# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh04647.fasta.huge -Q ../query/KIAA0936.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0936, 640 aa vs ./tmplib.23663 library 1986865 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.7670+/-0.00826; mu= -1.5529+/- 0.558 mean_var=303.3648+/-73.954, 0's: 0 Z-trim: 46 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.073636 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0834 ( 453 res) hj05353 ( 453) 609 78.1 1.8e-15 KIAA0904 ( 1535 res) ha00554 (1535) 494 66.6 1.9e-11 KIAA1361 ( 1005 res) fj02367 (1005) 404 56.8 1.1e-08 KIAA1278 ( 1311 res) hg03689(revised) (1311) 401 56.6 1.6e-08 KIAA1901 ( 1265 res) hh03635 (1265) 392 55.6 3e-08 KIAA0881 ( 1064 res) hk07534 (1064) 388 55.1 3.6e-08 KIAA1995 ( 1011 res) bh00088 (1011) 377 53.9 7.8e-08 KIAA0537 ( 698 res) hg03925 ( 698) 362 52.1 1.9e-07 KIAA1028 ( 501 res) fh00176s1 ( 501) 353 51.0 2.9e-07 KIAA1765 ( 608 res) fj12188(revised) ( 608) 345 50.2 5.9e-07 KIAA0096 ( 766 res) ha01240s1 ( 766) 347 50.6 5.9e-07 KIAA1860 ( 689 res) fh18358 ( 689) 346 50.4 6e-07 KIAA0968 ( 527 res) hj06483 ( 527) 336 49.2 1e-06 KIAA0536 ( 1028 res) hg03863 (1028) 332 49.1 2.2e-06 KIAA0369 ( 794 res) hh00177 ( 794) 318 47.5 5.1e-06 KIAA0175 ( 656 res) ha02337 ( 656) 312 46.8 7.1e-06 KIAA0781 ( 950 res) hk09678 ( 950) 308 46.5 1.2e-05 KIAA0213 ( 1626 res) ha04841s1 (1626) 308 46.8 1.7e-05 KIAA1264 ( 753 res) hj01058 ( 753) 300 45.6 1.9e-05 KIAA1142 ( 467 res) hh05864 ( 467) 293 44.6 2.3e-05 KIAA0204 ( 1164 res) ha02801 (1164) 299 45.7 2.7e-05 KIAA1791 ( 653 res) fh26241 ( 653) 284 43.8 5.5e-05 KIAA0787 ( 557 res) hk05521s1 ( 557) 276 42.9 9e-05 KIAA1459 ( 853 res) fh16961 ( 853) 272 42.7 0.00016 KIAA0551 ( 1385 res) hh00867s1 (1385) 272 42.9 0.00022 KIAA0722 ( 1066 res) hk02030s1 (1066) 259 41.4 0.00048 KIAA1811 ( 715 res) ha06731 ( 715) 255 40.8 0.0005 KIAA0623 ( 1100 res) hg04615 (1100) 256 41.1 0.00061 KIAA0999 ( 1371 res) fj10213 (1371) 255 41.1 0.00076 KIAA0687 ( 1175 res) hk02992 (1175) 243 39.7 0.0017 KIAA0619 ( 1428 res) hg04117 (1428) 240 39.5 0.0023 KIAA0965 ( 489 res) hj06174s1 ( 489) 230 37.9 0.0025 KIAA0344 ( 2066 res) hg01568 (2066) 240 39.7 0.003 KIAA1297 ( 2242 res) fg03883 (2242) 239 39.7 0.0034 KIAA1101 ( 467 res) hk08029 ( 467) 221 36.9 0.0046 KIAA1639 ( 2584 res) af14886 (2584) 231 38.9 0.0067 >>KIAA0834 ( 453 res) hj05353 (453 aa) initn: 514 init1: 266 opt: 609 Z-score: 369.8 bits: 78.1 E(): 1.8e-15 Smith-Waterman score: 609; 37.370% identity (67.128% similar) in 289 aa overlap (10-292:117-403) 10 20 30 KIAA09 VSGLSRHTMNRYTTIRQLGDGTYGSVLLGRSIESGELIA . : ...::.:.:..: :.: .:.:.: KIAA08 FKTSSTGKESPKVRRHSSPSSPTSPKFGKADSYEKLEKLGEGSYATVYKGKSKVNGKLVA 90 100 110 120 130 140 40 50 60 70 80 90 KIAA09 IKKMKRKFYSWEECMNLREVKSLKKLNHANVVKLKEVIRENDHLYFIFEYMKENLYQLI- .: .. . .::.. :: :.:::.: :...:. .. : ..:::.. .: : . 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KIAA09 ILGELFTKKPIFQANLELAQLELISRLCGSPCPAVWPDVIKLPYFNTMKPKKQYRRRLRE 980 990 1000 1010 1020 1030 260 270 280 290 300 310 KIAA09 LIPNASSEAVQLLRDMLQWDPKKRPTASQALRYPYFQ------VGHPLGSTTQNLQDSEK . : :..:: :: ::.:: :: :.:. ... .. : :. .. . KIAA09 EFSFIPSAALDLLDHMLTLDPSKRCTAEQTLQSDFLKDVELSKMAPPDLPHWQDCHELWS 1040 1050 1060 1070 1080 1090 320 330 340 350 360 KIAA09 PQKGILEKAGPPPYIKPVPPAQPPAKPHTRISSRQH-QASQPPLHLTYPYKAE------V .. ...: .. ::.. : : .: . . :.: : :.: . KIAA09 KKRRRQRQSGV--VVEEPPPSKTSRKETTSGTSTEPVKNSSPAPPQPAPGKVESGAGDAI 1100 1110 1120 1130 1140 1150 370 380 390 400 410 KIAA09 SRTDHPSHLQEDKPSPLL----------FPS---LHNKHPQSKITAGLEHKNGEIKPKSR . .: ..:.... . :: .:. : : : . .. :: : :. .. KIAA09 GLADITQQLNQSELAVLLNLLQSQTDLSIPQMAQLLNIHSNPEMQQQLEALNQSISALTE 1160 1170 1180 1190 1200 1210 420 430 440 450 460 KIAA09 RRWGLISRSTKDSDDWADLDDLDFSPSLS-------RIDLKNKKRQSD--DTLCRFESVL . . .::. : ..: .:: .. :. .. .: . : . : : KIAA09 -----ATSQQQDSETMAPEESLKEAPSAPVILPSAEQMTLEASSTPADMQNILAVLLSQL 1220 1230 1240 1250 1260 1270 470 480 490 500 510 KIAA09 DLKPSEPVGT---GNSAPTQTSYQRRDTPTLRSAAKQHYLKHSRYLPGISIRNGILSNPG .: .::.:. .:: .. : :::. 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KIAA12 KGNQSRI----LTQAYKRMAEEAMQKKHQNTGPALEQEDKTSKVAPGTAPLPRLGATPQE 320 330 340 350 360 400 410 420 430 KIAA09 SKITAGL---EHKN-------GEIKPKSRRRWGLISRSTKDSDDW--ADLDDLDFSPSLS :.. ::. : :. ::. :.. :. .:.: : . . .. . : . KIAA12 SSLLAGILASELKSSWAKSGTGEV-PSAPRE----NRTTPDCERAFPEERPEVLGQRSTD 370 380 390 400 410 420 440 450 460 470 480 490 KIAA09 