# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj07056s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0979.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0979, 1483 aa vs ./tmplib.23663 library 1986022 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8723+/-0.00887; mu= -5.9925+/- 0.599 mean_var=355.1898+/-85.689, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.068052 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0648 ( 851 res) hj03994 ( 851) 3433 352.2 2.4e-97 >>KIAA0648 ( 851 res) hj03994 (851 aa) initn: 3479 init1: 3401 opt: 3433 Z-score: 1839.4 bits: 352.2 E(): 2.4e-97 Smith-Waterman score: 3476; 62.457% identity (83.314% similar) in 863 aa overlap (513-1362:1-846) 490 500 510 520 530 540 KIAA09 NSIDDRLLVERIFAQYMVPHNLETTERMKCLYYLYATLDLNAVKALNEMWKCQNLLRHQV ::::::.:: ::::::::::::::.:: .: KIAA06 LYYLYASLDPNAVKALNEMWKCQNMLRSHV 10 20 30 550 560 570 580 590 600 KIAA09 KDLLDLIKQPKTDASVKAIFSKVMVITRNLPDPGKAQDFMKKFTQVLEDDEKIRKQLEVL ..:::: ::: ..:. .:.:.:.:.:..:::::::::::.:::.::: ::::.:.:::.: KIAA06 RELLDLHKQPTSEANCSAMFGKLMTIAKNLPDPGKAQDFVKKFNQVLGDDEKLRSQLELL 40 50 60 70 80 90 610 620 630 640 650 660 KIAA09 VSPTCSCKQAEGCVREITKKLGNPKQPTNPFLEMIKFLLERIAPVHIDTESISALIKQVN .:::::::::. :::::..::.::::::::::::.:::::::::::::.:.::::.: .: KIAA06 ISPTCSCKQADICVREIARKLANPKQPTNPFLEMVKFLLERIAPVHIDSEAISALVKLMN 100 110 120 130 140 150 670 680 690 700 710 720 KIAA09 KSIDGTADDEDEGVPTDQAIRAGLELLKVLSFTHPISFHSAETFESLLACLKMDDEKVAE :::.::::::.::: : :::.::::::::::::: :::::::.:::: ::.:.:.:::: KIAA06 KSIEGTADDEEEGVSPDTAIRSGLELLKVLSFTHPTSFHSAETYESLLQCLRMEDDKVAE 160 170 180 190 200 210 730 740 750 760 770 780 KIAA09 AALQIFKNTGSKIEEDFPHIRSALLPVLHHKSKKGPPRQAKYAIHCIHAIFSSKETQFAQ ::.:::.::: ::: :.:.:::.:.:.::.:.:.: :.::: :.:::::::..::.:.:: KIAA06 AAIQIFRNTGHKIETDLPQIRSTLIPILHQKAKRGTPHQAKQAVHCIHAIFTNKEVQLAQ 220 230 240 250 260 270 790 800 810 820 830 840 KIAA09 IFEPLHKSLDPSNLEHLITPLVTIGHIALLAPDQFAAPLKSLVATFIVKDLLMNDRLPGK ::::: .::. . :.::::::..:::..:::::::.:.::.::.::::::::::: :. KIAA06 IFEPLSRSLNADVPEQLITPLVSLGHISMLAPDQFASPMKSVVANFIVKDLLMNDRSTGE 280 290 300 310 320 330 850 860 870 880 890 900 KIAA09 KTTKLWVPDEEVSPETMVKIQAIKMMVRWLLGMKNNHSKSGTSTLRLLTTILHSDGDLTE :. ::: ::::::::...:.::::..::::::::::.:::..::::::...: :.::::: KIAA06 KNGKLWSPDEEVSPEVLAKVQAIKLLVRWLLGMKNNQSKSANSTLRLLSAMLVSEGDLTE 