# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj04787.fasta.huge -Q ../query/KIAA0946.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0946, 667 aa vs ./tmplib.23663 library 1986838 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.2557+/-0.00596; mu= 21.4836+/- 0.407 mean_var=130.3532+/-33.103, 0's: 0 Z-trim: 27 B-trim: 287 in 2/38 Lambda= 0.112335 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1748 ( 758 res) pj02084 ( 758) 313 62.5 1.6e-10 KIAA0379 ( 1059 res) hh00505s1 (1059) 288 58.7 3.2e-09 KIAA1636 ( 1864 res) ff02660 (1864) 289 59.2 3.7e-09 KIAA1250 ( 1777 res) pf01137 (1777) 285 58.6 5.7e-09 KIAA2015 ( 996 res) fk09763 ( 996) 276 56.7 1.2e-08 KIAA1223 ( 1089 res) pg00513 (1089) 275 56.6 1.4e-08 KIAA1728 ( 1644 res) pg00239 (1644) 262 54.8 7.3e-08 KIAA1876 ( 803 res) pf01162s1 ( 803) 254 52.9 1.3e-07 KIAA1785 ( 617 res) fh12727 ( 617) 228 48.5 2.1e-06 KIAA1334 ( 989 res) fh15842 ( 989) 228 48.9 2.6e-06 KIAA1977 ( 606 res) fh18284(revised) ( 606) 219 47.0 5.7e-06 KIAA1981 ( 862 res) fk03148(revised) ( 862) 217 47.0 8.4e-06 KIAA0396 ( 627 res) hg00180s1 ( 627) 212 45.9 1.3e-05 KIAA1561 ( 1416 res) fh20178s1 (1416) 212 46.6 1.9e-05 KIAA0957 ( 693 res) hj05670 ( 693) 208 45.4 2.1e-05 KIAA0229 ( 1180 res) ha02570 (1180) 202 44.8 5.2e-05 KIAA0697 ( 2486 res) hk04486s1 (2486) 204 45.7 6e-05 KIAA1146 ( 271 res) hg00368 ( 271) 188 41.4 0.00013 KIAA0823 ( 578 res) hh02763s1 ( 578) 181 40.9 0.00039 KIAA1255 ( 1232 res) hh14633s1 (1232) 184 41.9 0.0004 KIAA1074 ( 1715 res) hj06637 (1715) 174 40.5 0.0015 KIAA1139 ( 1124 res) hk00330 (1124) 172 39.9 0.0015 KIAA0050 ( 796 res) ha01557 ( 796) 158 37.4 0.0061 >>KIAA1748 ( 758 res) pj02084 (758 aa) initn: 353 init1: 235 opt: 313 Z-score: 280.6 bits: 62.5 E(): 1.6e-10 Smith-Waterman score: 327; 30.638% identity (57.021% similar) in 235 aa overlap (405-629:84-283) 380 390 400 410 420 430 KIAA09 ATVQFLSKSFFDHSMHSALPLGIYLATKFWMYVTWFFWFWNDLNFLFIHLPFLAN-SVAL .::. ..: . :::. ::: :.: KIAA17 PSKYVPVSAAAIFLVGATTLFFAFTCPGLSLYVSPAVPIYNAIMFLFV----LANFSMAT 60 70 80 90 100 440 450 460 470 480 KIAA09 FYNFGKSWKSDPGIIKATEEQKKKT------IVELAETGSLDLSI-FCSTCLIRKPVRSK :. ::::. .::.. : . . .: .... . .:.:: . .: : . 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KIAA16 IVSYLLDLPEKDEEEVERAQINSFDSLWGETALTAAAGRGKLEVCRLLLEQGAAVAQ-PN 880 890 900 910 920 930 160 170 180 190 200 210 KIAA09 DLNSTPLHWATRQGHLSMVVQLMKYGADPSLIDGEGCSCIHLAAQFGHTSIVAYLIAKGQ ...:: ..:::: ..: :. .::: .. : .: . . .::. :: . : .:.:.: KIAA16 RRGAVPLFSTVRQGHWQIVDLLLTHGADVNMADKQGRTPLMMAASEGHLGTVDFLLAQGA 940 950 960 970 980 990 220 230 240 250 260 270 KIAA09 DVDMMDQNGMTPLMWAAYRTHSVDPTRLLLTFNVSVNLGDKYHKNTALHWAVLAGNTTVI .. .::..:.: : :: . : .. .: :. ..... .:: . : : :.. :.. :. KIAA16 SIALMDKEGLTALSWACLKGH-LSVVRSLVDNGAATDHADKNGR-TPLDLAAFYGDAEVV 1000 1010 1020 1030 1040 1050 280 290 300 310 320 330 KIAA09 SLLLEAGANVDAQNIKGESALDLAKQRKNVWMINHLQEARQAKGYDNPSFLRKLKADKEF ..:.. :: .. . .: :: : .:. .. 