# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk09970.fasta.huge -Q ../query/KIAA0903.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0903, 962 aa vs ./tmplib.23663 library 1986543 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.4810+/-0.00835; mu= -6.3084+/- 0.566 mean_var=264.6906+/-63.355, 0's: 0 Z-trim: 10 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.078832 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0819 ( 989 res) hh01037 ( 989) 345 53.2 1.9e-07 KIAA1364 ( 811 res) fj02442 ( 811) 324 50.7 8.4e-07 KIAA0750 ( 1125 res) hk04329 (1125) 325 51.0 9.9e-07 KIAA1668 ( 791 res) fh11717 ( 791) 313 49.5 2e-06 KIAA0302 ( 2414 res) hf00409s2 (2414) 290 47.3 2.8e-05 >>KIAA0819 ( 989 res) hh01037 (989 aa) initn: 390 init1: 258 opt: 345 Z-score: 225.7 bits: 53.2 E(): 1.9e-07 Smith-Waterman score: 366; 22.623% identity (53.770% similar) in 610 aa overlap (377-950:392-983) 350 360 370 380 390 400 KIAA09 VNDSGVGESESEHQTPDDHLSPSTASPYCRRTKSDTEPQKSQQSSGRTSGSDDPGICSNT :. :: : ...:. . :.:. :. ... KIAA08 EGLHLLKPLSIPKRLGLPKPEGEPLSLPTPRSPSDRELRSAQEERRELSSSSGLGLHGSS 370 380 390 400 410 420 410 420 430 440 450 460 KIAA09 DSTQAQVLLGKKRLLKAETLELSDLYVSDKKKDMSPPFICEETDEQKLQTLDIGSNLEKE .. .. ::.. . ... :. .. :: : ..::. . .... KIAA08 SNMKT---LGSQSFNTSDSAMLTP---PSSPPPPPPPGEEPATLRRKLREAEPNASVVPP 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 KIAA09 KLENSRSLECRSDPESP---IKKTSLSPTSKLGYSYS-RDLDLAKKKHASLRQTESDPDA : . : . : ..:. . . .. .. . .: : . .::.. : . KIAA08 PLPATWMRPPREPAQPPREEVRKSFVESVEEIPFADDVEDTYDDKTEDSSLQEKFFTPPS 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 580 KIAA09 DRTTLNHADHSSKIVQHRLLSRQEELKERARVLLEQARRDAALKAGNKHNTNTATPFCNR .. : : ... .: .: : : ..: :. .. .. KIAA08 CWPRPEKPRHPP------LAKENGRLPALEGTLQPQKRGLPLVSAEAKELAEERMRAREK 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 KIAA09 QLSDQ--QDEERRRQLRERARQLIAEARSGVKMSELPSYGEMAAEKLKERSKASGDENDN ....: .: :. : . .: . : : : :: :. : :.:. . KIAA08 SVKSQALRDAMARQLSRMQQMELASGAPRPRKASSAPSQGKERRPDSPTRPTLRGSEEPT 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 KIAA09 IEID-TNEEI---------PEGFVVG--GGDELTNLENDLDTPEQNSKLVDLKLKKLLEV .. . :.::. :.: .. :.. .. ...: .:..:.: : . KIAA08 LKHEATSEEVLSPPSDSGGPDGSFTSSEGSSGKSKKRSSLFSPRRNKKEKKSKGEGRPPE 650 660 670 680 690 700 690 700 710 720 730 KIAA09 QP------QVANSPSSAAQKAVTESSEQDMKSGTEDLR---TERLQKTTERFRN---PVV .: ..: .:.: :.: . ..: :. ..: : :.. .. ::: KIAA08 KPSSNLLEEAAAKPKSL-WKSVFSGYKKDKKKKADDKSCPSTPSSGATVDSGKHRVLPVV 710 720 730 740 750 760 740 750 760 770 780 790 KIAA09 