# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk06169.fasta.huge -Q ../query/KIAA0854.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0854, 868 aa vs ./tmplib.23663 library 1986637 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4891+/-0.00794; mu= 6.8974+/- 0.541 mean_var=241.5046+/-56.057, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.082530 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0395 ( 1003 res) fg04028s1 (1003) 521 75.6 3.1e-14 KIAA1443 ( 573 res) hj01820b ( 573) 216 39.0 0.0019 >>KIAA0395 ( 1003 res) fg04028s1 (1003 aa) initn: 1261 init1: 377 opt: 521 Z-score: 347.5 bits: 75.6 E(): 3.1e-14 Smith-Waterman score: 1477; 33.437% identity (59.938% similar) in 966 aa overlap (31-858:47-993) 10 20 30 40 50 60 KIAA08 SQKPFTLFVPRISPPPPYPPPKISHCTQTGSMASKRKSTTPCMVRTSQVVEQDVPEEVDR .::::::::::::. .. :: ::. :.. 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KIAA14 ----PL-PQS-HQKLKESLM----TPGSGAFPYQSDFWQHLQSSGLSKEQAGRGPNQSHG 220 230 240 250 260 530 540 550 560 570 KIAA08 RCQRGIVHITS--ESLAKDQ---LAIAASRHGRTYHAYPDFAPQKFKEKTQGQVKILEDS . : :. . :.:. .:. :: . .. . .:.. .:... ..: .. 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