RIDLKNKKRQSDDTLCRFESVLDLKPSEPVGTGNSAPT----QTSYQRRDTPTLRSAAKQ .::.:.. .::. .. :. .::: .:: . .. .: :. :. : KIAA12 VVDLENEEPDSDNEWQHL-----LETTEPVPIQLKAPLTLLCNPDFCQRIQSQLHEAGGQ 430 440 450 460 470 500 510 520 530 540 550 KIAA09 HYLKH-----SRYLPGISIRNGILSNPGKEFIPPNPWSSSGLSGKSSGTMSVISKVNSVG :: :. ::.. . ...::. KIAA12 -ILKGILEGASHILPAFRVLSSLLSSCSDSVALYSFCREAGLPGLLLSLLRHSQESNSLQ 480 490 500 510 520 530 >>KIAA1901 ( 1265 res) hh03635 (1265 aa) initn: 231 init1: 205 opt: 392 Z-score: 240.0 bits: 55.6 E(): 3e-08 Smith-Waterman score: 421; 24.130% identity (56.845% similar) in 431 aa overlap (4-429:3-391) 10 20 30 40 50 KIAA09 VSGLSRHTMNRYTTIRQLGDGTYGSVLLGRSIESGELIAIKKMK-RKFYSWEECMNLREV : .. :..:. ....:.:..:...: .: :.:. .::... .. : :. . ::: KIAA19 RCLRKRIMEKYVRLQKIGEGSFGKAILVKSTEDGRQYVIKEINISRMSSKEREESRREV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 KIAA09 KSLKKLNHANVVKLKEVIRENDHLYFIFEYMKE-NLYQLIK-ERNKLFPESAIRNIMYQI : ...: :.:. .: ..:: ::....: . .:.. :. ... :: :. : . . :: KIAA19 AVLANMKHPNIVQYRESFEENGSLYIVMDYCEGGDLFKRINAQKGVLFQEDQILDWFVQI 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 KIAA09 LQGLAFIHKHGFFHRDLKPENLLCMGPELVKIADFGLAREIRSKPPYTDY-VSTRWYRAP .: .: . ..:::.: .:.. :...:::.:: . : . ..: .: .: KIAA19 CLALKHVHDRKILHRDIKSQNIFLTKDGTVQLGDFGIARVLNSTVELARTCIGTPYYLSP 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 KIAA09 EVLLRSTNYSSPIDVWAVGCIMAEVYTLRPLFPGASEIDTIFKICQVLGTPKKTDWPEGY :. .. :.. :.::.::.. :. ::. : ..: . ..:: . :. .. .: KIAA19 EIC-ENKPYNNKSDIWALGCVLYELCTLKHAFEAGSMKNLVLKI--ISGSFPPVSLHYSY 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 KIAA09 QLSSAMNFRWPQCVPNNLKTLIPNASSEAVQLLRDMLQWDPKKRPTASQALRYPYFQVGH .: : :. .... .:. ::.... :. . ... KIAA19 DLRS---------------------------LVSQLFKRNPRDRPSVNSILEKGF--IAK 240 250 260 300 310 320 330 340 350 KIAA09 PLGSTTQNLQDSEKPQKGILEKAGPPPYIKPVPPAQPPAKPHTRISSRQHQA-SQPPLHL . . . .:. . : : : ::. ::. .. :: : ..: . KIAA19 RIEKFLSPQLIAEEFCLKTFSKFGSQPI-----PAKRPASGQNSISVMPAQKITKPAAKY 270 280 290 300 310 320 360 370 380 390 400 410 KIAA09 TYPYKAEVSRTDHPSHLQEDKPSPLLFPSLHNKHPQSKITAGLEHKNGEIKPKSRRRWGL : : . :. : : : :: . .. :......: :... . .:: . KIAA19 GIPL-AYKKYGDKKLH--EKK--PLQKHKQAHQTPEKRVNTGEERRKISEEAARKRRLEF 330 340 350 360 370 420 430 440 450 