FSKDSTVRKTQLQSFSQYI-ENRPEMKRQRSIQEDTKKGNEEKAA-----ITETQRKPSE .. . :. ... :. .. : . :.: .: .:: : . .. :. .. KIAA08 RAELQLRRQLSFSEDSDLSSDDVLEKSSQKSRREPRTYTEEELNAKLTRRVQKAARRQAK 770 780 790 800 810 820 800 810 820 830 840 850 KIAA09 DEVLNKGFKDTSQYVVGELAALENEQKQIDTRAALVEKRLRYLMDTGRNTEEEEAMMQEW .: :.. . .: . .: .:..:.... :.. ::: :: ..: . ... .:::: KIAA08 QEELKRLHR--AQIIQRQLQQVEERQRRLEERGVAVEKALR--GEAGMGKKDDPKLMQEW 830 840 850 860 870 880 860 870 880 890 900 910 KIAA09 FMLVNKKNALIRRMNQLSLLEKEHDLERRYELLNRELRAMLAIEDWQKTEAQKRREQLLL : ::..:::..: ..: .. .: .:: : :..::: .:.:: ::: . .:. .: KIAA08 FKLVQEKNAMVRYESELMIFARELELEDRQSRLQQELRERMAVEDHLKTEEELSEEKQIL 890 900 910 920 930 940 920 930 940 950 960 KIAA09 DELVALVNKRDALVRDLDAQEKQAEEEDEHLERTLEQNKGKMAKKEEKCVLQ .:.. .:..::.:: :. :. . .:::. :: .. .:: KIAA08 NEMLEVVEQRDSLVALLEEQRLREREEDKDLEAAM-LSKGFSLNWS 950 960 970 980 >>KIAA1364 ( 811 res) fj02442 (811 aa) initn: 348 init1: 257 opt: 324 Z-score: 214.0 bits: 50.7 E(): 8.4e-07 Smith-Waterman score: 324; 40.870% identity (76.522% similar) in 115 aa overlap (167-278:344-458) 140 150 160 170 180 190 KIAA09 VLSPKTGVLNENTVSAGKDLSTSPKPSPIPSPVLGRKPNASQS--LLVWCKEVTKNYRGV .: : :. ....: :: ::.. : .: :: KIAA13 LRPSQVRHLYDTGETKDIHLEMESLVNSRTTPKLTRNESVARSSKLLGWCQRQTDGYAGV 320 330 340 350 360 370 200 210 220 230 240 250 KIAA09 KITNFTTSWRNGLSFCAILHHFRPDLIDYKSLNPQDIKENNKKAYD-GFASIGISRLLEP ..:..: ::..::..:::.:..::::::. ::. :....::. :.: . .::: .. KIAA13 NVTDLTMSWKSGLALCAIIHRYRPDLIDFDSLDEQNVEKNNQLAFDIAEKELGISPIMTG 380 390 400 410 420 430 260 270 280 290 300 310 KIAA09 SDMVLLAIPDKLTVMTYLYQIRAHFSGQELNVVQIEENSSKSTYKVGNYETDTNSSVDQE ..:. .. ::::... :: :. : KIAA13 KEMASVGEPDKLSMVMYLTQFYEMFKDSLPSSDTLDLNAEEKAVLIASTRSPISFLSKLG 440 450 460 470 480 490 >>KIAA0750 ( 1125 res) hk04329 (1125 aa) initn: 319 init1: 255 opt: 325 Z-score: 212.7 bits: 51.0 E(): 9.9e-07 Smith-Waterman score: 325; 28.968% identity (60.714% similar) in 252 aa overlap (170-406:511-755) 140 150 160 170 180 190 KIAA09 PKTGVLNENTVSAGKDLSTSPKPSPIPSPVLGRKPNA--SQSLLVWCKEVTKNYRGVKIT :.:: . ..::.::.. :..:. :..: KIAA07 RPHQVKHLYITKELEHYPLERLGSVRRSVNLSRKESDIRPSKLLTWCQQQTEGYQHVNVT 490 500 510 520 530 540 200 210 220 230 240 250 KIAA09 NFTTSWRNGLSFCAILHHFRPDLIDYKSLNPQDIKENNKKAYD-GFASIGISRLLEPSDM ..:::::.::..:::.:.:::.::.. ::: .: :::. :.: . .:: . ..: KIAA07 DLTTSWRSGLALCAIIHRFRPELINFDSLNEDDAVENNQLAFDVAEREFGIPPVTTGKEM 550 560 570 580 590 600 260 270 280 290 300 310 KIAA09 VLLAIPDKLTVMTYLYQIRAHFSGQELNVVQIEENSSKSTYKVGNYETDTNSSVDQEKFY . ::::... :: .. : : : : .: ...: . . ..::.... : KIAA07 ASAQEPDKLSMVMYLSKFYELFRGTPLRPV----DSWRKNYGENADLSLAKSSISNN--Y 