# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk06136.fasta.huge -Q ../query/KIAA0853.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0853, 967 aa vs ./tmplib.23663 library 1986538 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.4073+/-0.00946; mu= -14.4138+/- 0.638 mean_var=453.5770+/-106.603, 0's: 0 Z-trim: 22 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.060221 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0801 ( 1058 res) hg03949(revised) (1058) 327 43.6 0.00016 KIAA0324 ( 2800 res) ee08846s1 (2800) 338 45.0 0.00016 KIAA0182 ( 1157 res) ha02329s1 (1157) 308 41.9 0.00054 KIAA0670 ( 1286 res) hk02359s1 (1286) 300 41.3 0.00094 KIAA0138 ( 962 res) ha03743 ( 962) 284 39.8 0.002 >>KIAA0801 ( 1058 res) hg03949(revised) (1058 aa) initn: 624 init1: 241 opt: 327 Z-score: 173.0 bits: 43.6 E(): 0.00016 Smith-Waterman score: 327; 26.712% identity (60.274% similar) in 292 aa overlap (4-290:43-327) 10 20 30 KIAA08 KARRELERERAREREREREKERDRERDRDRDHD : : :.: .: :. : .:.:.::.: KIAA08 CVVLKGTSIPAVGSMGRESRHYRKRSASRGRSGSRSRSRSPSDKRSKRGDDRRSRSRDRD 20 30 40 50 60 70 40 50 60 70 80 90 KIAA08 RERERERERDREKEREREREERERERERERERERERERERERARERDKERERQRDWEDKD :.::: : ::... : :.:.. .: : :::.: :::.: : : :.:.. : : : .... 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