# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh02535.fasta.huge -Q ../query/KIAA0858.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0858, 1557 aa vs ./tmplib.23663 library 1985948 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.0463+/-0.00894; mu= -5.2534+/- 0.606 mean_var=343.8291+/-85.949, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.069168 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1102 ( 1101 res) bh00035 (1101) 803 95.2 7.8e-20 >>KIAA1102 ( 1101 res) bh00035 (1101 aa) initn: 1148 init1: 326 opt: 803 Z-score: 447.9 bits: 95.2 E(): 7.8e-20 Smith-Waterman score: 818; 28.934% identity (56.218% similar) in 788 aa overlap (10-715:98-861) 10 20 30 KIAA08 AITFHFFSQDNINVFLKACEQIGLKEAQLFHPGDLQDLS ::: .::..:...::::.::: :.:::: : KIAA11 NGILLCELLNAIKPGLVKKINRLPTPIAGLDNIILFLRGCKELGLKESQLFDPSDLQDTS 70 80 90 100 110 120 40 50 60 70 80 90 KIAA08 NRVTVKQEETDRRVKNVLITLYWLGRKAQSNPYYNGPHLNLKAFENLLGQALTKALEDSS ::::::. . .:..::::.:.::::. :.: :.: :::: ::.::.: . : .: KIAA11 NRVTVKSLDYSRKLKNVLVTIYWLGKAANSCTSYSGTTLNLKEFEGLLAQ-MRKDTDDIE 130 140 150 160 170 180 100 110 120 130 140 150 KIAA08 FLKRSGRDSGYGDIWCPERGEFLAPPRHHKREDSFESLDSLGSRSLTSCSSDITLRGGRE ::: ::::: : : ::.. :.:::: :.:::.::::.:::: . : :..:::. . KIAA11 SPKRSIRDSGYIDCWDSERSDSLSPPRHG-RDDSFDSLDSFGSRSRQTPSPDVVLRGSSD 190 200 210 220 230 240 160 170 180 190 200 210 KIAA08 GFESDTDSEFTF-KMQDYNKDDMSYRRISAVEPKTALPFNRFLPNKSRQPSYVPAPLRKK : ::..:.. :. : .::::: :: : :::.:.:::..::::: : .::::::::: KIAA11 GRGSDSESDLPHRKLPDVKKDDMSARRTSHGEPKSAVPFNQYLPNKSNQTAYVPAPLRKK 250 260 270 280 290 300 220 230 240 250 260 KIAA08 KPDKHEDNRRSWA---SPVYTEADGTFS--------SNQRRIWGTNVENWPTVQGTSKS- : .. :. :.::. ::. : .. ... .. :. .:: :.. KIAA11 KAER-EEYRKSWSTATSPLGGERPFRYGPRTPVSDDAESTSMFDMRCEEEAAVQPHSRAR 310 320 330 340 350 360 270 280 290 300 KIAA08 -------SCYLEEE-----------KAKTRSIP-NIVKDDLYVRKLSPVMPNPGNAFDQF . :.:: :.. ::. ...: . .:. .. . .. .. KIAA11 QEQLQLINNQLREEDDKWQDDLARWKSRRRSVSQDLIKKEEERKKMEKLLAGEDGTSERR 370 380 390 400 410 420 310 320 330 340 350 360 KIAA08 LPKCWTPEDVNWK-RIKRETYKPWYKEF--QGFSQFLLLQALQ--TYSDDILSSETHTKI : :. : : .:: .. ::. : .. .: : .. : :. .: :: KIAA11 KSIKTYREIVQEKERRERELHEA-YKNARSQEEAEGILQQYIERFTISEAVLERLEMPKI 430 440 450 460 470 480 370 380 390 400 KIAA08 -------DPT-----SGPRLITRRKNLSYAPGYRRDDLEM-----AALDPDLENDDFFVR .:. . : . .. : : .: ..:: .. . KIAA11 LERSHSTEPNLSSFLNDPNPMKYLRQQSLPPPKFTATVETTIARASVLDTSMSAGSGSPS 490 500 510 520 530 540 410 420 430 440 KIAA08 KTGVFHA------NPY--------VLRAFEDFRKFSEQDDSVERDIILQCREGELVLP-- :: . .: .:: ::..:. : : . ..:.:. . :: : : KIAA11 KTVTPKAVPMLTPKPYSQPKNSQDVLKTFKVDGKVSVNGETVHREE-EKERECPTVAPAH 550 560 570 580 590 600 450 460 470 480 490 500 KIAA08 DLEKDDMI--VRRIPAQKKEVPLSGAPDRYH-PVPFPEPWTLPPEIQAKFLCVFERTCP- .: :..:. : :. .. :: : . . .: ..: :. : . :.: : KIAA11 SLTKSQMFEGVARVHGS----PLELKQDNGSIEINIKKPNSVPQELAA----TTEKTEPN 610 620 630 640 650 510 520 530 540 550 KIAA08 SKEKSNSCRILVPSYRQKKDDMLTRKIQSWKLGTTV----PPISFTPGPCS---EADLKR :.: .:. . ...: .. . . .. ::: : ..:. : : . :... KIAA11 SQEDKND------GGKSRKGNIELASSEPQHFTTTVTRCSPTVAFVEFPSSPQLKNDVSE 660 670 680 690 700 560 570 580 590 600 610 KIAA08 WEAIREASRLRHKKRLMVERLFQKIYGENGSKSMSDVSAEDVQNLRQLRYEEMQKIKSQL . .. : .: : ::. .. . . .. .... . .. ...::. KIAA11 EKDQKKPENEMSGKVELV--LSQKVVKPKSPEPEATLTFPFLDKMPEANQLHLPNLNSQV 710 720 730 740 750 760 620 630 640 650 660 670 KIAA08 KEQDQKWQDDLAKWKDRRKSYTSDLQKKKEEREEIEKQALEKSKRSSKTFKEMLQDRESQ .. .. .. .. . . .. . .....:. . :.. : . . ... .. :... . KIAA11 -DSPSSEKSPVTTPQFKFWAWDPEEERRRQEKWQQEQERLLQERYQKE--QDKLKEEWEK 770 780 790 800 810 820 680 690 700 710 720 730 KIAA08 NQKSTVPSRRRMYSFD-DVLEEGKRPPTMTVSEASYQSERVEEKGATYPSEIPKEDSTTF :: . .::.: . ..:. : :.. : :. : KIAA11 AQKEVEEEERRYYEEERKIIEDTVVPFTVSSSSADQLSTSSSMTEGSGTMNKIDLGNCQD 830 840 850 860 870 880 740 750 760 770 780 790 KIAA08 AKREDRVTTEIQLPSQSPVEEQSPASLSSLRSRSTQMESTRVSASLPRSYRKTDTVRLTS KIAA11 EKQDRRWKKSFQGDDSDLLLKTRESDRLEEKGSLTEGALAHSGNPVSKGVHEDHQLDTEA 890 900 910 920 930 940 1557 residues in 1 query sequences 1985948 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:18:59 2008 done: Thu Dec 18 15:19:00 2008 Total Scan time: 0.870 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]