# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh03374.fasta.huge -Q ../query/KIAA0929.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0929, 1663 aa vs ./tmplib.23663 library 1985842 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.4968+/-0.0112; mu= -32.4756+/- 0.748 mean_var=753.8784+/-179.390, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 8 in 1/39 Lambda= 0.046711 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1760 ( 2219 res) af00030 (2219) 355 40.7 0.0042 KIAA0845 ( 1034 res) hk05234s1 (1034) 330 38.7 0.0077 >>KIAA1760 ( 2219 res) af00030 (2219 aa) initn: 331 init1: 122 opt: 355 Z-score: 147.6 bits: 40.7 E(): 0.0042 Smith-Waterman score: 392; 22.040% identity (45.644% similar) in 1343 aa overlap (293-1547:580-1816) 270 280 290 300 310 320 KIAA09 ETDEAVSGILETEAATESSRPPVNAPDPSAGPTDTKEARGNSSETSHSVPEAKGSKEVEV :: . .: .... ..: . : . KIAA17 QQDVGSPDKARGPPVPLQVQVTYHAQAGQPGPPEPEEPEADQHLLPPTLPTSATSLASDS 550 560 570 580 590 600 330 340 350 360 370 380 KIAA09 TLVRKDKGRQKTTRSRRKRNTNKKVVAPVESHVPESNQAQGESPAANEGTTVQH--PEAP :. :.:. .:. : . . .. ... . . .: : :: ..:: .. . : KIAA17 TF---DSGQGSTVYSDSQSSQQSVMLGSLADAAPSPAQCVC-SPPVSEGPVLPQSLPSLG 610 620 630 640 650 660 390 400 410 420 430 KIAA09 QEEKQSEKPH----STPPQSCTSDLSK-IPSTENSSQEISVEERTPTKAS----VPPDLP .. . : :.: .: .:.. .:. : . :: .. .:: KIAA17 AYQQPTAAPGLPVGSVPAPACPPSLQQHFPDPAMSFAPVLPPPSTPMPTGPGQPAPPGQQ 670 680 690 700 710 720 440 450 460 470 480 KIAA09 PPP--QPAPVDEEPQARFRVHSIIESDPVTPPSDPSIPIPTLPSVTAAKLSPPVASGGIP ::: ::.:. :: .. .::.: .: .: : :: : :... : : KIAA17 PPPLAQPTPL---PQ-------VLAPQPVVP-LQP-VP-PHLPPYLA-----PASQVGAP 730 740 750 760 490 500 510 520 530 540 KIAA09 HQSPPTKVTEWITR---QEEPRAQSTPSPALPPDTKASDVDTSSSTLRKILMDPKYVSAT : : .. . . : : : : :..:: : . .: : : : ... KIAA17 AQLKPLQMPQAPLQPLAQVPP--QMPPIPVVPPITPLAGID----GLPPALPDLPTATVP 770 780 790 800 810 820 550 560 570 580 590 600 KIAA09 SVTSTSV-TTAIAEPVSAAPCLHEAPPPPVDSKKPLEEKTAPPVTNNSEIQASEVLVAAD : . . :. : ::: .: :... : : . . :.. . . .. .. KIAA17 PVPPPQYFSPAVILPSLAAPLPPASPALPLQAVK-LPHPPGAPLAMPCRTIVPNAPATIP 830 840 850 860 870 880 610 620 630 640 650 660 KIAA09 KEKVAP--VIAPKITSVISRMP---VSIDLENSQKITLAKPAPQTLTGLVSALTGLVNVS ::: : : .: :.....: : .. : . :.:. . . : . . KIAA17 LLAVAPPGVAALSIHSAVAQLPGQPVYPAAFPQMAPTDVPPSPHHTVQNMRATPP--QPA 890 900 910 920 930 670 