# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk05155.fasta.huge -Q ../query/KIAA0843.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0843, 691 aa vs ./tmplib.23663 library 1986814 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3780+/-0.00763; mu= 17.4554+/- 0.522 mean_var=240.1359+/-59.199, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 106 in 1/39 Lambda= 0.082765 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0059 ( 724 res) ha00949s1 ( 724) 2234 280.2 4.6e-76 KIAA1808 ( 539 res) fk00917 ( 539) 1514 194.0 3e-50 KIAA0613 ( 734 res) hg01088b ( 734) 248 43.1 0.00011 >>KIAA0059 ( 724 res) ha00949s1 (724 aa) initn: 1706 init1: 729 opt: 2234 Z-score: 1457.5 bits: 280.2 E(): 4.6e-76 Smith-Waterman score: 2523; 52.828% identity (74.621% similar) in 725 aa overlap (13-691:28-724) 10 20 30 40 KIAA08 KTQCKDITMNTSIPYQQNPYNPRGSSNVIQCYRCGDTCKGEVVRV . . :.:..: . . ::.:..::. :::::.:: KIAA00 NPGALCMLMTLEMTELTDPHHTMGDYKVAHPQDPHHP-SEKPVIHCHKCGEPCKGEVLRV 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 KIAA08 HNNHFHIRCFTCQVCGCGLAQSGFFFKNQEYICTQDYQQLYGTRCDSCRDFITGEVISAL ...::::.::::.:::: :::.:::.:: ::.:: :::..::::: .: .:. :::..:: KIAA00 QTKHFHIKCFTCKVCGCDLAQGGFFIKNGEYLCTLDYQRMYGTRCHGCGEFVEGEVVTAL 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 KIAA08 GRTYHPKCFVCSLCRKPFPIGDKVTFSGKECVCQTCSQSMASSKPIKIRGPSHCAGCKEE :.::::.::.:..:..::: ::.:::.:..:.:: :.: :.:: : . :.:::: .. 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KIAA06 PRGGPAYTPAGPQVPPLARGTVQRAERFPASSRTPLCGHCNNVIRGPFLVAMGRSWHPEE 530 540 550 560 570 580 60 70 80 90 100 110 KIAA08 FTCQVCGCGLAQSGFFFKNQEYICTQDYQQLYGTRCDSCRDFITGEVISALGRTYHPKCF ::: : .::. : .... : . :.:... : .: : :::. :: .:.: :: KIAA06 FTCAYCKTSLADVCFVEEQNNVYCERCYEQFFAPLCAKCNTKIMGEVMHALRQTWHTTCF 590 600 610 620 630 640 120 130 140 150 160 170 KIAA08 VCSLCRKPFPIGDKVT-FSGKECVCQTCSQSMASSKPIKIRGPSHCAGCKEEIKHGQSLL ::. :.::: :... . : :. .. :.: : :: .. :.... KIAA06 VCAACKKPF--GNSLFHMEDGEPYCEKDYINLFSTK---------CHGCDFPVEAGDKFI 650 660 670 680 690 180 190 200 210 220 230 KIAA08 -ALDKQWHVSCFKCQTCSVILTGE-YISKDGVPYCESDYHAQFGIKCETCDRYISGRVLE :: . :: .:: : .: : : :. . :: : :.. : KIAA06 EALGHTWHDTCFICAVCHVNLEGQPFYSKKDRPLCKKHAHTINL 700 710 720 730 240 250 260 270 280 290 KIAA08 AGGKHYHPTCARCVRCHQMFTEGEEMYLTGSEVWHPICKQAARAEKKLKHRRTSETSISP 691 residues in 1 query sequences 1986814 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:18:23 2008 done: Thu Dec 18 15:18:24 2008 Total Scan time: 0.540 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]