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KIAA12 ADIVHLLLQNGAKVNCSDKYGTTPLVWAARKGHLECVKHLLAMGADVDQEGANSMTALI- 160 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 KIAA09 AAYRTHSVDPTRLLLTFNVSVNLGDKYHKNTALHWAVLAGNTTVISLLLEAGANVDAQNI .: . .. .. .: : .::: :: :::: : :.: ... ::.::. :. . KIAA12 VAVKGGYTQSVKEILKRNPNVNLTDK-DGNTALMIASKEGHTEIVQDLLDAGTYVNIPDR 220 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 KIAA09 KGESALDLAKQRKNVWMINHLQEAR---QAKGYDNPSFLRKLKADKEFRQKVMLGTPFLV .:...: : . .: .. : . . .: :: . : KIAA12 SGDTVLIGAVRGGHVEIVRALLQKYADIDIRGQDNKTALYWAVEKGNATMVRDILQCNPD 280 290 300 310 320 330 350 360 370 380 390 400 KIAA09 IWLVGFIADLNIDSWLIKGLMYGGVWATVQFLSKSFFDHSMHSALPLGIYLATKFWMYVT KIAA12 TEICTKDGETPLIKATKMRNIEVVELLLDKGAKVSAVDKKGDTPLHIAIRGRSRKLAELL 340 350 360 370 380 390 >>KIAA2015 ( 996 res) fk09763 (996 aa) initn: 278 init1: 138 opt: 276 Z-score: 247.2 bits: 56.7 E(): 1.2e-08 Smith-Waterman score: 298; 27.106% identity (57.509% similar) in 273 aa overlap (90-340:33-298) 60 70 80 90 100 110 KIAA09 VPLLHPEEIKPQSHYNHGYGEPLGRKTHIDDYSTWDIVKATQYGI------YERCRELVE : :.. : . .: ::: :.. KIAA20 ATMRKLFSFGRRLGQALLSSMDQEYAGPGYDIRDWELRKIHRAAIKGDAAEVERC--LTR 10 20 30 40 50 60 120 130 140 150 160 170 KIAA09 AGYDVRQPDKENVTLLHWAAINNRIDLVKYYISKGAIVDQLGGDLNSTPLHWATRQGHLS :. :... :.:: : ..:...: . . .: . :: ::: :... . . KIAA20 RFRDLDARDRKDRTVLHLACAHGRVQVVTLLLHRRCQID-ICDRLNRTPLMKAVHSQEEA 70 80 90 100 110 180 190 200 210 220 230 KIAA09 MVVQLMKYGADPSLIDGEGCSCIHLAAQFGHTSIVAYLIAKGQDVDMMDQNGMTPLMWA- .. :.. ::.:.. : : . .: :. ::.. :... ... ....: :::..: KIAA20 CAIVLLECGANPNIKDIYGNTALHYAVYNKGTSLAERLLSHHANIEALNKEGNTPLLFAI 120 130 140 150 160 170 240 250 260 270 280 290 KIAA09 -AYRTHSVDPTRLLLTFNVSVNLGDKYHKNTALHWAVLAGNTTVISLLLEAGANVDAQNI . : : :. .:: ..... :.. : ::: :: . .....:::. . ...:.. KIAA20 NSRRQHMVE---FLLKNQANIHAVDNF-KRTALILAVQHNLSSIVTLLLQQNIRISSQDM 180 190 200 210 220 230 300 310 320 330 KIAA09 KGESALDLA--------KQR----KNVWMINHLQEARQAKGYDNPSFL--RKLKADKEFR :..: : : .:. :: . :::.. : . .:. : :: .: : KIAA20 FGQTAEDYALCSDLRSIRQQILEHKNKMLKNHLRNDNQETAAMKPANLKKRKERAKAEHN 240 250 260 270 280 290 340 350 360 370 380 390 KIAA09 QKVMLGTPFLVIWLVGFIADLNIDSWLIKGLMYGGVWATVQFLSKSFFDHSMHSALPLGI :: KIAA20 LKVASEEKQERLQRSENKQPQDSQSYGKKKDAMYGNFMLKKDIAMLKEELYAIKNDSLRK 300 310 320 330 