680 690 700 710 KIAA09 LVPVNALKGPVKGSVTTLKSLVSTPAGPVNVLKGPVNVLTGPVNVLTTPV--NATVGTVN : : .: : . . .: :. : . . : :: . :: . : KIAA17 LPPQPTL--PPQPVLPPQPTLPPQPVLPPQPTRPPQPVLPPQPMLPPQPVLPPQPALPVR 940 950 960 970 980 990 720 730 740 750 760 770 KIAA09 AAPGTVNAAASAVNATASAVTVTAGAVTAASGGVTATTGTVTMA-GAVIAPSTKCKQRAS : . .:. :.. . . : . . :.: . :: . .::..: . KIAA17 PEPLQPHLPEQAAPAATPGSQILLGHPAPYAVDVAAQVPTVPVPPAAVLSPPLPEVLLPA 1000 1010 1020 1030 1040 1050 780 790 800 810 820 830 KIAA09 ANENSRFHPGSMPVIDDRPADAGSGAGLRVNTSEGVVLLSYSGQKTEGPQRISAKISQIP : : :.:. .. .:... .. ..:: .. : :.. KIAA17 APELLPQFPSSLATV---------SASVQSVPTQTATLLPPANPPLPGGPGIASPC---- 1060 1070 1080 1090 1100 840 850 860 870 880 890 KIAA09 PASAMDIEFQQSVSKSQVKPDSVTASQPPSKGPQAPAGYANVATHSTLVLTAQTYNASPV :. . .: : . :: :: .. : : .. .: ... .. . .. KIAA17 PTVQLTVEPVQEEQASQDKPPGLPQSCESYGGSDVTSG-KELSDSCEGAFGGGRLEGR-- 1110 1120 1130 1140 1150 1160 900 910 920 930 940 950 KIAA09 ISSVKADRPSLEKPEPIHLSVSTPVTQGGTVKVLTQGINTPPVLVHNQLVLTPSIVTTNK .. : : : . . . .: : . .:. :: .:. :: : :. KIAA17 -AARKHHRRST-RARSRQERASRP-----RLTILNV-CNTGDKMVECQLE------THNH 1170 1180 1190 1200 960 970 980 990 1000 1010 KIAA09 KLADPVTLKIETKVLQPANLGSTLTPHHPPALPSKLPTEVNHVPSGPSIPADRTVSHLAA :. ::.:.. : .... .. .: : .. : .... . :.. . :. KIAA17 KM---VTFKFDLDGDAPDEIATYMV-EHDFILQAERETFIEQMKD----VMDKAEDMLSE 1210 1220 1230 1240 1250 1020 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA09 AKLDAHSPRPSGPGPSSFPRASHPSSTASTALSTNA-TVMLAAGIPVPQFISSIHPEQSV :. . : : :: : : .. .:.:. . . :. :: : :.: KIAA17 ---DTDADRGSDPGTS-------PPHLSTCGLGTGEESRQSQANAPVYQ--------QNV 1260 1270 1280 1290 1300 1080 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA09 IMPPHSITQTVSLSHLSQGEVRMNTPTLPSITYSIRPEALHSPRAPLQPQQIEVRAPQRA . . ... :. ..: :: :. ::: .. :: . : . :. KIAA17 LHTGKRWFIICPVAEHPAPEAPESSPPLP--LSSLPPEASQDS-APYKDQLSSKEQPSFL 1310 1320 1330 1340 1350 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA09 STPQ------PA-PAGVPA--LASQHPPEEEVHYHLPV-ARATAPVQSEVLVMQSEYRLH .. : :. : :.: :: . :: . . : .: : . . :. KIAA17 ASQQLLSQAGPSNPPGAPPAPLAPSSPPVTALPQDGAAPATSTMPEPASGTASQAGGPGT 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1190 1200 1210 1220 1230 1240 KIAA09 PYTVPRDVRIMVHPHVTAVSEQPRAADGVVKVPPASKAPQQPGKEAAKTPDAKAAPTPTP : . ... .: .. . : : :.. .: .. :: :. :::.: ::.: : : KIAA17 