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FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 KIAA0941, 533 aa
 vs ./tmplib.23663 library

1986972 residues in  2037 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.5525+/-0.00591; mu= 19.2739+/- 0.404
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 Lambda= 0.109713

FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
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The best scores are:                                      opt bits E(2037)
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>>KIAA0857  ( 733 res)   hk06227                          (733 aa)
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KIAA09  ALPPGGALPVLGNSGAEKQDRMMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPK--GKSGTNDT
                                     .:.:::::::::.:. :. :  : ..:.:.
KIAA08 LGSAPARPDLAPRFSAMALVRGAEPAAGPSRWLPTHVQVTVLRARGLRGKSSGAGSTSDA
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KIAA09 YTIIQLGKEKYSTSVAEKTLE-PVWKEEASFELP-----GLL----IQGSPEKYI-----
       ::.::.:.:::::::.:::   : :.:: :::::     :::     ...:  .      
KIAA08 YTVIQVGREKYSTSVVEKTHGCPEWREECSFELPPGALDGLLRAQEADAGPAPWAASSAA
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KIAA09 ---LFLIVMHRSLVGLDKFLGQVAINLNDIFEDKQRRKTEWFRLESKQGKRIKNRGEIKV
          : : .:::::.:.::::::... :...:   . ..:.:..:.:: ::. :.::::.:
KIAA08 ACELVLTTMHRSLIGVDKFLGQATVALDEVFGAGRAQHTQWYKLHSKPGKKEKERGEIEV
          190       200       210       220       230       240    

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KIAA09 NIQFMRNNMTASMFDLSMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTFSDTSSAIIPSTHM--PDA
       .::: :::..::::::::::: ::::.:..:::::.:.     ...:::.::. .  :: 
KIAA08 TIQFTRNNLSASMFDLSMKDKPRSPFSKIRDKMKGKKKYDL--ESASAILPSSAIEDPDL
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KIAA09 NSEFSSGEIQ---MKSKPKKPFLLGPQR-LSSAHSMSDLSGSHMSSEKLKAGTIGQTHLL
       .:  . :. .   ...: .:  :   .  :.:  ..:. ::: .. .   :  . ..   
KIAA08 GSLGKMGKAKGFFLRNKLRKSSLTQSNTSLGSDSTLSSASGS-LAYQGPGAELLTRSPSR
            310       320       330       340        350       360 

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KIAA09 GHQLDSFGTVPESGSLKS-PHRRTLSFDTSKMN--QPDSIVD-EGEL--------CFG--
       .  :.. :    . : :   :.:: : ....:    : ...: .:.:        : .  
KIAA08 SSWLSTEGGRDSAQSPKLFTHKRTYSDEANQMRVAPPRALLDLQGHLDAASRSSLCVNGS
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KIAA09 --RQNDP------FTNVTASLPQKFATLPRKKNPFEE-----SSETW-------DSSMNL
          ...:       .....:::.. ..:   .. : :     ...::       .::  .
KIAA08 HIYNEEPQGPVRHRSSISGSLPSS-GSLQAVSSRFSEEGPRSTDDTWPRGSRSNSSSEAV
             430       440        450       460       470       480

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KIAA09 FS-----------------------------KPIEI------------RKENKR--EKRE
       ..                             ::...            .::. :  :.. 
KIAA08 LGQEELSAQAKVLAPGASHPGEEEGARLPEGKPVQVATPIVASSEAVAEKEGARKEERKP
              490       500       510       520       530       540

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KIAA09 KVSLFER----VTGKKDSRRSDKLNNGG---------SDS-----------------PCD
       ...::..    .. .. .:::.  ..::         :.:                 : .
KIAA08 RMGLFHHHHQGLSRSELGRRSSLGEKGGPILGASPHHSSSGEEKAKSSWFGLREAKDPTQ
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KIAA09 LKSPN-------AFSENRQDYFDYEST--NPFTAKFRASNIMPSSSFH---MSPTSNE--
         ::.       :  :.  :  . .:.    ... ..  . . :.:..   ..: ...  
KIAA08 KPSPHPVKPLSAAPVEGSPDRKQSRSSLSIALSSGLEKLKTVTSGSIQPVTQAPQAGQMV
              610       620       630       640       650       660

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KIAA09 DLRKIPDSNPFDATAGYRSLTYEEVLQELVKHKELLRRKDTHIRELEDYIDNLLVRVMEE
       : ... ::  .: .: :  ::..:... :..... : ..: :..:::.::: ::::.:: 
KIAA08 DTKRLKDSAVLDQSAKYYHLTHDELISLLLQRERELSQRDEHVQELESYIDRLLVRIMET
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KIAA09 TPSILRVPYEPSRKAGKFSNS
       .:..:..:  : .        
KIAA08 SPTLLQIPPGPPK        
              730           

>>KIAA0538  ( 816 res)   hg03944(revised)                 (816 aa)
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Smith-Waterman score: 187;  27.465% identity (61.268% similar) in 142 aa overlap (36-173:148-281)