460 470 KIAA09 ISRSTKDSDDWADLDDLDFSPSLSRIDLKNKKRQSDDTLCRFESVLDLKPSEPVGTGNSA : . :..:. .: KIAA19 IEKEKKQKDQIISLMKAEQMKRQEKERLERINRAREQGWRNVLSAGGSGEVKAPFLGSGG 380 390 400 410 420 430 >>KIAA0881 ( 1064 res) hk07534 (1064 aa) initn: 275 init1: 210 opt: 388 Z-score: 238.6 bits: 55.1 E(): 3.6e-08 Smith-Waterman score: 393; 26.462% identity (58.496% similar) in 359 aa overlap (12-356:43-375) 10 20 30 40 KIAA09 VSGLSRHTMNRYTTIRQLGDGTYGSVLLGRSIESGELIAIK .. .:..: :..:.: ..:.....:..::: KIAA08 GATMPAGGRAGSLKDPDVAELFFKDDPEKLFSDLREIGHGSFGAVYFARDVRNSEVVAIK 20 30 40 50 60 70 50 60 70 80 90 KIAA09 KM----KRKFYSWEECMNLREVKSLKKLNHANVVKLKEVIRENDHLYFIFEYMKENLYQL :: :.. .:.. . .::. :.:: : :... . .. ....:: . .: KIAA08 KMSYSGKQSNEKWQDII--KEVRFLQKLRHPNTIQYRGCYLREHTAWLVMEYCLGSASDL 80 90 100 110 120 130 100 110 120 130 140 150 KIAA09 IKERNKLFPESAIRNIMYQILQGLAFIHKHGFFHRDLKPENLLCMGPELVKIADFGLARE .. ..: . : : . . :::::..:.:...:::.: :.: : :::..::: : KIAA08 LEVHKKPLQEVEIAAVTHGALQGLAYLHSHNMIHRDVKAGNILLSEPGLVKLGDFGSASI 140 150 160 170 180 190 160 170 180 190 200 210 KIAA09 IRSKPPYTDYVSTRWYRAPEVLLRSTN--YSSPIDVWAVGCIMAEVYTLRPLFPGASEID . : ...:.: .. ::::.: . :.. .:::..: :. .: . . . .. KIAA08 M---APANSFVGTPYWMAPEVILAMDEGQYDGKVDVWSLGITCIELAERKPPLFNMNAMS 200 210 220 230 240 220 230 240 250 260 270 KIAA09 TIFKICQVLGTP--KKTDWPEGYQLSSAMNFRWPQCVPNNLKTLIPN--ASSEAVQLLRD ....: : .: .. : : .. :: .:. . ::. .::.. : KIAA08 ALYHIAQNE-SPVLQSGHWSEYFR-----NFV-DSCLQK-----IPQDRPTSEVLLKHRF 250 260 270 280 290 280 290 300 310 320 330 KIAA09 MLQWDPKKRPTASQALRYPYFQVGHPLGSTTQNLQDSEKPQKGILEKAGPPPYIKPVPPA .:. : ::. . : .: . .::: . .: :: . .: .: KIAA08 VLRERP---PTVIMDL----IQRTKDAVRELDNLQ--YRKMKKILFQEAPNGPGAEAPEE 300 310 320 330 340 340 350 360 370 380 KIAA09 QPPAKPHTR----ISSRQHQASQPPLHLTYPYKAEVSRTDHPSHLQEDKPSPLLFPSLHN . :.:. . ..: . . : : . .. 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KIAA19 VHSCLDQDPEQRPTADELLDRPLLRKRRREMEEKVTLLNAPTKRPRSSTVTEAPIAVVTS 320 330 340 350 360 370 >>KIAA0537 ( 698 res) hg03925 (698 aa) initn: 373 init1: 249 opt: 362 Z-score: 225.8 bits: 52.1 E(): 1.9e-07 Smith-Waterman score: 438; 25.000% identity (54.194% similar) in 620 aa overlap (6-601:85-659) 10 20 30 KIAA09 VSGLSRHTM-NRYTTIRQLGDGTYGSVLLGRSIES .:.. .:: . :: ::::.: . : KIAA05 GAPGSPREAVAGATAALEPRKPHGVKRHHHKHNLKHRYELQETLGKGTYGKVKRATERFS 60 70 80 90 100 110 40 50 60 70 80 90 KIAA09 GELIAIKKMKR-KFYSWEECMNLR-EVKSLKKLNHANVVKLKEVIRENDHLYFIFEYM-K :...:::.... :. . .. ...: :.. ...::: ..... ::....:.. .:.:: : KIAA05 GRVVAIKSIRKDKIKDEQDMVHIRREIEIMSSLNHPHIISIYEVFENKDKIVIIMEYASK 120 130 140 150 160 170 100 110 120 130 140 150 KIAA09 ENLYQLIKERNKLFPESAIRNIMYQILQGLAFIHKHGFFHRDLKPENLLCMGPELVKIAD .::. :.:: .: : :... ::.... . ::.: ::::: ::.: .:::: KIAA05 GELYDYISERRRL-SERETRHFFRQIVSAVHYCHKNGVVHRDLKLENILLDDNCNIKIAD 180 190 200 210 220 230 160 170 180 190 200 KIAA09 FGLAREIRSKPPYTDYVSTRWYRAPEVLLRSTNYSSP-IDVWAVGCIMAE-VYTLRPLFP :::. .. . .. : .::.. . : .: .: ::.: .. :: : : KIAA05 FGLSNLYQKDKFLQTFCGSPLYASPEIV-NGRPYRGPEVDSWALGVLLYTLVYGTMP-FD 240 250 260 270 280 290 210 220 230 240 250 260 KIAA09 GASEIDTIFKICQVLGTPKKTDWPEGYQLSSAMNFRWPQCVPNNLKTLIPNASSEAVQLL : .. . : :.::. ..: : . :.: :. 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KIAA05 RSNSEH-RSHSTGFIEGVVGPALPSTFKMEQDLCRTGVLLPSSPEAEVPGKLSPKQ-SAT 450 460 470 480 490 440 450 460 470 480 490 KIAA09 LSRIDL--KNKKRQSD--DTLCRFESVLDLKPSEPVGTGNSAPTQTSYQRRDTPTLRSAA . . . :...:.: .. : :: : .. .:.. .:. . : . .: : KIAA05 MPKKGILKKTQQRESGYYSSPERSESSELLDSNDVMGSSIPSPSPPDPARVTSHSL-SCR 500 510 520 530 540 550 500 510 520 530 540 550 KIAA09 KQHYLKHSRYLPGISIRNGILSN--PGKEFIPPNPWSSSGLSGKSSGTMSVISKVNSVGS .. :::: . .. ...: : : . . ::: . : :::: . ..: KIAA05 RKGILKHSSKYSAGTMDPALVSPEMPTLESLSEPGVPAEGLSRSYSRPSSVISDDSVLSS 560 570 580 590 600 610 560 570 580 590 600 610 KIAA09 SSTSSSGLTGNYVPSFLKKEIGSAMQRVHLAPIPDPSPGYSSLKAMRPHPGRPFFHTQPR .: . : : :. ...: : .. .. : : . .:. ::.: KIAA05 DSFDLLDLQENR-PA--RQRIRSCVSAENFLQIQD----FEGLQN-RPRPQYLKRYRNRL 620 630 640 650 660 620 630 640 KIAA09 STPGLIPRPPAAQPVHGRTDWASKYASRR KIAA05 ADSSFSLLTDMDDVTQVYKQALEICSKLN 670 680 690 >>KIAA1028 ( 501 res) fh00176s1 (501 aa) initn: 545 init1: 169 opt: 353 Z-score: 222.3 bits: 51.0 E(): 2.9e-07 Smith-Waterman score: 555; 32.533% identity (58.667% similar) in 375 aa overlap (17-352:25-392) 10 20 30 40 50 KIAA09 VSGLSRHTMNRYTTIRQLGDGTYGSVLLGRSIESGEL--IAIKKMKRKFYSW ..: :::: : .: .. . :.:... : KIAA10 DYDFKAKLAAERERVEDLFEYEGCKVGRGTYGHVYKARRKDGKDEKEYALKQIEGTGISM 