PQGLTSELETS-QP-LAETHEAPLAVQPLV----VGLAPCTPAPEAASTRDASAPREPLP 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1250 1260 1270 1280 1290 KIAA09 APVPVPVP---LPAPA---PAPHGEARILTVT-PSNQLQGLPLTPPVVVTHGVQIVHSSG :.: : : : :: ::: : . .:. ..:: . :: : .: . . ..:.: KIAA17 PPAPEPSPHSGTPQPALGQPAPLLPAAVGAVSLATSQLPSPPLGP-TVPPQPPSALESDG 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1300 1310 1320 1330 1340 KIAA09 ELFQEYRYG----DIRTYHPPAQ--LTHTQFPAAS-SVGLPSR------TKTAAQGPPPE : : : :.. . : . . :..: :.: : . : .: :. KIAA17 EG-PPPRVGFVDSTIKSLDEKLRTLLYQEHVPTSSASAGTPVEVGDRDFTLEPLRGDQPR 1540 1550 1560 1570 1580 1350 1360 1370 1380 KIAA09 -----GEPLQPPQP-------VQSTQPAQPAPPCPPSQLGQPGQPPSSKM-----PQ--V :. :: : :: :: :.. . : ::.: :. . KIAA17 SEVCGGDLALPPVPKEAVSGRVQLPQPLVEKSELAPTRGAVMEQGTSSSMTAESSPRSML 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1390 1400 1410 1420 1430 KIAA09 SQEAKGTQTGVEQPRLPAGPANRP----PEPHTQVQRAQAETGPTSFPSPVS----VSMK . . : :.. .. .:. : . : : ..: .:.: .: : : :. . KIAA17 GYDRDGRQVASDSHVVPSVPQDVPAFVRPARVEPTDRDGGEAGESSAEPPPSDMGTVGGQ 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1440 1450 1460 1470 1480 1490 KIAA09 PDLPVSLPTQTAPKQPLFVPTTSGPSTPPGLVLPHTEFQPAPKQD----SSPH-LTSQRP . : .: .. : .: : . :.: : .:. . :: .::: : . : KIAA17 ASHPQTLGAR-ALGSPRKRPEQQDVSSPAKTV---GRFSVVSTQDEWTLASPHSLRYSAP 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1500 1510 1520 1530 1540 1550 KIAA09 VDMVQLLKKYPIVWQGLLALKNDTAAVQLHFVSGNNVLAHRSLPLSEGGPPLRIAQRMRL :. : . : . ::.. .: ... :. : . . .. ::.. KIAA17 PDV--YLDEAPSSPDVKLAVRRAQTASSIEVGVGEPVSSDSGDEGPRARPPVQKQASLPV 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1560 1570 1580 1590 1600 1610 KIAA09 EATQLEGVARRMTVETDYCLLLALPCGRDQEDVVSQTESLKAAFITYLQAKQAAGIINVP KIAA17 SGSVAGDFVKKATAFLQRPSRAGSLGPETPSRVGMKVPTISVTSFHSQSSYISSDNDSEL 1830 1840 1850 1860 1870 1880 >>KIAA0845 ( 1034 res) hk05234s1 (1034 aa) initn: 132 init1: 132 opt: 330 Z-score: 142.8 bits: 38.7 E(): 0.0077 Smith-Waterman score: 362; 23.012% identity (51.946% similar) in 591 aa overlap (11-586:477-1031) 10 20 30 KIAA09 NEPKVDATRPEATTEVGPQIGVKESSMEPKAAEEEA-GSE :.: : . .:.. : . :::: :.: KIAA08 KSEEKIKVVEKSEKETVIVEEQTEETQVTEEVTEEEEKEAKEEEGKEEEGGEEEEAEGGE 450 460 470 480 490 500 40 50 60 70 80 90 KIAA09 QKRDRKDAGTDKNPPETA--PVEVVEKKPAPEKNSKSKRGRSRNSRLAVDKSASLKNVDA .. : .: . : ::. :.:: :. ......: . .:. : . .: