# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj07018.fasta.huge -Q ../query/KIAA0977.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0977, 1207 aa vs ./tmplib.23663 library 1986298 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.7161+/-0.00801; mu= -18.0145+/- 0.538 mean_var=314.5289+/-78.322, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 290 in 2/38 Lambda= 0.072318 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0633 ( 1316 res) hj02892 (1316) 730 90.7 1.6e-18 >>KIAA0633 ( 1316 res) hj02892 (1316 aa) initn: 886 init1: 357 opt: 730 Z-score: 424.3 bits: 90.7 E(): 1.6e-18 Smith-Waterman score: 896; 26.741% identity (53.396% similar) in 1163 aa overlap (26-1105:40-1081) 10 20 30 40 50 KIAA09 RSASFAPASGRRASRPDPPASPTPAVTRRLGAGARAAPRRAMDGRTPRPQDA--P .::: . ::. .:: .:: . : : KIAA06 RCPPPARVGGRWVSAEKVNEGGSGGGGSQRLTRRARSTARVPAPGTMD--APRASAAKPP 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 KIAA09 ARRKPKAKAPLPPAETKYTDVSSAADSVESTAFIMEQ-----KENMIDKDVELSVVLPGD . :: ::.:: ::... : : .. :. .: :: . . ....::::. 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