# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj05484.fasta.huge -Q ../query/KIAA0953.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0953, 789 aa vs ./tmplib.23663 library 1986716 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1187+/-0.00705; mu= 6.2321+/- 0.481 mean_var=190.6147+/-45.635, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 4 in 1/39 Lambda= 0.092896 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0143 ( 885 res) ha03871 ( 885) 3033 419.4 7.8e-118 >>KIAA0143 ( 885 res) ha03871 (885 aa) initn: 3008 init1: 1180 opt: 3033 Z-score: 2207.3 bits: 419.4 E(): 7.8e-118 Smith-Waterman score: 3033; 59.950% identity (81.108% similar) in 794 aa overlap (1-777:1-785) 10 20 30 40 50 KIAA09 AGGARLRP------ARGRPPRLLPPRPGPCRPPPVPAPTVNERR----APPRAGWERRSD :::. :: . . : : : : :: :. : :. :: : . KIAA01 AGGGSCRPLGCVTAGSASAPSTLRPSPFASSRPPRPS---NGRHGAVGAPCAAPLSLGAA 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 KIAA09 AGLSRGARPAEMYGVCGCCGALRPRYKRLVDNIFPEDPEDGLVKTNMEKLTFYALSAPEK :. . : :.. :: ::.::::::::::::::::::.::::::.::::::::.::::: KIAA01 ASAVEIAMPTR---VCCCCSALRPRYKRLVDNIFPEDPKDGLVKTDMEKLTFYAVSAPEK 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 KIAA09 LDRIGAYLSERLIRDVGRHRYGYVCIAMEALDQLLMACHCQSINLFVESFLKMVAKLLES :::::.::.::: ::: ::: ::: :::::::::::::: :::. ::::::.:::::::: KIAA01 LDRIGSYLAERLSRDVVRHRSGYVLIAMEALDQLLMACHSQSIKPFVESFLHMVAKLLES 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 KIAA09 EKPNLQILGTNSFVKFANIEEDTPSYHRSYDFFVSRFSEMCHSSHDDLEIKTKIRMSGIK .:.::.::::::::::::::::::::: ::::::::: :::: :.: ::.:.::..::. KIAA01 GEPKLQVLGTNSFVKFANIEEDTPSYHRRYDFFVSRFSAMCHSCHSDPEIRTEIRIAGIR 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 KIAA09 GLQGVVRKTVNDELQANIWDPQHMDKIVPSLLFNLQHVEEAESR--SPSPLQAPEKEKES :.::::::::::::.:.::.::::::::::::::.:..::..:: :: .: .:: :. KIAA01 GIQGVVRKTVNDELRATIWEPQHMDKIVPSLLFNMQKIEEVDSRIGPPSSPSATDKE-EN 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 KIAA09 PAELAERCLRELLGRAAFGNIKNAIKPVLIHLDNHSLWEPKVFAIRCFKIIMYSIQPQHS :: ::: :.:::::::.:::..::..::. :::.:.::.:. ::..:::::::::: :.: KIAA01 PAVLAENCFRELLGRATFGNMNNAVRPVFAHLDHHKLWDPNEFAVHCFKIIMYSIQAQYS 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 KIAA09 HLVIQQLLGHLDANSRSAATVRAGIVEVLSEAAVIAATGSVGPTVLEMFNTLLRQLRLSI : :::..:::::: ...: :::::..:: ::..::: ::.::::::.:::::..::::. KIAA01 HHVIQEILGHLDARKKDAPRVRAGIIQVLLEAVAIAAKGSIGPTVLEVFNTLLKHLRLSV 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 KIAA09 DYA---LTGSYDGAVSLGTKIIKEHEERMFQEAVIKTVGSFASTLPTYQRSEVILFIMSK .. : :. :.:.:.:. :...:.. :.:.:.:.: :.:.:: :::::...:::.: KIAA01 EFEANDLQGGSVGSVNLNTSS-KDNDEKIVQNAIIQTIGFFGSNLPDYQRSEIMMFIMGK 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 KIAA09 VPR--PSLHQAVDTGRTGENRNRLTQIMLLKSLLQVSTGFQCNNMMSALPSNFLDRLLST :: : : ..: .. :. .: :::::.:::.:..:.. .....:::..::: ::: KIAA01 VPVFGTSTH-TLDISQLGDLGTRRIQIMLLRSLLMVTSGYKAKTIVTALPGSFLDPLLSP 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 580 KIAA09 ALMEDAEIRLFVLEILISFIDRHGNRHKFSTISTLSDISVLKLKVDKCSRQDTVFMKKHS .:::: :.: .:::.. ...::: :: :. : . :.. ::.: .: :::: ::::.. KIAA01 SLMEDYELRQLVLEVMHNLMDRHDNRAKLRGIRIIPDVADLKIKREKICRQDTSFMKKNG 540 550 560 570 580 590 590 600 610 620 630 640 KIAA09 QQLYRHIYLSCKEETNVQKHYEALYGLLALISIELANEEVVVDLIRLVLAVQDVAQVNEE :::::::::.:::: ::::.:: :: ::::.:::::::::.:::::..:.:: : .::. KIAA01 QQLYRHIYLGCKEEDNVQKNYELLYTSLALITIELANEEVVIDLIRLAIALQDSAIINED 600 610 620 630 640 650 650 660 670 680 690 700 KIAA09 NLPVYNRCALYALGAAYLNLISQLTTVPAFCQHIHEVIETRKKEAPYMLPEDVFVERPRL :::...::...:: :::::..::. .:::::::. .::: : ::::.::: .: .. : KIAA01 NLPMFHRCGIMALVAAYLNFVSQMIAVPAFCQHVSKVIEIRTMEAPYFLPEHIFRDKCML 660 670 680 690 700 710 710 720 730 740 750 760 KIAA09 SQNLDGVVIELLFRQSKISEVLGGSGYNSDRLCLPYIPQLTDEDRLSKRRSIGETISLQV ..:. .: : .::.: ::::::. .:: .::.::.:::::::.:.:: .:.:.:: KIAA01 PKSLEKHEKDLYFLTNKIAESLGGSGYSVERLSVPYVPQVTDEDRLSRRKSIVDTVSIQV 720 730 740 750 760 770 770 780 KIAA09 EVESRNSPEKEEVSVRATVLGQPHLL .. : : : . :: KIAA01 DILSNNVPSDDVVSNTEEITFEALKKAIDTSGMEEQEKEKRRLVIEKFQKAPFEEIAAQC 780 790 800 810 820 830 789 residues in 1 query sequences 1986716 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:22:56 2008 done: Thu Dec 18 15:22:57 2008 Total Scan time: 0.570 Total Display time: 0.040 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]