KIAA08 EETKSPPAEEAASPEKEAKSPVKEEAKSPAEAKSPEKEEAKSPAEVKSPEKAKSPAKEEA 510 520 530 540 550 560 100 110 120 130 140 150 KIAA09 AVSPRGAAAQAGERESGVVAVSPEKSESPQKEDGLSSQLKSDPVDPDKEPEKEDVSASGP :.. . . : .: . . ::::..:: ::.. : ..: . : : ::. :..: KIAA08 KSPPEAKSPEKEEAKSPAEVKSPEKAKSPAKEEAKSPAEAKSP-EKAKSPVKEE--AKSP 570 580 590 600 610 620 160 170 180 190 200 210 KIAA09 SPEATQLAKQMELEQAVEHIAKLAEASASAAYKADAPE-GLAPEDRDKPAHQASETELAA . :: . .:. : .. .: . . .:.. . .: .:: . .:: .: .. ... : KIAA08 A-EAKSPVKE-EAKSPAE-VKSPEKAKSPTKEEAKSPEKAKSPEKAKSPEKEEAKSPEKA 630 640 650 660 670 680 220 230 240 250 260 270 KIAA09 AIGSIINDISGEPENFPAPPPYPGESQTDLQPPAGAQALQPSEEGMETDEAVSGILETEA : .. . ::. .: ..: . :. .: .: ..: : . : KIAA08 K--SPVKAEAKSPEKAKSPVKAEAKSPEKAKSPVKEEAKSP-------EKAKSPVKEEAK 690 700 710 720 730 280 290 300 310 320 330 KIAA09 ATESSRPPVN--APDPSAGPTDTKEARGNSSETSHSVPEAK--GSKEVEVTLVRKDKGRQ . :... ::. : : . . .:: ...: : ..: .:: : :. :...:. KIAA08 SPEKAKSPVKEEAKTPEKAKSPVKE-EAKSPEKAKSPEKAKTLDVKSPEAKTPAKEEARS 740 750 760 770 780 790 340 350 360 370 380 390 KIAA09 KTTR--SRRKRNTNKKVVAPVESHVPESNQAQGESPAANEGTTVQHPEAPQEEKQSEKPH . . . : ....: .: ... : ...:.. . :. : . .::: .: KIAA08 PADKFPEKAKSPVKEEVKSPEKAKSPLKEDAKAPEKEIPKKEEVKSP-VKEEEKPQEVKV 800 810 820 830 840 400 410 420 430 440 KIAA09 STPPQSCTSDLSKIPSTENSSQEI-SVEERTPTKASVPPDLPPPPQPAPVDEEPQARFRV . ::.. . : :.: .. .. : .:..: : . : . .:: :.:. KIAA08 KEPPKKAEEE--KAPATPKTEEKKDSKKEEAPKKEAPKPKVEEKKEPAV--EKPK----- 850 860 870 880 890 900 450 460 470 480 490 500 KIAA09 HSIIESDPVTPPSDPSIPIPTLPSVTAAKLSPPVASGGIPHQSPPTKVTEWITRQEEPRA .: .:. . ..: : : .: :. . ... : . :: .. . KIAA08 ESKVEAKKEEAEDKKKVPTPE-------KEAP--AKVEVKEDAKPKEKTEVAKKEPDDAK 910 920 930 940 950 510 520 530 540 550 560 KIAA09 QSTPS-PALPPDTKASDVDTSSSTLRKILMDPKYVSATSVTSTSVTTAIAEPVSAAPCLH . :: :: .. ::. .: :: . .. . ... ..: .: . KIAA08 AKEPSKPAEKKEAAPEKKDTKEEKAKKPEEKPKTEAKAKEDDKTLSKEPSKP-KAEKAEK 960 970 980 990 1000 1010 570 580 590 600 610 620 KIAA09 EAPPPPVDSKKP---LEEKTAPPVTNNSEIQASEVLVAADKEKVAPVIAPKITSVISRMP . ::: : :.:.: KIAA08 SSSTDQKDSKPPEKATEDKAAKGK 1020 1030 1663 residues in 1 query sequences 1985842 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:21:51 2008 done: Thu Dec 18 15:21:52 2008 Total Scan time: 0.910 Total Display time: 0.180 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]