# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk07993.fasta.nr -Q ../query/KIAA0888.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0888, 684 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7822318 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9564+/-0.000192; mu= 8.6745+/- 0.011 mean_var=95.2917+/-17.969, 0's: 38 Z-trim: 57 B-trim: 2 in 1/67 Lambda= 0.131385 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|158261031|dbj|BAF82693.1| unnamed protein produ ( 670) 4349 835.0 0 gi|109077682|ref|XP_001099174.1| PREDICTED: hypoth ( 815) 4236 813.6 0 gi|73950305|ref|XP_544374.2| PREDICTED: similar to ( 670) 3909 751.6 2e-214 gi|76646134|ref|XP_597523.2| PREDICTED: hypothetic ( 670) 3818 734.3 3.1e-209 gi|54038397|gb|AAH84589.1| B230112C05Rik protein [ ( 682) 3472 668.8 1.8e-189 gi|109465947|ref|XP_001069116.1| PREDICTED: hypoth ( 908) 3406 656.3 1.3e-185 gi|109464286|ref|XP_226706.4| PREDICTED: hypotheti ( 664) 3152 608.1 3.1e-171 gi|149408561|ref|XP_001513553.1| PREDICTED: simila ( 667) 3022 583.5 8.2e-164 gi|126320632|ref|XP_001368363.1| PREDICTED: simila ( 750) 2724 527.0 9.1e-147 gi|149059120|gb|EDM10127.1| hypothetical LOC310013 ( 456) 1988 387.3 6.1e-105 gi|10434686|dbj|BAB14344.1| unnamed protein produc ( 244) 1539 302.0 1.6e-79 gi|195539698|gb|AAI68131.1| Unknown (protein for I ( 715) 1426 281.0 1e-72 gi|189533777|ref|XP_001919339.1| PREDICTED: hypoth ( 826) 1091 217.5 1.5e-53 gi|60416157|gb|AAH90800.1| LOC553309 protein [Dani ( 371) 1037 207.0 9.5e-51 gi|112418810|gb|AAI22107.1| Zgc:152970 [Danio reri ( 408) 957 191.9 3.8e-46 gi|47213282|emb|CAF92134.1| unnamed protein produc ( 260) 949 190.2 7.6e-46 gi|34365213|emb|CAE45948.1| hypothetical protein [ ( 141) 727 148.0 2.2e-33 gi|118095939|ref|XP_413882.2| PREDICTED: hypotheti ( 277) 729 148.6 2.8e-33 gi|210109129|gb|EEA57009.1| hypothetical protein B ( 869) 723 147.8 1.5e-32 gi|81878137|sp|Q8CHT6.1|F169B_MOUSE RecName: Full= ( 337) 678 138.9 2.7e-30 gi|109458900|ref|XP_001059420.1| PREDICTED: hypoth ( 341) 673 138.0 5.2e-30 gi|126277158|ref|XP_001372604.1| PREDICTED: hypoth ( 385) 628 129.5 2.1e-27 gi|68390329|ref|XP_686931.1| PREDICTED: si:ch211-2 ( 353) 606 125.3 3.6e-26 gi|152013100|gb|AAI50410.1| Si:ch211-200o3.2 prote ( 344) 604 124.9 4.6e-26 gi|94733197|emb|CAK04385.1| novel protein [Danio r ( 220) 580 120.2 7.5e-25 gi|194676770|ref|XP_001250286.2| PREDICTED: simila ( 247) 496 104.4 5.1e-20 gi|149057153|gb|EDM08476.1| rCG24812 [Rattus norve ( 223) 443 94.3 5e-17 