# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj06525.fasta.huge -Q ../query/KIAA0969.ptfa ./tmplib.23663 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
KIAA0969, 1091 aa
vs ./tmplib.23663 library
1986414 residues in 2037 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5160+/-0.00969; mu= -6.8709+/- 0.657
mean_var=434.6439+/-105.150, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 0 in 0/40
Lambda= 0.061519
FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2037)
KIAA1686 ( 1175 res) fh25862s1 (1175) 693 76.6 2.2e-14
>>KIAA1686 ( 1175 res) fh25862s1 (1175 aa)
initn: 1229 init1: 511 opt: 693 Z-score: 350.0 bits: 76.6 E(): 2.2e-14
Smith-Waterman score: 1552; 31.255% identity (57.456% similar) in 1187 aa overlap (1-1078:66-1168)
10 20 30
KIAA09 SFPARGSHLRSRHNERRNTFLHPVTGQVPE
.. .:.. ::::. : :::::: .
KIAA16 STTWLHPVTGEAVVTGHRRQSTDLPTGWEEAYTFEGARYYINHNERKVTCKHPVTGQPSQ
40 50 60 70 80 90
40 50 60 70 80
KIAA09 ENKKFDLKISTL-DMSNKTGGKRPATTNSDIPNHNMVSE--VPPERPSVRATRTARKAIA
.: : .. .:. :... .:: . .. :.:..:. : : : :..:...:.
KIAA16 DNCIFVVNEQTVATMTSEEKKERPISMINEASNYNVTSDYAVHPMSPVGRTSRASKKVHN
100 110 120 130 140 150
90 100 110 120 130 140
KIAA09 FGKRSHSMKRNPNAPVTKAGWLFKQASSGVKQWNKRWFVLVDRCLFYYKDEKEESILGSI
:::::.:.::::::::.. :::.:: :.:.: :.:::::: : :::::.:::::.:::::
KIAA16 FGKRSNSIKRNPNAPVVRRGWLYKQDSTGMKLWKKRWFVLSDLCLFYYRDEKEEGILGSI
160 170 180 190 200 210
150 160 170 180 190 200
KIAA09 PLLSFRVAAVQPSDNISRKHTFKAEHAGVRTYFFSAESPEEQEAWIQAMGEAARVQIPPA
: ::..: . :.:.::..::: : ..:::.: ... .:.: :..:: .:: :: :.
KIAA16 LLPSFQIALLTSEDHINRKYAFKAAHPNMRTYYFCTDTGKEMELWMKAMLDAALVQTEPV
220 230 240 250 260 270
210 220 230 240 250 260
KIAA09 QKSVPQAVRHSHEKPDSENVPPSKHHQQPPHNSLPKPEPEAKTRGEGDGRGCEK----AE
.. .: :::.: .. .. : : : ::: . . ... .. :: ::
KIAA16 KRV---------DKITSENAPTKETNNIPNHRVLIKPEIQNNQKNKEMSKIEEKKALEAE
280 290 300 310 320
270 280 290 300 310 320
KIAA09 RRPERPEVKKEPPVKANGLPAGPEPASEPGSPYPEGPRVPGGGEQPAQPNGWQ-YHSPSR
. . . . .: .: :.. . : : : .:. ::: .. . :
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330 340 350 360 370
330 340 350 360 370 380
KIAA09 PGSTAFPSQDGETGGHRRSFPP-RTNPDKIAQRKSSMNQLQQWVNLRRGVPPPEDLRSPS
.. . : ::.: . : :. :.. :: .::.::.::.....: :. :.
KIAA16 ENKIVNVSLADLRGGNRPNTGPLYTEADRVIQRTNSMQQLEQWIKIQKGRGHEEETRGVI
380 390 400 410 420 430
390 400 410 420 430
KIAA09 RFYPVSRRVPEYYGPYSSQYPDDYQYYPPG--VRPESICSM-PA-YDRISPPWALEDKRH
. . : .: . . ..::. :. : . .:::::::. :. .:. : : :.::.
KIAA16 SYQTLPRNMPSHRAQIMARYPEGYRTLPRNSKTRPESICSVTPSTHDKTLGPGA-EEKRR
440 450 460 470 480 490
440 450 460 470 480 490
KIAA09 AFRNGGGPAYQLREWKEPASYGRQDATVWIPSPSRQPVYYDELDAASSSLRRLSLQPRSH
..:. .:: ::.. :..:.. .: : .. ... .: : :
KIAA16 SMRD--DTMWQLYEWQQRQFYNKQST---LPRHSTL--------SSPKTMVNISDQTM-H
500 510 520 530 540
500 510 520 530 540
KIAA09 SVPRSPSQGS------YSRARIY-SPVRSPSARFERLPPRSEDIYADPAAYVM-RRSIS-
:.: :::.:: :: : : : : :: : . : . . .:: :::.