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 KIAA09 EECMNLREVKSLKKLNHANVVKLKEV-IRENDH-LYFIFEYMKENLYQLIK-----ERNK : ::. :..:.: ::. :..: . ..:. ....:.: ...:...:: . :: KIAA10 SAC---REIALLRELKHPNVIALQKVFLSHSDRKVWLLFDYAEHDLWHIIKFHRASKANK 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 KIAA09 ---LFPESAIRNIMYQILQGLAFIHKHGFFHRDLKPENLLCMG--PEL--VKIADFGLAR .:.: .....::::.:. ..: . .:::::: :.: :: :: :::::.:.:: KIAA10 KPMQLPRSMVKSLLYQILDGIHYLHANWVLHRDLKPANILVMGEGPERGRVKIADMGFAR 120 130 140 150 160 170 160 170 180 190 200 210 KIAA09 EIRSK-PPYTDY---VSTRWYRAPEVLLRSTNYSSPIDVWAVGCIMAEVYTLRPLFPGAS . : : .: : : ::::::.:: . .:.. ::.::.:::.::. : .:.: . KIAA10 LFNSPLKPLADLDPVVVTFWYRAPELLLGARHYTKAIDIWAIGCIFAELLTSEPIFHCRQ 180 190 200 210 220 230 220 230 240 250 KIAA09 EI---------DTIFKICQVLGTPKKTDWPEGYQL----SSAMNFRWPQCVPNNLKTLIP : : . .: .:.: : :: . .. . .:: . ..: . KIAA10 EDIKTSNPFHHDQLDRIFSVMGFPADKDWEDIRKMPEYPTLQKDFRRTTYANSSLIKYME 240 250 260 270 280 290 260 270 280 290 300 310 KIAA09 N----ASSEAVQLLRDMLQWDPKKRPTASQALRYPYFQVGHPLGSTTQNLQDSE--KPQK . .:.. ::. .: :: :: :. :::. :::: :: : . . . :.. 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KIAA17 SVK-FPEPDAALMIMDLCKALVHMHDKSIVHRDLKPENLLVQRNEDKSTTLKLADFGLAK 410 420 430 440 450 460 160 170 180 190 200 210 KIAA09 EIRSKPPYTDYVSTRWYRAPEVLLRSTNYSSPIDVWAVGCIMAEVYTLRPLFPGASEIDT .. .: .: .: : :::.: .:. .:.::.: :. : : :: KIAA17 HV-VRPIFT-VCGTPTYVAPEIL-SEKGYGLEVDMWAAGVIL---YILLCGFPP------ 470 480 490 500 510 220 230 240 250 260 270 KIAA09 IFKICQVLGTPKKTDWPEGYQLSSAMNFRWPQCVPNNLKTLIPNASSEAVQLLRDMLQWD :. .:.. : : ... . .:.. : : :. : .:. .: : KIAA17 -FR------SPER-DQDELFNIIQLGHFEF-------LPPYWDNISDAAKDLVSRLLVVD 520 530 540 550 280 290 300 310 320 330 KIAA09 PKKRPTASQALRYPYFQVGHPLGSTTQNLQDSEKPQKGILEKAGPPPYIKPVPPAQPPAK :::: :: :.:..:..... ... .. : : KIAA17 PKKRYTAHQVLQHPWIETAGKTNTVKRQKQVSPSSEGHFRSQHKRVVEQVS 560 570 580 590 600 340 350 360 370 380 390 KIAA09 PHTRISSRQHQASQPPLHLTYPYKAEVSRTDHPSHLQEDKPSPLLFPSLHNKHPQSKITA 640 residues in 1 query sequences 1986865 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:22:09 2008 done: Thu Dec 18 15:22:10 2008 Total Scan time: 0.520 Total Display time: 0.180 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]