# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg02207s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0910.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0910, 1315 aa vs ./tmplib.23663 library 1986190 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.4901+/-0.0129; mu= -30.7112+/- 0.867 mean_var=915.8882+/-220.527, 0's: 0 Z-trim: 10 B-trim: 5 in 1/39 Lambda= 0.042379 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0348 ( 1443 res) hg01551(revised) (1443) 3661 240.5 1.5e-63 KIAA0851 ( 607 res) hk06032 ( 607) 635 55.1 4.3e-08 KIAA0966 ( 1150 res) hj06369 (1150) 585 52.3 5.4e-07 >>KIAA0348 ( 1443 res) hg01551(revised) (1443 aa) initn: 3385 init1: 1484 opt: 3661 Z-score: 1232.6 bits: 240.5 E(): 1.5e-63 Smith-Waterman score: 3857; 47.612% identity (73.845% similar) in 1277 aa overlap (89-1314:1-1254) 60 70 80 90 100 110 KIAA09 ETRHKEECLMFESGAVAVLSSAEKEAIKGTYSKVLDAYGLLGVLRLNLGDTMLHYLVLVT :.:. :::: :: :::. : : : .::::: KIAA03 YGKLTDAYGCLGELRLKSGGTSLSFLVLVT 10 20 30 120 130 140 150 160 170 KIAA09 GCMSVGKIQESEVFRVTSTEFISLRIDSSDEDRISEVRKVLNSGNFYFAWSASGISLDLS :: :::.: ..:....:.:.: :. ....:.:. ..:.:.:: :::.: .: .::. 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KIAA03 DSELGGDDLSDVPGPTALAPPSKSPALTKKKQ-----HPTYKDDADLVELKRELEAVGEF 980 990 1000 1010 1020 1030 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA09 PATPPPRPVAPPTRP---APPQRPPPPSGARSPAPTRKEFGAPKSPGTTRKDNI------ : : .. :.:: ::::::::.: .. : : :: . .: KIAA03 RHRSPSRSLSVPNRPRPPQPPQRPPPPTGLMVK---KSASDASISSGTHGQYSILQTARL 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1180 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA09 --GRSQPSPQAGLAGPGPAGYSTARPTIPPRAGVISAPQSHARASAGRLTPESQSKTSET : : :.: . : . . . : .: . .::..: . :. : .. KIAA03 LPGAPQQPPKARTGISKPYNVKQIKTTNAQEAEAAIRCLLEARGGA---SEEALSAVAPR 1100 1110 1120 1130 1140 1240 1250 1260 1270 KIAA09 SKGSTFLPEPLKPQAAFP--PQSS-----LPPPA---------QRLQEPLVPVAAPMPQS . .. ::: : :: : ::. ::: .: .:: : :. KIAA03 DLEASSEPEPT-PGAAKPETPQAPPLLPRRPPPRVPAIKKPTLRRTGKPLSPEEQFEQQT 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1280 1290 1300 1310 KIAA09 -----GP-QPNLETPP---QP--PPRSRSSHSLPSEASSQPQQEQPSG :: . ..:.:: : :: . :..:. .:....:. KIAA03 VHFTIGPPETSVEAPPVVTAPRVPPVPKPRTFQPGKAAERPSHRKPASDEAPPGAGASVP 1210 1220 1230 1240 1250 1260 KIAA03 PPLEAPPLVPKVPPRRKKSAPAAFHLQVLQSNSQLLQGLTYNSSDSPSGHPPAAGTVFPQ 1270 1280 1290 1300 1310 1320 >>KIAA0851 ( 607 res) hk06032 (607 aa) initn: 507 init1: 254 opt: 635 Z-score: 237.2 bits: 55.1 E(): 4.3e-08 Smith-Waterman score: 745; 30.566% identity (61.321% similar) in 530 aa overlap (24-519:4-521) 10 20 30 40 50 KIAA09 GAAAARPTGSRAGGRLQDQSLPPQRQRERAASEERR----MAFSKGFRIYHKLDPPPFSL .: :: : :: :: . .. .. : : . KIAA08 PRWRRGAGRAEREGRRWLCRMATAAYEQLKLHITPEKFYV 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 KIAA09 IVETRHKEECLMFESGAVAVLSSAEKEAIKGTYSKVLDAYGLLGVLRLNLGDTMLHYLVL . .. : .. .. : ...:.. .. .. . .:.::...: :. ::.. KIAA08 EACDDGADDVLTIDRVSTEVTLAVKKDVPPSAVTRPI--FGILGTIHLVAGN----YLIV 50 60 70 80 90 120 130 140 150 160 KIAA09 VTGCMSVGKIQESEVFRVTSTEFISLR------IDSSDEDR---ISEVRKVLNSGNFYFA .: ..::.. :...:. . .: . : . .: .. . .::: .:::. KIAA08 ITKKIKVGEFFSHVVWKATDFDVLSYKKTMLHLTDIQLQDNKTFLAMLNHVLNVDGFYFS 100 110 120 130 140 150 170 180 190 200 210 220 KIAA09 WSASGI-SLDLSLNAHRSMQEQT----TDNRFFWNQSLHLHLKHYGVNCDDWLLRLMCGG . . .:. :. .::.. .:.:: :: : .:. . . : .. : KIAA08 TTYDLTHTLQRLSNTSPEFQEMSLLERADQRFVWNGHLLRELSAQP-EVHRFALPVLHGF 160 170 180 190 200 210 230 240 250 260 270 280 KIAA09 VEIRTIYAAHKQAKACLISRLSCERAGTRFNVRGTNDDGHVANFVETEQVVYLDDSVSSF . ... : :::: :: :::.:. ::: ...::.::::::::.:. . : .:: KIAA08 ITMHSCSINGKYFDWILISRRSCFRAGVRYYVRGIDSEGHAANFVETEQIVHYNGSKASF 220 230 240 250 260 270 290 300 310 320 330 340 KIAA09 IQIRGSVPLFWEQ-PGLQVGSHRVRMSRGFEANAPAFDRHFRTLKNLYGKQIIVNLLGSK .: :::.:.:: : :.:. . ..:. . .:.::: . .::::.:.::...: KIAA08 VQTRGSIPVFWSQRPNLKY-KPLPQISK-VANHMDGFQRHFDSQVIIYGKQVIINLINQK 280 290 300 310 320 330 350 360 370 380 390 400 KIAA09 EGEHMLSKAFQSHLKASEHAADIQMVNFDYHQMVKGGKAEKLHSVLKPQVQKFLD-YGFF .:. : ..: . . .: .. .... ::.:. :. . ..: :.: :: .. : ..: KIAA08 GSEKPLEQTFAT-MVSSLGSGMMRYIAFDFHKECKNMRWDRL-SILLDQVAEMQDELSYF 340 350 360 370 380 410 420 430 440 450 KIAA09 YFNGS-EVQRCQSGTVRTNCLDCLDRTNSVQAFLGLEMLAKQLEALGL---AEKPQLVTR ... .: : :. :.::.::::::: .:..:. . : ::. ::. ..: . . 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KIAA09 ENVQTLTDAIYDIILDMKWCWVDEAGVICKQEGIFRVNCMDCLDRTNVVQAAIARVVMEQ 440 450 460 470 480 490 450 460 470 480 KIAA09 QLEALGLAEKPQ-LVTRFQEVFRSMWSVNGDSISKIYAGTGALEG------KAKL----K ::. ::. : : .. ..... ::. ::::::. ::::.::.: . :: : KIAA09 QLKKLGVMPPEQPLPVKCNRIYQIMWANNGDSISRQYAGTAALKGDFTRTGERKLAGVMK 500 510 520 530 540 550 490 500 510 520 530 540 KIAA09 DGARSVTRTIQNNFFDSSKQEAIDVLLLGNTLNSDLADKARALLTTGSLRVSEQTLQSAS ::. :..: : : :. .: .:: :. : .. :: KIAA09 DGVNSANRYYLNRFKDAYRQAVID-LMQGIPVTEDLYSIFTKEKEHEALHKENQRSHQEL 560 570 580 590 600 610 550 560 570 580 590 600 KIAA09 SKVLKSMCENFYKYSKPKKIRVCVGTWNVNGGKQFRSIAFKNQTLTDWLLDAPKLAGIQE KIAA09 ISQLLQSYMKLLLPDDEKFHGGWALIDCDPSLIDATHRDVDVLLLLSNSAYYVAYYDDEV 620 630 640 650 660 670 1315 residues in 1 query sequences 1986190 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:21:05 2008 done: Thu Dec 18 15:21:06 2008 Total Scan time: 0.750 Total Display time: 0.160 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]