gi|114659206|ref|XP_001140789.1| PREDICTED: hypoth ( 253) 433 92.4 2e-16 gi|149410823|ref|XP_001508836.1| PREDICTED: simila ( 372) 420 90.1 1.5e-15 gi|156227392|gb|EDO48196.1| predicted protein [Nem ( 188) 395 85.1 2.4e-14 gi|73951261|ref|XP_850139.1| PREDICTED: hypothetic ( 363) 366 79.8 1.8e-12 gi|74729396|sp|Q8N8A8.1|F169B_HUMAN RecName: Full= ( 192) 352 77.0 6.9e-12 gi|148922028|gb|AAI46359.1| Family with sequence s ( 192) 347 76.0 1.3e-11 gi|119622623|gb|EAX02218.1| hCG1796070 [Homo sapie ( 165) 327 72.2 1.6e-10 gi|167879928|gb|EDS43311.1| conserved hypothetical (1182) 255 59.2 9.8e-06 gi|108881282|gb|EAT45507.1| hypothetical protein A (1717) 246 57.6 4.3e-05 gi|73951259|ref|XP_850128.1| PREDICTED: hypothetic ( 182) 231 54.0 5.3e-05 gi|194123134|gb|EDW45177.1| GM10150 [Drosophila se ( 769) 226 53.5 0.00032 gi|68445765|dbj|BAE03349.1| unnamed protein produc (1563) 228 54.1 0.00042 gi|198151215|gb|EDY74106.1| GA28568 [Drosophila ps (1997) 225 53.6 0.00076 gi|121888096|gb|EAX93587.1| variable membrane prot (2191) 225 53.7 0.00082 gi|156115986|gb|EDO17467.1| hypothetical protein K (4380) 221 53.1 0.0024 gi|21309836|gb|AAM19760.1| glutamic acid-rich prot ( 571) 208 50.0 0.0027 gi|108874696|gb|EAT38921.1| predicted protein [Aed (1345) 213 51.2 0.0027 gi|60467478|gb|EAL65500.1| hypothetical protein DD ( 713) 209 50.3 0.0028 gi|194180578|gb|EDW94189.1| GE20182 [Drosophila ya (1247) 212 51.0 0.0029 gi|194155781|gb|EDW70965.1| GJ11255 [Drosophila vi (1782) 212 51.1 0.0038 gi|18447198|gb|AAL68190.1| GH09355p [Drosophila me (1514) 211 50.9 0.0039 gi|121905034|gb|EAY09970.1| retinitis pigmentosa G ( 830) 205 49.6 0.0053 gi|194151774|gb|EDW67208.1| GJ23215 [Drosophila vi ( 966) 204 49.4 0.0068 >>gi|158261031|dbj|BAF82693.1| unnamed protein product [ (670 aa) initn: 4349 init1: 4349 opt: 4349 Z-score: 4456.6 bits: 835.0 E(): 0 Smith-Waterman score: 4349; 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71.068% identity (86.795% similar) in 674 aa overlap (15-683:1-666) 10 20 30 40 50 60 KIAA08 ENSTGLCEQNPAKRMAFPVDMLENCSHEELENSAEDYMSDLRCGDPENPECFSLLNITIP ::::::.:.::::::::.:::::.::::: ::.::::.:::::.:: gi|149 MAFPVDLLDNCSHEELESSAEDYLSDLRCRDPHNPECLSLLNISIP 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 KIAA08 ISLSNVGFVPLYGGDQTQKILALFAPEDSLTAVALYLADQWWAIDDIVKTSVPSREGLKQ ::::.::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::..::: :::::.: gi|149 ISLSTVGFVPLYGGDQTHKILALFAPEDSLTAVALYLADQWWAIDDIIRTSVTSREGLQQ 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 KIAA08 