# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk08057.fasta.huge -Q ../query/KIAA0890.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0890, 1210 aa vs ./tmplib.23663 library 1986295 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4293+/-0.00598; mu= 16.9415+/- 0.408 mean_var=124.8994+/-29.191, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.114761 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1488 ( 852 res) fj07893 ( 852) 985 175.0 4.3e-44 KIAA0577 ( 1043 res) hj00291 (1043) 507 96.0 3.3e-20 KIAA0224 ( 1256 res) ha04657 (1256) 496 94.3 1.3e-19 KIAA0134 ( 587 res) ha04001 ( 587) 473 90.0 1.1e-18 KIAA1517 ( 998 res) fh11426(revised) ( 998) 349 69.8 2.4e-12 >>KIAA1488 ( 852 res) fj07893 (852 aa) initn: 1469 init1: 593 opt: 985 Z-score: 883.4 bits: 175.0 E(): 4.3e-44 Smith-Waterman score: 1679; 36.546% identity (67.334% similar) in 799 aa overlap (429-1171:24-807) 400 410 420 430 440 450 KIAA08 ILPLGKDSGPLSDPITGKPYVPLLEAEEVRLSQSLLE-LWRRRGPV-----WQEAPQLPV :.:.::: : .... . . .:: KIAA14 IRNRSYIDRDSEYLLQENEPDGTLDQKLLEDLQKKKNDLRYIEMQHFREKLPS 10 20 30 40 50 460 470 480 490 500 510 KIAA08 DPHRDTILNAIEQHPVVVISGDTGCGKTTRIPQLLLERYVTEGRGARCNVIITQPRRISA . ..: :..: :.::::.:::::::.. :..:. :. .:.:. : .. :::::::: KIAA14 YGMQKELVNLIDNHQVTVISGETGCGKTTQVTQFILDNYIERGKGSACRIVCTQPRRISA 60 70 80 90 100 110 520 530 540 550 560 570 KIAA08 VSVAQRVSHELGPSLRR--NVGFQVRLESKPPSRGGALLFCTVGILLRKLQSNPSLEGVS .:::.::. : . : ..:.:.::.:. : . :..:.::.::.:. :::.: : .:: KIAA14 ISVAERVAAERAESCGSGNSTGYQIRLQSRLPRKQGSILYCTTGIILQWLQSDPYLSSVS 120 130 140 150 160 170 580 590 600 610 620 630 KIAA08 HVIVDEVHERDVNTDFLLILLKGLQRLNPALRLVLMSATGDNERFSRYFGGCPVIKVPGF :...::.:::....: :. ..: : . :...::::: . :.::.:::.::.:..::: KIAA14 HIVLDEIHERNLQSDVLMTVVKDLLNFRSDLKVILMSATLNAEKFSEYFGNCPMIHIPGF 180 190 200 210 220 230 640 650 660 KIAA08 MYPVKEHYLEDILAKLG--KHQYLHRHR--------H---HESEDECAL----------- .:: :. :::.. :. .: :: . : .:.:.. :. KIAA14 TFPVVEYLLEDVIEKIRYVPEQKEHRSQFKRGFMQGHVNRQEKEEKEAIYKERWPDYVRE 240 250 260 270 280 290 670 680 690 700 KIAA08 ---------------------DLDLVTDLVLHIDARGEPGGILCFLPGWQEIKGVQQRLQ ::.:.. :. .: . : :.:: :::::..:. ... :. KIAA14 LRRRYSASTVDVIEMMEDDKVDLNLIVALIRYIVLEEEDGAILVFLPGWDNISTLHDLLM 300 310 320 330 340 350 710 720 730 740 750 