# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk06227.fasta.huge -Q ../query/KIAA0857.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0857, 733 aa vs ./tmplib.23663 library 1986772 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7772+/-0.00753; mu= 9.9170+/- 0.510 mean_var=219.4964+/-52.558, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.086569 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0941 ( 533 res) hh04956 ( 533) 473 71.9 1.8e-13 >>KIAA0941 ( 533 res) hh04956 (533 aa) initn: 760 init1: 413 opt: 473 Z-score: 333.8 bits: 71.9 E(): 1.8e-13 Smith-Waterman score: 757; 30.949% identity (58.165% similar) in 643 aa overlap (95-733:30-525) 70 80 90 100 110 120 KIAA08 LGSAPARPDLAPRFSAMALVRGAEPAAGPSRWLPTHVQVTVLRARGLRGKSSGAGSTSDA .:.:::::::::.:. :. : : ..:.:. KIAA09 ALPPGGALPVLGNSGAEKQDRMMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPK--GKSGTNDT 10 20 30 40 50 130 140 150 160 170 180 KIAA08 YTVIQVGREKYSTSVVEKTHGCPEWREECSFELPPGALDGLLRAQEADAGPAPWAASSAA ::.::.:.:::::::.::: : :.:: ::::: ::: ...: . KIAA09 YTIIQLGKEKYSTSVAEKTLE-PVWKEEASFELP-----GLL----IQGSPEKYI----- 60 70 80 90 100 190 200 210 220 230 240 KIAA08 ACELVLTTMHRSLIGVDKFLGQATVALDEVFGAGRAQHTQWYKLHSKPGKKEKERGEIEV : : .:::::.:.::::::... :...: . ..:.:..:.:: ::. :.::::.: KIAA09 ---LFLIVMHRSLVGLDKFLGQVAINLNDIFEDKQRRKTEWFRLESKQGKRIKNRGEIKV 110 120 130 140 150 250 260 270 280 290 300 KIAA08 TIQFTRNNLSASMFDLSMKDKPRSPFSKIRDKMKGKKKYDL--ESASAILPSSAIEDPDL .::: :::..::::::::::: ::::.:..:::::.:. ...:::.::. . :: KIAA09 NIQFMRNNMTASMFDLSMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTFSDTSSAIIPSTHM--PDA 160 170 180 190 200 210 310 320 330 340 350 360 KIAA08 GSLGKMGKAKGFFLRNKLRKSSLTQSNTSLGSDSTLSSASGS-LAYQGPGAELLTRSPSR .: . :. . ...: .: : . :.: ..:. ::: .. . : . .. KIAA09 NSEFSSGEIQ---MKSKPKKPFLL-GPQRLSSAHSMSDLSGSHMSSEKLKAGTIGQTHLL 220 230 240 250 260 270 370 380 390 400 410 420 KIAA08 SSWLSTEGGRDSAQSPKLFTHKRTYSDEANQMRVAPPRALLDLQGHLDAASRSSLCVNGS . :.. : . : : :.:: : ....: : ...: .:.: : . KIAA09 GHQLDSFGTVPESGSLKS-PHRRTLSFDTSKMN--QPDSIVD-EGEL--------CFG-- 280 290 300 310 430 440 450 460 470 480 KIAA08 HIYNEEPQGPVRHRSSISGSLPSS-GSLQAVSSRFSEEGPRSTDDTWPRGSRSNSSSEAV ...: .....:::.. ..: .. : : ...:: .:: . KIAA09 --RQNDP------FTNVTASLPQKFATLPRKKNPFEE-----SSETW-------DSSMNL 320 330 340 350 490 500 510 520 530 540 KIAA08 LGQEELSAQAKVLAPGASHPGEEEGARLPEGKPVQVATPIVASSEAVAEKEGARKEERKP .. ::... .::. : :.. KIAA09 FS-----------------------------KPIEI------------RKENKR--EKRE 360 370 550 560 570 580 590 600 KIAA08 RMGLFHHHHQGLSRSELGRRSSLGEKGGPILGASPHHSSSGEEKAKSSWFGLREAKDPTQ ...::.. .. .. .:::. ..:: :.: : . KIAA09 KVSLFER----VTGKKDSRRSDKLNNGG---------SDS-----------------PCD 380 390 400 610 620 630 640 650 660 KIAA08 KPSPHPVKPLSAAPVEGSPDRKQSRSSLSIALSSGLEKLKTVTSGSIQPVTQAPQAGQMV ::. : :. : . .: . ... .. . . :.:.. ..: ... KIAA09 LKSPN-------AFSENRQDYFDYES--TNPFTAKFRASNIMPSSSFH---MSPTSNE-- 410 420 430 440 450 670 680 690 700 710 720 KIAA08 DTKRLKDSAVLDQSAKYYHLTHDELISLLLQRERELSQRDEHVQELESYIDRLLVRIMET : ... :: .: .: : ::..:... :..... : ..: :..:::.::: ::::.:: KIAA09 DLRKIPDSNPFDATAGYRSLTYEEVLQELVKHKELLRRKDTHIRELEDYIDNLLVRVMEE 460 470 480 490 500 510 730 KIAA08 SPTLLQIPPGPPK .:..:..: : . KIAA09 TPSILRVPYEPSRKAGKFSNS 520 530 733 residues in 1 query sequences 1986772 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:18:57 2008 done: Thu Dec 18 15:18:57 2008 Total Scan time: 0.580 Total Display time: 0.020 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]