# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj05484.fasta.huge -Q ../query/KIAA0953.ptfa ./tmplib.23663 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 KIAA0953, 789 aa
 vs ./tmplib.23663 library

1986716 residues in  2037 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1187+/-0.00705; mu= 6.2321+/- 0.481
 mean_var=190.6147+/-45.635, 0's: 0 Z-trim: 1  B-trim: 4 in 1/39
 Lambda= 0.092896

FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                      opt bits E(2037)
KIAA0143  ( 885 res)   ha03871                     ( 885) 3033 419.4 7.8e-118


>>KIAA0143  ( 885 res)   ha03871                          (885 aa)
 initn: 3008 init1: 1180 opt: 3033  Z-score: 2207.3  bits: 419.4 E(): 7.8e-118
Smith-Waterman score: 3033;  59.950% identity (81.108% similar) in 794 aa overlap (1-777:1-785)

                     10        20        30            40        50
KIAA09 AGGARLRP------ARGRPPRLLPPRPGPCRPPPVPAPTVNERR----APPRAGWERRSD
       :::.  ::      . .  :  : : :     :: :.   : :.    ::  :     . 
KIAA01 AGGGSCRPLGCVTAGSASAPSTLRPSPFASSRPPRPS---NGRHGAVGAPCAAPLSLGAA
               10        20        30           40        50       

               60        70        80        90       100       110
KIAA09 AGLSRGARPAEMYGVCGCCGALRPRYKRLVDNIFPEDPEDGLVKTNMEKLTFYALSAPEK
       :.  . : :..   :: ::.::::::::::::::::::.::::::.::::::::.:::::
KIAA01 ASAVEIAMPTR---VCCCCSALRPRYKRLVDNIFPEDPKDGLVKTDMEKLTFYAVSAPEK
        60           70        80        90       100       110    

              120       130       140       150       160       170
KIAA09 LDRIGAYLSERLIRDVGRHRYGYVCIAMEALDQLLMACHCQSINLFVESFLKMVAKLLES
       :::::.::.::: ::: ::: ::: :::::::::::::: :::. ::::::.::::::::
KIAA01 LDRIGSYLAERLSRDVVRHRSGYVLIAMEALDQLLMACHSQSIKPFVESFLHMVAKLLES
          120       130       140       150       160       170    

              180       190       200       210       220       230
KIAA09 EKPNLQILGTNSFVKFANIEEDTPSYHRSYDFFVSRFSEMCHSSHDDLEIKTKIRMSGIK
        .:.::.::::::::::::::::::::: ::::::::: :::: :.: ::.:.::..::.
KIAA01 GEPKLQVLGTNSFVKFANIEEDTPSYHRRYDFFVSRFSAMCHSCHSDPEIRTEIRIAGIR
          180       190       200       210       220       230    

              240       250       260       270         280        
KIAA09 GLQGVVRKTVNDELQANIWDPQHMDKIVPSLLFNLQHVEEAESR--SPSPLQAPEKEKES
       :.::::::::::::.:.::.::::::::::::::.:..::..::   ::  .: .:: :.
KIAA01 GIQGVVRKTVNDELRATIWEPQHMDKIVPSLLFNMQKIEEVDSRIGPPSSPSATDKE-EN
          240       250       260       270       280       290    

      290       300       310       320       330       340        
KIAA09 PAELAERCLRELLGRAAFGNIKNAIKPVLIHLDNHSLWEPKVFAIRCFKIIMYSIQPQHS
       :: ::: :.:::::::.:::..::..::. :::.:.::.:. ::..:::::::::: :.:
KIAA01 PAVLAENCFRELLGRATFGNMNNAVRPVFAHLDHHKLWDPNEFAVHCFKIIMYSIQAQYS
           300       310       320       330       340       350   