760 KIAA08 EALGMHESKYLILPVHSNIPMMDQKAIFQQPPVGVRKIVLATNIAETSITINDIVHVVDS . .. .:.::.:.:: .: ..: .:.. : ::::::.:::::::::::.:.:.:.:. KIAA14 SQVMFKSDKFLIIPLHSLMPTVNQTQVFKRTPPGVRKIVIATNIAETSITIDDVVYVIDG 360 370 380 390 400 410 770 780 790 800 810 820 KIAA08 GLHKEERYDLKTKVSCLETVWVSRANVIQRRGRAGRCQSGFAYHLFPRSRLEKMVPFQVP : :: ..: ....: . . :::.::. ::.::::: : : :::. : . .:.: KIAA14 GKIKETHFDTQNNISTMSAEWVSKANAKQRKGRAGRVQPGHCYHLYNGLRASLLDDYQLP 420 430 440 450 460 470 830 840 850 860 870 880 KIAA08 EILRTPLENLVLQAKIHMPEKTAVEFLSKAVDSPNIKAVDEAVILLQEIGVLDQREYLTT ::::::::.: :: :: . . :::. .: :. .:: .. :.:...::..: :: KIAA14 EILRTPLEELCLQIKI-LRLGGIAYFLSRLMDPPSNEAVLLSIRHLMELNALDKQEELTP 480 490 500 510 520 530 890 900 910 920 930 940 KIAA08 LGQRLAHISTDPRLAKAIVLAAIFRCLHPLLVVVSCLT-RDPFSSSLQNRAEVDKVKALL :: .::.. ..:...: :...:.: :: :.:.... :. .::: : .. .: . : KIAA14 LGVHLARLPVEPHIGKMILFGALFCCLDPVLTIAASLSFKDPFVIPLGKEKIADARRKEL 540 550 560 570 580 590 950 960 970 980 990 1000 KIAA08 SHDSGSDHLAFVRAVAGWEEVLRWQDRSSRENYLEENLLYAPSLRFIHGLIKQFSENIYE ..:. ::::. : : ::::. : : .. : : .: . .:...:.. ::.:.. KIAA14 AKDTRSDHLTVVNAFEGWEEARRRGFRYEKD-YCWEYFLSSNTLQMLHNMKGQFAEHLLG 600 610 620 630 640 650 1010 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA08 AFLVGK--PSDCTLASAQCNEYSEEEELVKGVLMAGLYPNLIQVRQGKVTRQGKFKPNSV : .:.. :.: . : :..:...:.:. :::::.. ..: . :: . KIAA14 AGFVSSRNPKD-----PESNINSDNEKIIKAVICAGLYPKVAKIRLN----LGKKRKMVK 660 670 680 690 700 1070 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA08 TYRTKSGNILLHKSTINREATRLRSRWLTYFMAVKSNGSVFVRDSSQVHPLAVLLLTDGD .: .: . .: ...: : : .. :: : . .... :... : ..: : ::. :: KIAA14 VYTKTDGLVAVHPKSVNVEQTDFHYNWLIYHLKMRTS-SIYLYDCTEVSPYC-LLFFGGD 710 720 730 740 750 760 1130 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA08 VHIRDDGRRATISLSDSDLLRLEGDSRTVRLLKELRRALGRMVERSLRSELAALPPSVQE . :. :. . ::.... . ... .: ..:.::::. : .......: KIAA14 ISIQKDNDQETIAVDE--WIVFQSPARIAHLVKELRKELDILLQEKIESPHPVDWNDTKS 770 780 790 800 810 1190 1200 1210 KIAA08 EHGQLLALLAELLRGPCGSFDVRKTADD KIAA14 RDCAVLSAIIDLIKTQEKATPRNFPPRFQDGYYS 820 830 840 850 >>KIAA0577 ( 1043 res) hj00291 (1043 aa) initn: 927 init1: 281 opt: 507 Z-score: 454.7 bits: 96.0 E(): 3.3e-20 Smith-Waterman score: 1003; 29.140% identity (56.667% similar) in 930 aa overlap (203-1090:133-1010) 180 190 200 210 220 230 KIAA08 EPTMPPTSWRQLNPESIRPGGPGGLSRSLGREEEEDEEEELEEGTIDVTDFLSMTQQDSH ..:::.::: :.: . ..:.. KIAA05 EDSEESSEETVSRAGSSLQKKRKKRKHLRKKREEEEEEEASEKGKKKTGGSKQQTEKPES 110 120 130 140 150 160 240 250 260 270 280 290 KIAA08 APL--RDSRGSSFEMTDDDSAIRALTQFPLPKNLLAKVIQIATSSSTAKNLMQFHTVGTK : : .. . :. . . : :. .:.. . ... . ... . KIAA05 EDEWERTERERLQDLEERDAFAERVRQR--DKDRTRNVLERSDKKAYEEAQKRLKMAEED 170 180 190 200 210 220 300 310 320 330 340 KIAA08 TKLSTLTLLWPCPMTFVAKGRRKAEAENKAAALACKKLK----SLGLVDRNNEPLTHAMY : . : ..:: :.. . :. : :: ... :. .:.. . . KIAA05 RKAMVPELRKKSRREYLAK-REREKLEDLEAELADEEFLFGDVELSRHERQELKYKRRVR 230 240 250 260 270 350 360 370 380 390 400 KIAA08 NLAS-LRELGETQRRPCT--IQVPEPILRKIETFLNHYPVESSWIAPELRLQSDDILPLG .:: : :: .. : ..:. . .. ::. . : : . : . 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KIAA05 SYSVVMVDEAHERTLHTDILFGLIKDVARFRPELKVLVASATMDTARFSTFFDDAPVFRI 520 530 540 550 560 570 630 640 650 660 670 680 KIAA08 PGFMYPVKEHYLEDILAKLGKHQYLHRHRHHESEDECALDLDLVTDLVLHIDARGEPGGI :: .:: : .: . .:: . :... ::.: . :: : KIAA05 PGRRFPVDIFY-----TKAPEADYL---------EACVVS-------VLQIHVTQPPGDI 580 590 600 610 690 700 710 720 730 740 KIAA08 LCFLPGWQEIKGVQQRLQEA---LGMHESKYLILPVHSNIPMMDQKAIFQQPPVGVRKIV : :: : .::... . ::. :: . . :.::...:.: : ::: : :.::.: KIAA05 LVFLTGQEEIEAACEMLQDRCRRLGSKIRELLVLPIYANLPSDMQARIFQPTPPGARKVV 620 630 640 650 660 670 750 760 770 780 790 800 KIAA08 LATNIAETSITINDIVHVVDSGLHKEERYDLKTKVSCLETVWVSRANVIQRRGRAGRCQS .::::::::.::. :..:.: :. :.. :. .: . : .. :.:.. :: ::::: . KIAA05 VATNIAETSLTIEGIIYVLDPGFCKQKSYNPRTGMESLTVTPCSKASANQRAGRAGRVAA 680 690 700 710 720 730 810 820 830 840 850 860 KIAA08 GFAYHLFPR-SRLEKMVPFQVPEILRTPLENLVLQAK-IHMPEKTAVEFLSKAVDSPNIK : ..:. . ... :::: :: : :.:: : . . . .:: : : . KIAA05 GKCFRLYTAWAYQHELEETTVPEIQRTSLGNVVLLLKSLGIHDLMHFDFL----DPPPYE 740 750 760 770 780 870 880 890 900 910 920 KIAA08 AVDEAVILLQEIGVLDQREYLTTLGQRLAHISTDPRLAKAIVLAAIFRCLHPLLVVVSCL .. :. : .:.:.. ::: :...:.. .:: :.: :. . . : . .:.:.. : KIAA05 TLLLALEQLYALGALNHLGELTTSGRKMAELPVDPMLSKMILASEKYSCSEEILTVAAML 790 800 810 820 830 840 930 940 950 960 970 980 KIAA08 TRDP--FSSSLQNRAEVDKVKALLSHDSGSDHLAFVRAVAGWEEVLRWQDRSSRENYLEE . . : .. ...:.... . :.:::... . . : : . ::. : : KIAA05 