# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh04825s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0939.ptfa ./tmplib.23663 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 KIAA0939, 595 aa
 vs ./tmplib.23663 library

1986910 residues in  2037 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 3.0778+/-0.00447; mu= 23.8322+/- 0.307
 mean_var=72.2703+/-16.714, 0's: 0 Z-trim: 1  B-trim: 0 in 0/40
 Lambda= 0.150867

FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                      opt bits E(2037)
KIAA0267  ( 666 res)   ha07045                     ( 666)  889 203.4 4.8e-53


>>KIAA0267  ( 666 res)   ha07045                          (666 aa)
 initn: 839 init1: 294 opt: 889  Z-score: 1044.2  bits: 203.4 E(): 4.8e-53
Smith-Waterman score: 914;  36.947% identity (70.133% similar) in 452 aa overlap (63-490:58-503)

             40        50        60        70        80        90  
KIAA09 FNVTLHTTLVVTTKLVLPTPGKPILPVQTGEQAQQEEQSSGMTIFFSLLVLAICIILVHL
                                     .::.. ..... .... .:.:.. :. . :
KIAA02 LLAVGVFDWAGASDGGGGEARAMDEEIVSEKQAEESHRQDSANLLIFILLLTLTILTIWL
        30        40        50        60        70        80       

            100       110       120           130                  
KIAA09 LIRYRLHFLPESVAVVSLGILMGAVIKI-IEFKKLAN---WKEEEM---------FRPNM
       . . : .:: :.  ..  :.:.: :..  :.  . .:    . : .         : :..
KIAA02 FKHRRARFLHETGLAMIYGLLVGLVLRYGIHVPSDVNNVTLSCEVQSSPTTLLVTFDPEV
        90       100       110       120       130       140       

     140       150       160       170       180        190        
KIAA09 FFLLLLPPIIFESGYSLHKGNFFQNIGSITLFAVFGTAISAFVVGGGIY-FLGQADVISK
       :: .::::::: .::::.. .::.:.:::  .: .::::: ::.:. .:  .    : ..
KIAA02 FFNILLPPIIFYAGYSLKRRHFFRNLGSILAYAFLGTAISCFVIGSIMYGCVTLMKVTGQ
       150       160       170       180       190       200       

      200           210       220       230       240       250    
KIAA09 LN----MTDSFAFGSLISAVDPVATIAIFNALHVDPVLNMLVFGESILNDAVSIVLTNTA
       :     .:: . ::...::.:::...:::. :.::  :  :.::::.:::::.:::... 
KIAA02 LAGDFYFTDCLLFGAIVSATDPVTVLAIFHELQVDVELYALLFGESVLNDAVAIVLSSSI
       210       220       230       240       250       260       

          260       270            280       290       300         
KIAA09 EGLTRKNMSDVSGWQTF-----LQALDYFLKMFFGSAALGTLTGLISALVLKHIDLRKTP
         .. .  .: :  .::     ....  :: .: :: :.:. ::...::: :   ::.  
KIAA02 --VAYQPAGDNS--HTFDVTAMFKSIGIFLGIFSGSFAMGAATGVVTALVTKFTKLREFQ
         270         280       290       300       310       320   

     310       320       330       340       350       360         
KIAA09 SLEFGMMIIFAYLPYGLAEGISLSGIMAILFSGIVMSHYTHHNLSPVTQILMQQTLRTVA
        :: :.......  . :::. ...:..:.:: ::...:::..:::  .:   .: .. . 
KIAA02 LLETGLFFLMSWSTFLLAEAWGFTGVVAVLFCGITQAHYTYNNLSTESQHRTKQLFELLN
           330       340       350       360       370       380   

     370       380        390       400       410       420        
KIAA09 FLCETCVFAFLGLSIFSFP-HKFEISFVIWCIVLVLFGRAVNIFPLSYLLNFFRDHKITP
       :: :. .:...::..:.:  : :. .::.  .: ...:::.::.::: :::. :  ::  
KIAA02 FLAENFIFSYMGLTLFTFQNHVFNPTFVVGAFVAIFLGRAANIYPLSLLLNLGRRSKIGS
           390       400       410       420       430       440   

      430       440       450       460       470       480        
KIAA09 KMMFIMWFSGLRGAIPYALSLHLDLEPMEKRQLIGTTTIVIVLFTILLLGGSTMPLIRLM
       ... .: :.:::::. .::... :   .  ::.. .::..::.::. ..::.:  ..  .
KIAA02 NFQHMMMFAGLRGAMAFALAIR-DTATYA-RQMMFSTTLLIVFFTVWVFGGGTTAMLSCL
           450       460        470        480       490       500 

      490       500       510       520       530       540        
KIAA09 DIEDAKAHRRNKKDVNLSKTEKMGNTVESEHLSELTEEEYEAHYIRRQDLKGFVWLDAKY
        :                                                          
KIAA02 HIRVGVDSDQEHLGVPENERRTTKAESAWLFRMWYNFDHNYLKPLLTHSGPPLTTTLPAC
             510       520       530       540       550       560 




595 residues in 1 query   sequences
1986910 residues in 2037 library sequences
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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]