# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk04975.fasta.nr -Q ../query/KIAA0841.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0841, 641 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7825891 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5753+/-0.000189; mu= 11.1823+/- 0.011 mean_var=88.2050+/-17.109, 0's: 39 Z-trim: 42 B-trim: 254 in 2/64 Lambda= 0.136561 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|149056296|gb|EDM07727.1| rCG53815 [Rattus norve ( 637) 3013 603.8 5.6e-170 gi|115527493|gb|AAI18935.1| RIKEN cDNA 2310022K01 ( 619) 2911 583.7 6.1e-164 gi|57242949|gb|AAH89002.1| 2310022K01Rik protein [ ( 630) 2911 583.7 6.2e-164 gi|149256500|ref|XP_355883.3| PREDICTED: hypotheti ( 636) 2911 583.7 6.2e-164 gi|149256963|ref|XP_001001304.2| PREDICTED: simila ( 636) 2911 583.7 6.2e-164 gi|151555676|gb|AAI48961.1| LOC510660 protein [Bos ( 533) 2760 553.9 4.9e-155 gi|23271740|gb|AAH23723.1| 2310022K01Rik protein [ ( 522) 2401 483.1 9.5e-134 gi|148692052|gb|EDL23999.1| mCG22784, isoform CRA_ ( 520) 2396 482.2 1.9e-133 gi|171846313|gb|AAI61513.1| LOC100145714 protein [ ( 663) 564 121.3 1e-24 gi|55250007|gb|AAH85405.1| Zgc:101661 [Danio rerio ( 641) 230 55.5 6.3e-05 gi|109469097|ref|XP_230784.4| PREDICTED: similar t (1991) 215 52.9 0.0012 gi|210113144|gb|EEA60915.1| hypothetical protein B ( 630) 203 50.2 0.0025 >>gi|149056296|gb|EDM07727.1| rCG53815 [Rattus norvegicu (637 aa) initn: 3034 init1: 1331 opt: 3013 Z-score: 3207.9 bits: 603.8 E(): 5.6e-170 Smith-Waterman score: 3013; 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72.903% identity (90.484% similar) in 620 aa overlap (9-628:12-630) 10 20 30 40 50 KIAA08 RCRRRGAVMELAQEARELGCWAVEEMGVPVAARAPESTLRRLCLGQGADIWAYILQH :::.:. :::. ::.::: ::.::: :::::::::.:::::::::.:: gi|572 KLRLQLSSVTAMELTQKERELSRWAAEEMEVPLAARPRESTLRRLCLSQGADIWAYIVQH 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 KIAA08 VHSQRTVKKIRGNLLWYGHQDSPQVRRKLELEAAVTRLRAEIQELDQSLELMERDTEAQD :.:::..:::.:::::...::.:...:::::::.:.::::: ::::::::::....:::: gi|572 VRSQRNIKKIQGNLLWHAYQDNPKIHRKLELEATVARLRAENQELDQSLELMDQESEAQD 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 KIAA08 TAMEQARQHTQDTQRRALLLRAQAGAMRRQQHTLRDPMQRLQNQLRRLQDMERKAKVDVT .:: :. : .:::.:::::.:::::.::::. :.::::::::::..::::.:::::::: gi|572 VAMTQTLQSLKDTQHRALLLQAQAGAVRRQQRGLQDPMQRLQNQLKHLQDMQRKAKVDVT 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 KIAA08 FGSLTSAALGLEPVVLRDVRTACTLRAQFLQNLLLPQAKRGSLPTPHDDHFGTSYQQWLS :: ..::: .::: :: :::.:::::.::::::: :.:. ::. .: ::: ::::::::. gi|572 FGPVVSAAPALEPEVLGDVRAACTLRTQFLQNLLTPRARGGSILSPCDDHVGTSYQQWLT 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 KIAA08 SVETLLTNHPPGHVLAALEHLAAEREAEIRSLCSGDGLGDTEISRPQAPDQSDSSQTLPS :::::::::: ::::::::.::::::.:::::: :::: . :.::::::..:.:::.::: gi|572 SVETLLTNHPAGHVLAALEYLAAERESEIRSLCYGDGLKEEELSRPQAPESSNSSQVLPS 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 KIAA08 