SVNNSIFYRPKDKVVHADNARVNF-FLPGGDHLVLLNVYTQWAE----SGYSSQWCY--E 850 860 870 880 890 900 990 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA08 NLLYAPSLRFIHGLIKQFSENIYEAFLVGKPSDCTLASAQCNEYSEEEELVKGVLMAGLY :.. :.: . . .:. :.. : :: :.: : ..: . :. .. :: . KIAA05 NFVQFRSMRRARDVREQL-EGLLERVEVG------LSSCQ-GDYIR----VRKAITAGYF 910 920 930 940 950 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA08 PNLIQV-RQG-KVTRQGK---FKPNSVTYRTKSGNILLHKSTIN-----REATRLRSRWL . .. :.: ....: . ..::: .. . .: :. ... :.. ...: :: KIAA05 YHTARLTRSGYRTVKQQQTVFIHPNSSLFEQQPRWLLYHELVLTTKEFMRQVLEIESSWL 960 970 980 990 1000 1010 1100 1110 1120 1130 1140 1150 KIAA08 TYFMAVKSNGSVFVRDSSQVHPLAVLLLTDGDVHIRDDGRRATISLSDSDLLRLEGDSRT KIAA05 LEVAPHYYKAKELEDPHAKKMPKKIGKTREELG 1020 1030 1040 >>KIAA0224 ( 1256 res) ha04657 (1256 aa) initn: 908 init1: 250 opt: 496 Z-score: 444.0 bits: 94.3 E(): 1.3e-19 Smith-Waterman score: 881; 30.080% identity (60.000% similar) in 625 aa overlap (428-1043:540-1122) 400 410 420 430 440 450 KIAA08 DILPLGKDSGPLSDPITGKPYVPLLEAEEVRLSQSLLELWRRRGPVWQEAPQLPVDPHRD : :.. :. .... . .. ::. .. KIAA02 VKKEEEPDKAVTEDGKVDYRTEQKFADHMKRKSEASSEFAKKKS-ILEQRQYLPIFAVQQ 510 520 530 540 550 560 460 470 480 490 500 510 KIAA08 TILNAIEQHPVVVISGDTGCGKTTRIPQLLLERYVTEGRGARCNVIITQPRRISAVSVAQ .:. :... .:.. :.:: ::::.. : : : :. : :::::..:.:::. KIAA02 ELLTIIRDNSIVIVVGETGSGKTTQLTQYLHEDGYTDYGMIGC----TQPRRVAAMSVAK 570 580 590 600 610 620 520 530 540 550 560 570 KIAA08 RVSHELGPSLRRNVGFQVRLESKPPSRGGALLFCTVGILLRKLQSNPSLEGVSHVIVDEV :::.:.: .: ..::. .:.:. :.. . . : :::::. . .:. : .:.::. KIAA02 RVSEEMGGNLGEEVGYAIRFEDCT-SENTLIKYMTDGILLRESLREADLDHYSAIIMDEA 630 640 650 660 670 680 580 590 600 610 620 630 KIAA08 HERDVNTDFLLILLKGLQRLNPALRLVLMSATGDNERFSRYFGGCPVIKVPGFMYPVKEH :::..::: :. ::. . :.:.. ::: : :.:. .::. :....:: .:: KIAA02 HERSLNTDVLFGLLREVVARRSDLKLIVTSATMDAEKFAAFFGNVPIFHIPGRTFPV--- 690 700 710 720 730 740 640 650 660 670 680 690 KIAA08 YLEDIL-AKLGKHQYLHRHRHHESEDECALDLDLVTDLVLHIDARGEPGGILCFLPGWQE ::: .: ...:. : :. .: .. : :: :: :.:: .. KIAA02 ---DILFSKTPQEDYV----------EAAVKQSL------QVHLSGAPGDILIFMPGQED 750 760 770 780 700 710 720 730 740 750 KIAA08 IKGVQQRLQEALGMHESK--YLILPVHSNIPMMDQKAIFQQPPVGVRKIVLATNIAETSI :. ..... : : :. .::..:..: : :::. : :::: ..::::::::. KIAA02 