610 620 630 640 650 320 330 340 350 360 KIAA09 AELS-DLKREPELQQPISGAVD--------FLSQDDSVFVNDSGVGESE---SEHQTPDD .:. :: :... .: : : . :. .. ..: .. : .. .. KIAA07 LNLTFPRKRTPRVDGQ-TGENDMNKRRRKGFTNLDEPSNFSSRSLGSNQECGSSKEGGNQ 660 670 680 690 700 710 370 380 390 400 410 420 KIAA09 HLSPSTASPYCRRTKSDTEPQKSQQSSGRTSGSDDPGICSNTDSTQAQVLLGKKRLLKAE . : :. . . .:. . ... :.:: : .::.. KIAA07 NKVKSMANQLLAKFEESTRNPSLMKQERRVSGIGKPVLCSSSGPPVHSCCPKPEEATPSP 720 730 740 750 760 770 430 440 450 460 470 480 KIAA09 TLELSDLYVSDKKKDMSPPFICEETDEQKLQTLDIGSNLEKEKLENSRSLECRSDPESPI KIAA07 SPPLKRQFPSVVVTGHVLRELKQVSAGSECLSRPWRARAKSDLQLGGTENFATLPSTRPR 780 790 800 810 820 830 >>KIAA1668 ( 791 res) fh11717 (791 aa) initn: 377 init1: 231 opt: 313 Z-score: 207.4 bits: 49.5 E(): 2e-06 Smith-Waterman score: 378; 23.604% identity (50.127% similar) in 788 aa overlap (245-958:2-762) 220 230 240 250 260 270 KIAA09 HFRPDLIDYKSLNPQDIKENNKKAYDGFASIGISRLLEPSDMVLLAIPDKLTVMTYLYQI .:: ::.:.::: ...:: :..:::. : KIAA16 ELGIPALLDPNDMVSMSVPDCLSIMTYVSQY 10 20 30 280 290 300 KIAA09 RAHFS--GQE------------------------LNVVQIEENSSKSTYKVGNYETDTNS :: :: .:.: :: :: : . :. .: ... KIAA16 YNHFCSPGQAGVSPPRKGLAPCSPPSVAPTPVESEDVAQGEELSSGSLSEQGTGQTPSST 40 50 60 70 80 90 310 320 330 340 350 360 KIAA09 SVDQEKFYAELSDLKREPELQQPISGAVDFLSQDDSVFVNDSGVGESE---SEHQTPDDH . .. .. . .: . :. . ..: :. .:: . . KIAA16 CAACQQHVHLVQRYLADGRLYHRHCFRCRRCSSTLLPGAYENGPEEGTFVCAEHCA---R 100 110 120 130 140 370 380 390 400 410 420 KIAA09 LSPSTASPYCRRTKSDTEPQKSQQSSGRTSGSDDPGICSNTDSTQAQVLLGKKRLLKAET :.:.: : : ..:....:.. ...: :: .... . : : .:. KIAA16 LGPGTRSG--TRPGPFSQPKQQHQQQLAEDAKDVPGGGPSSSAPAGAEADGPKASPEARP 150 160 170 180 190 200 430 440 450 460 470 KIAA09 LELSDLYVSDKKKDM-SPPF--------ICEETDEQKLQTLDIGSNLEKEKL---ENSRS . : : ... ::: :. : :.:..:.: .: : KIAA16 QIPTKPRVPGKLQELASPPAGRPTPAPRKASESTTPAPPTPRPRSSLQQENLVEQAGSSS 210 220 230 240 250 260 480 490 500 510 520 KIAA09 LECRSDPESPIKKTSLSPTSKLGYSYSRD----LDLA----KKKHASLRQTESD--PDAD : : :. : .: . : : . :. ::: : : . : :. : KIAA16 LVNGRLHELPVPKPRGTPKPSEGTPAPRKDPPWITLVQAEPKKKPAPLPPSSSPGPPSQD 270 280 290 300 310 320 530 540 550 560 570 KIAA09 RTTLNHADHSSKIVQHR----LLSR-------QEELKERARVLLEQARRDAALKAGNKHN .... . ...: : :. .:: ::. . . :: :. .. KIAA16 SRQVENGG-TEEVAQPSPTASLESKPYNPFEEEEEDKEEEAPAAPSLATSPAL--GHPES 330 340 350 360 370 380 580 590 600 610 620 630 KIAA09 T-NTATPFCNRQLSDQQDEERRRQLRERARQLIAEARSGVKMSELPSYGEMAAEKLKERS : .. :. . ... ..: : . . .: : .. :: :: : ... : KIAA16 TPKSLHPWYGITPTSSPKTKKRPAPRAPSASPLALHASRLSHSEPPSATPSPALSVESLS 390 400 410 420 