLPVLLQTLLGNDHFARVNFEEFKEGFVAVLSSNAGVRPSDEDSSSLESAASS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|118 LKLHLEQQLPVLLQTLLGNDHFARVNFEEFKEGFVAVLSSNAGVRPSDEDSSSLESAASS 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 KIAA09 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