IEVTSDQIVEHLEELENAPALAVLPIYSQLPSDLQAKIFQKAPDGVRKCIVATNIAETSL 790 800 810 820 830 840 760 770 780 790 800 810 KIAA08 TINDIVHVVDSGLHKEERYDLKTKVSCLETVWVSRANVIQRRGRAGRCQSGFAYHLFPRS :.. :. :.::: : . .. . .. :. .:.::. :: ::::: : ..:. .: KIAA02 TVDGIMFVIDSGYCKLKVFNPRIGMDALQIYPISQANANQRSGRAGRTGPGQCFRLYTQS 850 860 870 880 890 900 820 830 840 850 860 870 KIAA08 RLE-KMVPFQVPEILRTPLENLVLQAKIHMPEKTAVEFLSKAVDSPNIKAVDEAVILLQE . ... :::: :: : :.:: : . . ..: . .: : . ... : KIAA02 AYKNELLTTTVPEIQRTNLANVVLLLK-SLGVQDLLQF--HFMDPPPEDNMLNSMYQLWI 910 920 930 940 950 880 890 900 910 920 930 KIAA08 IGVLDQREYLTTLGQRLAHISTDPRLAKAIVLAAIFRCLHPLLVVVSCLTRDPFSSSLQN .:.::. ::. :. .... :: :.: .... . : .:..:: :. . .. KIAA02 LGALDNTGGLTSTGRLMVEFPLDPALSKMLIVSCDMGCSSEILLIVSMLSVPAIFYRPKG 960 970 980 990 1000 1010 940 950 960 970 980 990 KIAA08 RAE-VDKVKALLSHDSGSDHLAFVRAVAGWEEVLRWQDRSSRENYLEENLLYAPSLRFIH : : :... .. ::::... . :.:.. . . ......: ..: .. KIAA02 REEESDQIREKFAVPE-SDHLTYLNVY------LQWKNNNYSTIWCNDHFIHAKAMRKVR 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA08 GLIKQFSENIYEAFL----VGKPSDCTLASAQCNEYSEEEELVKGVLMAGLYPNLIQVRQ . :... . . . : : . . : : .. .::. : : :. KIAA02 EVRAQLKDIMVQQRMSLASCGTDWD-IVRKCICAAYFHQAAKLKGI---GEYVNIRTGMP 1080 1090 1100 1110 1120 1050 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA08 GKVTRQGKFKPNSVTYRTKSGNILLHKSTINREATRLRSRWLTYFMAVKSNGSVFVRDSS KIAA02 CHLHPTSSLFGMGYTPDYIVYHELVMTTKEYMQCVTAVDGEWLAELGPMFYSVKQAGKSR 1130 1140 1150 1160 1170 1180 >>KIAA0134 ( 587 res) ha04001 (587 aa) initn: 857 init1: 336 opt: 473 Z-score: 427.1 bits: 90.0 E(): 1.1e-18 Smith-Waterman score: 766; 30.672% identity (55.717% similar) in 551 aa overlap (390-936:113-553) 360 370 380 390 400 410 KIAA08 RPCTIQVPEPILRKIETFLNHYPVESSWIAPELRLQSDDILPLGKDSGPLSDPITGKPYV :. :.. . . : . : :. . .. . 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KIAA01 RPDLKVILMSATINISLFSSYFSNAPVVQVPGRLFPI----------------------- 320 330 340 660 670 680 690 700 710 KIAA08 HESEDECALDLDLVTDLVLHIDARGEPGGILCFLPGWQEIKGVQQRLQEALGMHESKYLI KIAA01 ------------------------------------------------------------ 720 730 740 750 760 770 KIAA08 LPVHSNIPMMDQKAIFQQPPVGVRKIVLATNIAETSITINDIVHVVDSGLHKEERYDLKT ..:. : :::: .:.:::::::.::. : ::::: :: :: .. 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