430 440 640 650 660 670 680 690 KIAA09 KASGDENDNIEIDTNEEIPEGFVVGGGDELTNLENDLDTPEQNSKLVDLKLKKLLEVQPQ . :.... . :. .:.. ... .. . .: . : .: . : :.:. KIAA16 SESASQTAGAELLEPPAVPKS----SSEPAVHAPGTPGNPVSLSTNSSLASSGEL-VEPR 450 460 470 480 490 700 710 720 730 740 KIAA09 VANSPSSA---AQKAVTESSEQDMKSGTEDLRTERLQKTTERFRNPVVFSKDSTVRKTQL : . :... : .. :. : : . : : :.:: .:. :: KIAA16 VEQMPQASPGLAPRTRGSSGPQPAKPCSGATPTPLLLVGD---RSPVPSPGSSS---PQL 500 510 520 530 540 550 750 760 770 780 790 800 KIAA09 QSFSQYIENRPEMKRQRSIQEDTKKGNEEKAAITETQRKPSEDEVLNKGFKDTSQYVV-- : :. :: . : . . . :::... . . :.. : : ...::. KIAA16 QVKSSCKENPFNRKPSPAASPATKKATKGSKPVRPPA--PGHGFPLIKRKVQADQYIPEE 560 570 580 590 600 610 810 820 830 840 850 860 KIAA09 ---GELAALENEQKQIDTRAALVEKRLRYLMDTGRNTEEEEAMMQEWFMLVNKKNALIRR ::. ..: . .. :..:.:..:: .. :: :. :. .:: :...:. :.:: KIAA16 DIHGEMDTIERRLDALEHRGVLLEEKLRGGLNEGR----EDDMLVDWFKLIHEKHLLVRR 620 630 640 650 660 870 880 890 900 910 920 KIAA09 MNQLSLLEKEHDLERRYELLNRELRAMLAI--EDWQKTEAQKRREQLLLDELVALVNKRD ..: . :...::.: .. ::: .: .:: :: .. ::..:..:::.:...:. KIAA16 ESELIYVFKQQNLEQRQADVEYELRCLLNKPEKDW--TEEDRAREKVLMQELVTLIEQRN 670 680 690 700 710 720 930 940 950 960 KIAA09 ALVRDLDAQEKQAEEEDEHLERTLEQNK-GKMAKKEEKCVLQ :.. :: .... ::::. :: ..... . :. : : KIAA16 AIINCLDEDRQREEEEDKMLEAMIKKKEFQREAEPEGKKKGKFKTMKMLKLLGNKRDAKS 730 740 750 760 770 780 KIAA16 KSPRDKS 790 >>KIAA0302 ( 2414 res) hf00409s2 (2414 aa) initn: 303 init1: 238 opt: 290 Z-score: 186.7 bits: 47.3 E(): 2.8e-05 Smith-Waterman score: 317; 23.048% identity (51.763% similar) in 794 aa overlap (173-909:199-943) 150 160 170 180 190 200 KIAA09 GVLNENTVSAGKDLSTSPKPSPIPSPVLGRKPNASQSLLVWCKEVTKNYRGVKITNFTTS : .:...::.::. : .: .:.. ::::: KIAA03 NHRLTLGLVWTIILRFQIQDISVETEDNKEKKSAKDALLLWCQMKTAGYPNVNVHNFTTS 170 180 190 200 210 220 210 220 230 240 250 260 KIAA09 WRNGLSFCAILHHFRPDLIDYKSLNPQDIKENNKKAYD-GFASIGISRLLEPSDMVLLAI ::.::.: ::.:. ::::.:..::. . . : ..:.. . .:...::.: : : . KIAA03 WRDGLAFNAIVHKHRPDLLDFESLKKCNAHYNLQNAFNLAEKELGLTKLLDPED-VNVDQ 230 240 250 260 270 280 270 280 290 300 310 320 KIAA09 PDKLTVMTYLYQIRAHFSGQELNVVQIEENSSKSTYKVGNYETDTNSSVDQEKFYAELSD ::. ...::. .:: ..... .: .: :: .. ... :.. : :.. KIAA03 PDEKSIITYVATYYHYFS--KMKALAVE---GKRIGKVLDHAMEAERLVEK---YESLAS 290 300 310 320 330 330 340 350 360 370 KIAA09 LKREPELQQPISGAVDFLSQDDSVFVND-SGVGESESEHQTPDDHLSPSTASP------- :: : : .. .. .: ..:. ::: .. . .. .: . KIAA03 -----ELLQWIEQTI--VTLNDRQLANSLSGVQNQLQSFNSYRTVEKPPKFTEKGNLEVL 340 350 360 370 380 390 380 390 400 410 420 430 KIAA09 -YCRRTKSDTEPQKSQQSS-GRTSGSDDPGICSNTDSTQAQVLLGKKRLLKAETLE-LSD . ..: .. :: :: .. . . . . . : . .:.. : :: :. KIAA03 LFTIQSKLRANNQKVYTPREGRLISDINKAWERLEKAEHERELALRTELIRQEKLEQLAA 400 410 420 430 440 450 440 450 460 470 480 KIAA09 LYVSDKKKDMSPPFICEETDEQKLQTLD-IGSNLE--KEKLENSRSLECRSDPESPIKKT . :.: : .. :. :.: . : .: .: . ... ...: : .. KIAA03 RF--DRKAAMRETWLSEN---QRLVSQDNFGLELAAVEAAVRKHEAIETDIVAYSGRVQA 460 470 480 490 500 490 500 510 520 530 KIAA09 SLSPTSKLGYSYSRDLD-LAKKKHAS------LRQTESDPDADRTTLNHADHSSKIVQH- . ...:. .:. .: ..: ::: . : : : . .:. : KIAA03 VDAVAAELAAERYHDIKRIAARQHNVARLWDFLRQMVA---ARRERLLLNLELQKVFQDL 510 520 530 540 550 560 540 550 560 570 580 KIAA09 -RLLSRQEELKERARV---------------LLEQARRDAALKAGN-KHNTNTATPFCN- :.. .::.: : . : : .. : :..: . . .: ::: KIAA03 LYLMDWMEEMKGRLQSQDLGRHLAGVEDLLQLHELVEADIAVQAERVRAVSASALRFCNP 570 580 590 600 610 620 590 600 610 620 630 KIAA09 ----RQLSDQQDEERRRQLRERARQL--IAEARSGVKMSELPSYGEMAAEKLKERSKASG : . : :: .:.. . : .: :: . .. : .. : . .. . KIAA03 GKEYRPCDPQLVSERVAKLEQSYEALCELAAARRA-RLEESRRLWRFLWEVGEAEAWVRE 630 640 650 660 670 680 640 650 660 670 680 690 KIAA09 DENDNIEIDTNEEIPEGFVVGGGDELTNLENDLDTPEQNSKLVDLKLKKLLEVQPQVANS ... ::.... :. .: : .. : :....: ::: : . : ::.. KIAA03 QQHLLASADTGRDLT------GALRLLNKHTAL-RGEMSGRLGPLKLT-LEQGQQLVAEG 690 700 710 720 730 700 710 720 730 740 750 KIAA09 PSSAAQKAVTESSEQDMKSGTEDLRTERLQKTTERFRNPVVFSKDSTVRKTQLQSFSQYI .:.: .. . : . : : :: :. .. . :. :.. .. : . . . KIAA03 HPGASQASARAAELQAQWERLEALAEERAQRLAQA-ASLYQFQADANDMEAWLVDALRLV 740 750 760 770 780 790 760 770 780 790 800 KIAA09 ENRPEMKRQRSIQEDTKKGNEEKAAITETQR--KPSEDEVLNKGFK-----DTSQYVVGE . ::. .. . .:. ... :. : : .:. : . ... . . : :. KIAA03 -SSPELGHD---EFSTQALARQHRALEEEIRSHRPTLDALREQAAALPPTLSRTPEVQGR 800 810 820 830 840 850 810 820 830 840 850 860 KIAA09 LAALENEQKQIDTRAALVEKRLRYLMDTGRNTEEEEAMMQEWFMLVNKKNALIRRMNQLS . .:: . .....::. . :. . : : : :..:. . .: :. KIAA03 VPTLERHYEELQARAGERARALEAALALYTMLSEAGAC-GLW---VEEKE---QWLNGLA 860 870 880 890 900 870 880 890 900 910 920 KIAA09 LLEKEHDLE---RRYELLNRELRAMLAIEDWQKTEAQKRREQLLLDELVALVNKRDALVR : :. .::: .:.: :. :. .. : : : .. :::: KIAA03 LPERLEDLEVVQQRFETLEPEMNTLAA----QITAVNDIAEQLLKANPPGKDRIVNTQEQ 910 920 930 940 950 930 940 950 960 KIAA09 DLDAQEKQAEEEDEHLERTLEQNKGKMAKKEEKCVLQ KIAA03 LNHRWQQFRRLADGKKAALTSALSIQNYHLECTETQAWMREKTKVIESTQGLGNDLAGVL 960 970 980 990 1000 1010 962 residues in 1 query sequences 1986543 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:20:48 2008 done: Thu Dec 18 15:20:49 2008 Total Scan time: 0.660 Total Display time: 0.180 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]