      350       360       370       380       390       400        
KIAA09 HLVIQQLLGHLDANSRSAATVRAGIVEVLSEAAVIAATGSVGPTVLEMFNTLLRQLRLSI
       : :::..:::::: ...:  :::::..:: ::..::: ::.::::::.:::::..::::.
KIAA01 HHVIQEILGHLDARKKDAPRVRAGIIQVLLEAVAIAAKGSIGPTVLEVFNTLLKHLRLSV
           360       370       380       390       400       410   

      410          420       430       440       450       460     
KIAA09 DYA---LTGSYDGAVSLGTKIIKEHEERMFQEAVIKTVGSFASTLPTYQRSEVILFIMSK
       ..    : :.  :.:.:.:.  :...:.. :.:.:.:.: :.:.:: :::::...:::.:
KIAA01 EFEANDLQGGSVGSVNLNTSS-KDNDEKIVQNAIIQTIGFFGSNLPDYQRSEIMMFIMGK
           420       430        440       450       460       470  

           470       480       490       500       510       520   
KIAA09 VPR--PSLHQAVDTGRTGENRNRLTQIMLLKSLLQVSTGFQCNNMMSALPSNFLDRLLST
       ::    : : ..: .. :.  .:  :::::.:::.:..:.. .....:::..::: ::: 
KIAA01 VPVFGTSTH-TLDISQLGDLGTRRIQIMLLRSLLMVTSGYKAKTIVTALPGSFLDPLLSP
            480        490       500       510       520       530 

           530       540       550       560       570       580   
KIAA09 ALMEDAEIRLFVLEILISFIDRHGNRHKFSTISTLSDISVLKLKVDKCSRQDTVFMKKHS
       .:::: :.: .:::.. ...::: :: :.  :  . :.. ::.: .:  :::: ::::..
KIAA01 SLMEDYELRQLVLEVMHNLMDRHDNRAKLRGIRIIPDVADLKIKREKICRQDTSFMKKNG
             540       550       560       570       580       590 

           590       600       610       620       630       640   
KIAA09 QQLYRHIYLSCKEETNVQKHYEALYGLLALISIELANEEVVVDLIRLVLAVQDVAQVNEE
       :::::::::.:::: ::::.:: ::  ::::.:::::::::.:::::..:.:: : .::.
KIAA01 QQLYRHIYLGCKEEDNVQKNYELLYTSLALITIELANEEVVIDLIRLAIALQDSAIINED
             600       610       620       630       640       650 

           650       660       670       680       690       700   
KIAA09 NLPVYNRCALYALGAAYLNLISQLTTVPAFCQHIHEVIETRKKEAPYMLPEDVFVERPRL
       :::...::...:: :::::..::. .:::::::. .::: :  ::::.::: .: ..  :
KIAA01 NLPMFHRCGIMALVAAYLNFVSQMIAVPAFCQHVSKVIEIRTMEAPYFLPEHIFRDKCML
             660       670       680       690       700       710 

           710       720       730       740       750       760   
KIAA09 SQNLDGVVIELLFRQSKISEVLGGSGYNSDRLCLPYIPQLTDEDRLSKRRSIGETISLQV
        ..:.    .: :  .::.: ::::::. .:: .::.::.:::::::.:.:: .:.:.::
KIAA01 PKSLEKHEKDLYFLTNKIAESLGGSGYSVERLSVPYVPQVTDEDRLSRRKSIVDTVSIQV
             720       730       740       750       760       770 

           770       780                                           
KIAA09 EVESRNSPEKEEVSVRATVLGQPHLL                                  
       .. : : :  . ::                                              
KIAA01 DILSNNVPSDDVVSNTEEITFEALKKAIDTSGMEEQEKEKRRLVIEKFQKAPFEEIAAQC
             780       790       800       810       820       830 




789 residues in 1 query   sequences
1986716 residues in 2037 library sequences
 Scomplib [34.26]
 start: Thu Dec 18 15:22:56 2008 done: Thu Dec 18 15:22:57 2008
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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]