# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh04045s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0933.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0933, 2147 aa vs ./tmplib.23663 library 1985358 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4113+/-0.00524; mu= 10.2263+/- 0.356 mean_var=107.2736+/-25.330, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.123831 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 43, opt: 31, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1117 ( 1558 res) hj06748 (1558) 2350 432.1 5.8e-121 >>KIAA1117 ( 1558 res) hj06748 (1558 aa) initn: 3136 init1: 1071 opt: 2350 Z-score: 2263.6 bits: 432.1 E(): 5.8e-121 Smith-Waterman score: 3210; 38.062% identity (66.752% similar) in 1558 aa overlap (759-2143:1-1553) 730 740 750 760 770 780 KIAA09 LWNQLNKETREHHVTCVELFYRLHCLAPTANICEDIICHALLDPDKGTRLEALFRFSVIW .::::.: . : :: :.:: .:.:.: KIAA11 SICEDVISQQLTHKDKKIRMEAHAKFAVLW 10 20 30 790 800 810 820 830 840 KIAA09 HLTREIQGSRVTSHNRSFDRSLFVVLDSLACTDGAIGAAAQGWLVRALSLGDVARILEPV ::::... .. .: ::::::::..:::: ::. ....:.:: ..:. :.::.:::. 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