VSTLGERVVLYVLNRIIYRKQEMERNEIPFLCHSSTDYAKILWKKGEAIGFYSVKPTGSI :..::::::::::::::::::::.:::::::::.:::.::::::::::.:::::::::: gi|149 VNSLGERVVLYVLNRIIYRKQEMDRNEIPFLCHNSTDFAKILWKKGEAVGFYSVKPTGSK 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 240 KIAA08 CASFLTQSYQLPVLDTMFLRKKYRGKDFGLHMLEDFVDSFTEDALGLRYPLSSLMYTACK :.::::::::::::::::.:::.::.:.:: ::::::::::.: :::::::::.: :::: gi|149 CTSFLTQSYQLPVLDTMFVRKKHRGRDLGLLMLEDFVDSFTDDMLGLRYPLSSFMCTACK 170 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 KIAA08 QYFEKYPGDHELLWEVEGVGHWYQRIPVTRALQREALKILALSQNEPKRPMSGEYGPASV :::::::::..::::.::.:::::: .: :::::.::: :::: .. : :.. gi|149 QYFEKYPGDYDLLWEIEGAGHWYQRTSITNALQRETLKITEASQNETNE----ECVTAAT 230 240 250 260 270 280 310 320 330 340 350 360 KIAA08 PEYEARTEDNQSSEMQLTIDSLKDAFASTSEGHDKTSVSTHTRSGNLKRPKIGKRFQDSE : :: . ::: ::::::.:.: : ::::. : : :::.:::..::::::::.::::: gi|149 PAYELGSGDNQPSEMQLTVDALL-AHASTSRVSDVTPVSTRTRSSHLKRPKIGKKFQDSE 290 300 310 320 330 340 370 380 390 400 410 420 KIAA08 FSSSQGEDEKTSQTSLTASINKLESTARPSESSEEFLEEEPEQRGIEFEDESSDRDARPA :. : :::.. ::: .::...:::.. :::::: .:: ::. ::::.:..::. . gi|149 PSTPQDEDENVPQTSSAASVSRLESNTYTSESSEEVIEE-PEENVIEFEEETDDRE-QSD 350 360 370 380 390 430 440 450 460 470 KIAA08 LETQ----PQQEKQDGEKESELEPMNGEIMDDSLKTSLITEEEDSTSEVLDEELKLQPFN :::: :::: . ::::::.:::. .:..:..:.:::: ....::::: :::: . gi|149 LETQGLCTSLPEKQDDKGESELEPVNGELTEDTIKSTLVTEEE-AAGDVLDEETKLQPDH 400 410 420 430 440 450 480 490 500 510 520 530 KIAA08 SSEDS-TNLVPLVVESSKPPEVDAPDKTPRIPDSEMLMDEGTSDEKGHMEEKLSLLPRKK .:.: : :::..::::: :: : :: :.::.:::..:. ::: :::.:. :::: gi|149 PNEESVTLLVPIIVESSKSPEDLAQDKGVRVPDAEMLVEENIVDEKESPEEKFSVAPRKK 460 470 480 490 500 510 540 550 560 570 580 590 KIAA08 AHLGSSDNVATMSNEERSDGGFPNSVIAEFSEEPVSENLSPNTTSSLEDQGEEGVSEPQE : ..: .:.. ::: ::.:. :::..: ::: .:::::::::::::::::: : .:.: gi|149 APSEGADVTAALPNEEPSDNGLSNSVVTEASEESISENLSPNTTSSLEDQGEEVVPDPHE 520 530 540 550 560 570 600 610 620 630 640 650 KIAA08 TSTALPQSSLIEVELEDVPFSQNAGQKNQSEEQSEASSEQLDQFTQSAEKAVDSSSEEIE . ..: ::::: ::::::::.::.::::: :::::::::::..:::.::::.:::::::: gi|149 APAVLSQSSLIVVELEDVPFQQNTGQKNQLEEQSEASSEQLEHFTQAAEKAADSSSEEIE 580 590 600 610 620 630 660 670 680 KIAA08 VEVPVVDRRNLRRKAKGHKGPAKKKAKLT :::::::::::::::::.:::::::::: gi|149 VEVPVVDRRNLRRKAKGYKGPAKKKAKLA 640 650 660 >>gi|126320632|ref|XP_001368363.1| PREDICTED: similar to (750 aa) initn: 2073 init1: 1513 opt: 2724 Z-score: 2791.2 bits: 527.0 E(): 9.1e-147 Smith-Waterman score: 2724; 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