340 350 360 370 380 390 910 920 930 940 950 960 KIAA09 QGKISKPDMSRLRLAAGSAIVKLAQEPCYHEIITLEQYQLCALAINDECYQVRQVFAQKL : .::: :::::::::::::.::::::::::::: ::.:::::.::::::::::.::::: KIAA06 QKRISKSDMSRLRLAAGSAIMKLAQEPCYHEIITPEQFQLCALVINDECYQVRQIFAQKL 400 410 420 430 440 450 970 980 990 1000 1010 1020 KIAA09 HKGLSRLRLPLEYMAICALCAKDPVKERRAHARQCLVKNINVRREYLKQHAAVSEKLLSL ::.: .: :::::::: :::::::::::::::::::.:::..::::.::. ..:::::: KIAA06 HKALVKLLLPLEYMAIFALCAKDPVKERRAHARQCLLKNISIRREYIKQNPMATEKLLSL 460 470 480 490 500 510 1030 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA09 LPEYVVPYTIHLLAHDPDYVKVQDIEQLKDVKECLWFVLEILMAKNENNSHAFIRKMVEN :::::::: :::::::::... ::..::.:.::::::.::.::.:::::::::..::.:: KIAA06 LPEYVVPYMIHLLAHDPDFTRSQDVDQLRDIKECLWFMLEVLMTKNENNSHAFMKKMAEN 520 530 540 550 560 570 1090 1100 1110 1120 1130 1140 KIAA09 IKQTKDAQGPDDAKMNEKLYTVCDVAMNIIMSKSTTYSLESPKDPVLPARFFTQPDKNFS :: :.:::.::..: :::::::::::. .: :::. . .:::::::: .:::::.:.: KIAA06 IKLTRDAQSPDESKTNEKLYTVCDVALCVINSKSALCNADSPKDPVLPMKFFTQPEKDFC 580 590 600 610 620 630 1150 1160 1170 1180 1190 1200 KIAA09 NTKNYLPPEMKSFFTPGKPKTTNVLGAVNKPLSSAGKQSQTKSSRMETVSNASSSS--NP : :.:. : . .. :::: ..::::::::::..:.. ..:. :: :: . .: :: KIAA06 NDKSYISEETRVLLLTGKPKPAGVLGAVNKPLSATGRKPYVRSTGTETGSNINVNSELNP 640 650 660 670 680 690 1210 1220 1230 1240 1250 KIAA09 SSPGRIKGRLDSSEMDH---SENEDYTMS--SPLPGKKSD----KRDDSDLV-RSELEKP :. .: .: .::: . ::::. . : : :. : :. .:: . .... . KIAA06 STGNR--SREQSSEAAETGVSENEENPVRIISVTPVKNIDPVKNKEINSDQATQGNISSD 700 710 720 730 740 1260 1270 1280 1290 1300 1310 KIAA09 RGRKKTPVTEQEEKLGMDDLTKLVQEQKPKGSQRSRKRGHTASESDEQQWPEEKRLKEDI ::.:.: .. :.. . : :.:. : . .. :. . ::: . . KIAA06 RGKKRTVTAAGAENIQQKTDEK-VDESGPPAPSKPRRGRRPKSES-----------QGNA 750 760 770 780 790 1320 1330 1340 1350 1360 KIAA09 LENEDEQNSPPKKG-KRGRPPKPLGGGTPKEEPTMKTSKKGSKKKSGPPAPEEEEEEERQ .: :. :.: .:: ::. . :: : . :. : . :.. :: .. KIAA06 TKN-DDLNKPINKGRKRAAVGQESPGGL--EAGNAKAPKLQDLAKKAAPAERQIDLQR 800 810 820 830 840 850 1370 1380 1390 1400 1410 1420 KIAA09 SGNTEQKSKSKQHRVSRRAQQRAESPESSAIESTQSTPQKGRGRPSKTPSPSQPKKNVRV 1483 residues in 1 query sequences 1986022 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:23:58 2008 done: Thu Dec 18 15:23:59 2008 Total Scan time: 0.800 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]