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KIAA09 GALPVLGNSGAEKQDRMMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPKGKSGTNDTYTIIQLGK
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KIAA05 AHLTEVDPDEEVQGEIHLRLEVWPGARACRLRCSVLEARDLAPKDRNGTSDPFVRVRYKG
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KIAA09 EKYSTSVAEKTLEPVWKEEASFELPGLLIQGSPEKYILFLIVMHRSLVGLDKFLGQVAIN
       .   ::...:.  : :.:   :::     .:. :   : . .   .::. . :::.:.:.
KIAA05 RTRETSIVKKSCYPRWNETFEFELQ----EGAME--ALCVEAWDWDLVSRNDFLGKVVID
       180       190       200             210       220       230 

         130       140       150           160       170       180 
KIAA09 LNDIFEDKQRRKTEWFRLESKQGKRIK----NRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDLSMKDKT
       .. .   .:..   ::::.  :.:  .    : : .......  ...  : .        
KIAA05 VQRLRVVQQEEG--WFRLQPDQSKSRRHDEGNLGSLQLEVRLRDETVLPSSYYQPLVHLL
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             190       200       210       220       230       240 
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KIAA05 CHEVKLGMQGPGQLIPLIEETTSTECRQDVATNLLKLFLGQGLAKDFLDLLFQLELSRTS
     290       300       310       320       330       340         

>>KIAA1597  ( 913 res)   fj09819                          (913 aa)
 initn:  86 init1:  52 opt: 167  Z-score: 149.8  bits: 38.2 E(): 0.0031
Smith-Waterman score: 167;  30.216% identity (60.432% similar) in 139 aa overlap (36-164:624-758)

          10        20        30        40        50         60    
KIAA09 GALPVLGNSGAEKQDRMMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPKG-KSGTNDTYTIIQL-
                                     ..: : : :::     :.  .: :.   : 
KIAA15 VMSVYSGDFGNLEVKGNIQFAIEYVESLKELHVFVAQCKDLAAADVKKQRSDPYVKAYLL
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KIAA09 ---GKE-KYSTSVAEKTLEPVWKEEASFELPGLLIQGSPEKYILFLIVMHRSLVGLDKFL
          ::  : .: :..:::.::..:   ...   ...   .:  : : . ::.    ..::
KIAA15 PDKGKMGKKKTLVVKKTLNPVYNEILRYKIEKQILK--TQK--LNLSIWHRDTFKRNSFL
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KIAA09 GQVAINLNDI-FEDKQRRKTEWFRLESKQGK---RIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDL
       :.: ..:.   ...:: .. .:. :. : .    . .::::.:. .:..           
KIAA15 GEVELDLETWDWDNKQNKQLRWYPLKRKTAPVALEAENRGEMKLALQYVPEPVPGKKLPT
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KIAA09 SMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTFSDTSSAIIPSTHMPDANSEFSSGEIQMKSKPKKP
                                                                   
KIAA15 TGEVHIWVKECLDLPLLRGSHLNSFVKCTILPDTSRKSRQKTRAVGKTTNPIFNHTMVYD
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>>KIAA1032  ( 1702 res)   ff09715                         (1702 aa)
 initn: 174 init1: 146 opt: 163  Z-score: 144.0  bits: 38.0 E(): 0.0067
Smith-Waterman score: 167;  25.543% identity (53.804% similar) in 184 aa overlap (30-193:672-850)

                10        20        30        40        50         
KIAA09  ALPPGGALPVLGNSGAEKQDRMMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPKGKSGTNDTYT
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KIAA10 ELIQEIFAVTKTAHTQQMKAVKQSVLDGTSKW-SAKISITVVCAQGLQAKDKTGSSDPYV
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KIAA09 IIQLGKEKYSTSVAEKTLEPVWKEEASFELPG----LLIQGSPEKYILFLIVMHRSLVGL
        .:.:: :  :..   .:.:::.:.  ::  .    . ..   :   .   : .:     
KIAA10 TVQVGKTKKRTKTIYGNLNPVWEENFHFECHNSSDRIKVRVWDEDDDIKSRVKQRFKRES
              710       720       730       740       750       760

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KIAA09 DKFLGQVAINLNDIFEDKQRRKTEWFRLESKQGKR-----------IKNRGEIKV---NI
       : ::::. :..  .  . .     :. :...  :            .. .:: ::   ..
KIAA10 DDFLGQTIIEVRTLSGEMDV----WYNLDKRTDKSAVSGAIRLHISVEIKGEEKVAPYHV
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KIAA09 QF--MRNNMTASMFDLSMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTFSDTSSAIIPSTHMPDANS
       :.  ...:.   . :.. .  .. : ::  :  :                          
KIAA10 QYTCLHENLFHFVTDVQNNGVVKIPDAKGDDAWKVYYDETAQEIVDEFAMRYGVESIYQA
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KIAA09 EFSSGEIQMKSKPKKPFLLGPQRLSSAHSMSDLSGSHMSSEKLKAGTIGQTHLLGHQLDS
                                                                   
KIAA10 MTHFACLSSKYMCPGVPAVMSTLLANINAYYAHTTASTNVSASDRFAASNFGKERFVKLL
        880       890       900       910       920       930      




533 residues in 1 query   sequences
1986972 residues in 2037 library sequences
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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]