# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk05234s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0845.ptfa ./tmplib.23663 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
KIAA0845, 1034 aa
vs ./tmplib.23663 library
1986471 residues in 2037 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 21.2546+/-0.0141; mu= -69.6302+/- 0.947
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Lambda= 0.041730
FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2037)
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>>KIAA0353 ( 1614 res) hg01758y1 (1614 aa)
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30 40 50 60 70 80
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: .: :. :...: : : ::. ..:
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. .. :. : :.. . . :: .:: :: :. :. .::.:: .: :: :
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. :. . : : :. .:.: .: . .:. : . . :.. : ... .. :::: :
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:: : .:: .:. : ::: .::. :. :: : : :...: :: ..
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::. :. ..: . :::. : . : .: : : .. . ..
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.:.: .:: . ... . . : :::. .::. :..::: :.. : .
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:.::. :. : . :: ::.:::::.:: .:..:.:.:: ::::: .:
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: . ..:: ... :: . . . :.: . .: . .. . . .. .
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..:.. ::. ... : ..: ... : : ..: .. .. ::. . . :
KIAA03 GHRGSQTGTSIGGDARRGFLGSGYSSSATTQQENSYGKAVSSQTNVRTFSPTYGLLRNTE
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550 560 570 580 590 600
KIAA08 EAKSPAEVKS-PEKAKSPAKEEAKSPPEAKSPEKEEAKSPAEVKSPEKAKSPAKEEAKSP
:.::. :.. :. .:. : : .. :. . . .:. . :.: ..:
KIAA03 -----AQVKTFPDRPKAGDTREV---PVYISEDSTIARESYRDRR-DKVAAGASESTRS-
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KIAA08 AEAKSPEKAKSPVKEEAKSPAEAKSPVKEEAKSPAEVKSPEKAKSPTKEEAKSPEKAKSP
: :. :: : : . : ..: : : : :. ... . : .:
KIAA03 NERTVILGKKTEVK--ATREQERNRPETIRTK-PEEKMFDSKEKASEERNLRWEELTKLD
540 550 560 570 580 590
670 680 690 700 710 720
KIAA08 EKAKSPEKEEAKSPEKAKSPVKAEAKSPEKAKSPVKAEAKSPEKAKSPVKEEAKSPEKAK
..:.. :... : :::: . . :: .. . :.. :... ..:. ::. .
KIAA03 KEARQRESQQMK--EKAKEKDSPKEKSVREREVPISLEVSQDRRAEV-------SPKGLQ
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KIAA08 SPVKEEAKSPEKAKSPVKEEAKTPE-KAKSPVKEEAKSPEKAKSPEKAKTLDVKSPEAKT
.:::. : . . .::.. : . . ... . : . . : . : : .
KIAA03 TPVKD-------AGGGTGREAEARELRFRLGTSDATGSLQGDSMTETVAENIVTSILKQF
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KIAA08 PAKEEARSPADKFPEKAKSPV-KEEVKSPEKAKSPLKEDAKAPEKEIPKKEEVKSPVKEE
. :... ::.::. . : ..:. . .:.:. . ..: : .. ..:.
KIAA03 TQSPETEASADSFPDTKVTYVDRKELPGERKTKTEIVVESKLTE-DVDVSDEAGLDYLLS
700 710 720 730 740 750
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KIAA08 EKPQEVKVKEPPKKAEEEKAPATPKTEEKKDSKKEEAPKKEAPKPKVEEKKEPAV----E
. .:: .: :.::. . . .... : .:: .::. :
KIAA03 KDIKEVGLK--GKSAEQMIGDIINLGLKGREGR--------AKVVNVEIVEEPVSYVSGE
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::.: .: : ::.:: . : : :::. : ..:. . . ..:.:..
KIAA03 KPEEFSVPFKVEEVEDVS--PGPWGL------VKEEEGYGE-SDVTFSVNQHRRTKQPQE
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. . : . : :.. :.. . :.:.:
KIAA03 NTTHVEEVTEAGDSEGEQSYFVSTPDEHPGGHDRDDGSVYGQIHIEEESTIRYSWQDEIV
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>>KIAA1802 ( 821 res) fj21631 (821 aa)
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490 500 510 520 530 540
KIAA08 EEGKEEEGGEEEEAEGGEEETKSPPAEEAASPEKEAKSPVKE-EAKSPAEAKSPEKE---
:::. .:. : ..:. . ::: .
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KIAA08 ---EAKSPAEVKSPEKAKS-PAKEEAK-SPPEAKSPEKEEAKSPAEVKSPEKAKSPAKE-
: ..:: :.::: :: :. : : .: . :.: :: ::. . .: :.
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KIAA08 ---EAKSPAEAKSPEKAKSPVKEEAKSPAEAKSPVKEEAKSPAEVKSPEKAKSPTKEEAK
:. .: :.:::. .. : .:. : :: :... :.. ::: : :. :
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::: : : : ::: . : : :: . .: . : :.. ...: : .:.
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300 310 320 330 340
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. .: : :. . .: : :. . :. . : : :::. :: ::
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:: . ::: : :.. : :.:. : :.. :..:: : :: :.. . .:.
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: : .... ::.. . :. . . : :.. : . :. :.:.. : :
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.:: . :: . : ..::. . . . ::. . : :.:.: : .
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. .:. : : :. :: : . :. :.:.: .:: ..:: .. .
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KIAA18 ESSDAELSSSEYIKTDLDAMDIKGQESSSDQEQVDVESIDFSKENKMDMTSPEQSRNVLQ
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1034 residues in 1 query sequences
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Scomplib [34.26]
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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]