KIAA16 SIPTSPSHGSIAAYQGYSPQRTYRSEVSSPIQRGDVTIDRRHRAHHPKHVYVPDRRSVPA
550 560 570 580 590 600
550
KIAA09 -------SP-----KVP-------------------------------------PYPEVF
:: :.: : :..
KIAA16 GLTLQSVSPQSLQGKTPEELTLLLIKLRRQQAELSSIREHTLAQLMQLKLEAHSPKNEIL
610 620 630 640 650 660
560 570 580 590
KIAA09 --------------------RDSLHTYKLNEQDTDKLLGKLCEQNKVVREQDRLVQQLRA
: .:. :. .: : : :..::::.:::. .. .:::.
KIAA16 SHHLQRNTIYLDHQLSQDEGRGTLYKYRPEEVDIDAKLSRLCEQDKVVHALEEKLQQLHK
670 680 690 700 710 720
600 610 620 630 640 650
KIAA09 EKESLESALMGTHQELEMFGSQPAYPEKLRHKKDSLQNQLINIRVELSQATTALTNSTIE
:: .::.::... ::.:: ...:: . . ..:.::: :.. :::.::. : . :
KIAA16 EKYTLEQALLSASQEIEMHADNPAAIQTVVLQRDDLQNGLLSTCRELSRATAELERAWRE
730 740 750 760 770 780
660 670 680 690 700 710
KIAA09 YEHLESEVSALHDDLWEQLN----LDTQNEVLNR-QIQKEIWRIQDVMEGLRKNNPSRGT
:..:: .:.. .... :::. ..:.. ..: :::::.:::::::::: :.. .:::
KIAA16 YDKLEYDVTVTRNQMQEQLDHLGEVQTESAGIQRAQIQKELWRIQDVMEGLSKHKQQRGT
790 800 810 820 830 840
720 730 740 750 760 770
KIAA09 DTAKHRGGLGPSATYSSNSPASPLSSASLTSPLSPFSLVSGSQGSPTKPGSNEPKANYEQ
: .: . ::: :. .. .: .:.
KIAA16 TEI---GMIGSK----------------------PFSTVKYKNEGP----------DYRL
850 860
780 790 800 810 820
KIAA09 SKKDPHQTLPLDTPRDISLVPTRQEVEAEKQAALNK-----VGVVPPRTKSPTDDEVTPS
:..:. : .. : : ..: .: .... : :::::::.:::: . : .
KIAA16 YKSEPELTTVAEV--DESNGEEKSEPVSEIETSVVKGSHFPVGVVPPRAKSPTPESSTIA
870 880 890 900 910 920
830 840 850 860 870 880
KIAA09 AVVRRNASGLTNGLSSQERPKSAV----FPGEGKVKMSVEEQIDRMRRHQSGSMKEKRRS
. : . : . :::.::: . . .:.::::..:.::::.. ..::...
KIAA16 SYVTLRKTKKMMDLRT-ERPRSAVEQLCLAESTRPRMTVEEQMERIRRHQQACLREKKKG
930 940 950 960 970 980
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KIAA09 LQLPASPAPDPSPRPAYKVVR----RHRSIHEVDISNLEAALRAEEPGGHAYETPREEIA
:.. . : : :: . . .: : . .. : ..:..:.: :. .::: ::.
KIAA16 LNVIG--ASDQSPLQSPSNLRDNPFRTTQTRRRDDKELDTAIR-ENDVKPDHETPATEIV
990 1000 1010 1020 1030
950 960 970 980 990 1000
KIAA09 RLRKMELEPQHYDVDINKELSTPDKVLIPERYIDLEPDTPLSPEELKEKQKKVERIKTLI
.:. : ::: .::..:::. ... : .. ::. .. :. .:... ... .
KIAA16 QLK--ETEPQ--NVDFSKELKKTENISY-EMLFEPEPNG-VNSVEMMDKERNKDKMPEDV
1040 1050 1060 1070 1080 1090
1010 1020 1030 1040 1050 1060
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. : .... .. ........:::. . :: . :.:: .. ..:. .:::
KIAA16 TFSPQDETQTANHKPEEHPEENTKNSVDEQEETV-ISYESTPEVSRGNQTMAVKSLSPSP
1100 1110 1120 1130 1140 1150
1070 1080 1090
KIAA09 PTSPASPAPPANPLSSESPRGADSSYTMRV
.: :::.: ..: .:
KIAA16 ESS-ASPVPSTQPQLTEGSHFMCV
1160 1170
1091 residues in 1 query sequences
1986414 residues in 2037 library sequences
Scomplib [34.26]
start: Thu Dec 18 15:23:34 2008 done: Thu Dec 18 15:23:35 2008
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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]