340 350 >>KIAA1223 ( 1089 res) pg00513 (1089 aa) initn: 418 init1: 166 opt: 275 Z-score: 246.0 bits: 56.6 E(): 1.4e-08 Smith-Waterman score: 331; 30.325% identity (58.484% similar) in 277 aa overlap (43-312:222-493) 20 30 40 50 60 70 KIAA09 LALAPRSPSASPEPREGETLSPSMQREEGFNTKMADGPD-EYDTEAGCVPLLHPEEIKPQ : .. : : : . : .:: . KIAA12 LDNGASVNQCDSNGRTLLANAAYSGSLDVVNLLVSRGADLEIEDAHGHTPLTLAARQGHT 200 210 220 230 240 250 80 90 100 110 120 130 KIAA09 SHYNHGYGEPLGRKTHIDDYSTWDIVKATQYGIY-ERCRELVEAGYDVRQPDKENVTLLH . : : : . . : . : .... .: . : :. :: : : .. :.:. KIAA12 KVVNCLIG--CGANINHTDQDGWTALRSAAWGGHTEVVSALLYAGVKVDCADADSRTVLR 260 270 280 290 300 140 150 160 170 180 190 KIAA09 WAAINNRIDLVKYYISKGAIVDQLGGDLNSTPLHWATRQGHLSMVVQLMKYGADPSLIDG :: ... :.: ...:: :.. .. . : : :. .:: .: .:. .::. . : KIAA12 AAAWGGHEDIVLNLLQHGAEVNKADNE-GRTALIAAAYMGHREIVEHLLDHGAEVNHEDV 310 320 330 340 350 360 200 210 220 230 240 KIAA09 EGCSCIHLAAQF-----GHTSIVAYLIAKGQDVDMMDQNGMTPLMWAAYRTHSVDPTRLL .: . . .:: ::.:.:. :: .: .:: :..:::::. :::. : :: . :: KIAA12 DGRTALSVAALCVPASKGHASVVSLLIDRGAEVDHCDKDGMTPLLVAAYEGH-VDVVDLL 370 380 390 400 410 420 250 260 270 280 290 300 KIAA09 LTFNVSVNLGDKYHKNTALHWAVLAGNTTVISLLLEAGANVDAQNIKGESALDLAKQRKN : ...:. :. . : : :. :...:.. :: :: ::. . .:...:..:. . : KIAA12 LEGGADVDHTDNNGR-TPLLAAASMGHASVVNTLLFWGAAVDSIDSEGRTVLSIASAQGN 430 440 450 460 470 480 310 320 330 340 350 360 KIAA09 VWMINHLQEARQAKGYDNPSFLRKLKADKEFRQKVMLGTPFLVIWLVGFIADLNIDSWLI : .. : KIAA12 VEVVRTLLDRGLDENHRDDAGWTPLHMAAFEGHRLICEALIEQGARTNEIDNDGRIPFIL 490 500 510 520 530 540 >>KIAA1728 ( 1644 res) pg00239 (1644 aa) initn: 231 init1: 190 opt: 262 Z-score: 233.1 bits: 54.8 E(): 7.3e-08 Smith-Waterman score: 262; 30.374% identity (55.607% similar) in 214 aa overlap (96-309:866-1070) 70 80 90 100 110 120 KIAA09 EEIKPQSHYNHGYGEPLGRKTHIDDYSTWDIVKATQYGIYERCRELVEAGYDVRQPDKEN .. :. : : :. :. : : . .... KIAA17 HSSVVQCLLGMEKEHEVEVNGTDTLWGETALTAAAGRGKLEVCELLLGHGAAVSRTNRRG 840 850 860 870 880 890 130 140 150 160 170 180 KIAA09 VTLLHWAAINNRIDLVKYYISKGAIVDQLGGDLNSTPLHWATRQGHLSMVVQLMKYGADP : : :: ... ..:. . .: :. :. . ::: :. .:::: : :.. :: KIAA17 VPPLFCAARQGHWQIVRLLLERGCDVN-LSDKQGRTPLMVAACEGHLSTVEFLLSKGAAL 900 910 920 930 940 950 190 200 210 220 230 240 KIAA09 SLIDGEGCSCIHLAAQFGHTSIVAYLIAKGQDVDMMDQNGMTPLMWAAYRTHSVDPTRLL : .: :: : . : :: ..: ::. .: .:. :.:: ::: ::. . : : KIAA17 SSLDKEGLSALSWACLKGHRAVVQYLVEEGAAIDQTDKNGRTPLDLAAFYGDA--ETVLY 960 970 980 990 1000 1010 250 260 270 280 290 300 KIAA09 LTFNVSVNLGDKYHKNTALHWAVLAGNTTVISLLLEAGANVDAQNIKGESALDLAKQRKN :. . .: . : :. ::.:. ::. ::.. :..: .: .. . 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