MVHLIQEGWRTVGVLVSQRSTLLKERQVLTQRLQGLVEEVERRVLGSSERQVLILGLRRC ::::::::..::.::.:::.::.:::::: ::: :::::.: .::::::.::.::::. gi|572 TVHLIQEGWQAVGALVTQRSALLSERQVLTGRLQRLVEEVKRLLLGSSERKVLLLGLRHS 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 KIAA08 CLWTELKALHDQSQELQDAAGHRQLLLRELQAKQQRILHWRQLVEETQEQVRLLIKGNSA : .:::::: :::::..:.:.:.:::::::::.::::.::::::. :::.::::::::: gi|572 GLLAELKALHAQSQELESAVGQRHLLLRELQAKRQRILQWRQLVEDRQEQIRLLIKGNSA 370 380 390 400 410 420 420 430 440 450 460 470 KIAA08 SKTRLCRSPGEVLALVQRKVVPTFEAVAPQSRELLRCLEEEVRHLPHILLGTLLRHRPGE ::::: :.: :::::...:.::: :::::::.::::::.::..:::..::: :: .. gi|572 SKTRLSRGPEEVLALIDQKLVPTSEAVAPQSQELLRCLKEEAKHLPRVLLGPLLPYHVKG 430 440 450 460 470 480 480 490 500 510 520 530 KIAA08 LKPLPTVLPSIHQLHPASPRGSSFIALSHKLGLPPGKASELLLPAAASLRQDLLLLQDQR :::: .:::::::::..::.::.: ::: :::: ::::::::: ::::.::::.:::: gi|572 LKPLSRILPSIHQLHPTNPRASSLILLSHTLGLPVGKASELLLPRAASLQQDLLFLQDQL 490 500 510 520 530 540 540 550 560 570 580 590 KIAA08 SLWCWDLLHMKTSLPPGLPTQELLQIQASQEKQQKENLGQALKRLEKLLKQALERIPELQ .: .: .::::::: ::::::.:.::::.:.::.::.::.: .:::::::.::::: gi|572 GLRRGNLC-VKTSLPPGPSTQELLQMQVSQEKEQNENVGQTLKKLSNLLKQALEQIPELQ 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 KIAA08 GIVGDWWEQPGQAALSEELCQGLSLPQWRLRWVQAQGALQKLCS ::: ::::::.:::: ::.:::::::: .:: gi|572 GIVQDWWEQPSQAALPEEICQGLSLPQCQLR 600 610 620 630 >>gi|149256500|ref|XP_355883.3| PREDICTED: hypothetical (636 aa) initn: 2916 init1: 2506 opt: 2911 Z-score: 3099.3 bits: 583.7 E(): 6.2e-164 Smith-Waterman score: 2911; 72.903% identity (90.484% similar) in 620 aa overlap (9-628:18-636) 10 20 30 40 50 KIAA08 RCRRRGAVMELAQEARELGCWAVEEMGVPVAARAPESTLRRLCLGQGADIW :::.:. :::. ::.::: ::.::: :::::::::.:::::: gi|149 MLRECGKLRLQLSSVTAMELTQKERELSRWAAEEMEVPLAARPRESTLRRLCLSQGADIW 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 KIAA08 AYILQHVHSQRTVKKIRGNLLWYGHQDSPQVRRKLELEAAVTRLRAEIQELDQSLELMER :::.:::.:::..:::.:::::...::.:...:::::::.:.::::: ::::::::::.. gi|149 AYIVQHVRSQRNIKKIQGNLLWHAYQDNPKIHRKLELEATVARLRAENQELDQSLELMDQ 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 KIAA08 DTEAQDTAMEQARQHTQDTQRRALLLRAQAGAMRRQQHTLRDPMQRLQNQLRRLQDMERK ..::::.:: :. : .:::.:::::.:::::.::::. :.::::::::::..::::.:: gi|149 ESEAQDVAMTQTLQSLKDTQHRALLLQAQAGAVRRQQRGLQDPMQRLQNQLKHLQDMQRK 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 KIAA08 AKVDVTFGSLTSAALGLEPVVLRDVRTACTLRAQFLQNLLLPQAKRGSLPTPHDDHFGTS :::::::: ..::: .::: :: :::.:::::.::::::: :.:. ::. .: ::: ::: gi|149 AKVDVTFGPVVSAAPALEPEVLGDVRAACTLRTQFLQNLLTPRARGGSILSPCDDHVGTS 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 KIAA08 YQQWLSSVETLLTNHPPGHVLAALEHLAAEREAEIRSLCSGDGLGDTEISRPQAPDQSDS :::::.:::::::::: ::::::::.::::::.:::::: :::: . :.::::::..:.: gi|149 YQQWLTSVETLLTNHPAGHVLAALEYLAAERESEIRSLCYGDGLKEEELSRPQAPESSNS 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 KIAA08 SQTLPSMVHLIQEGWRTVGVLVSQRSTLLKERQVLTQRLQGLVEEVERRVLGSSERQVLI ::.::: ::::::::..::.::.:::.::.:::::: ::: :::::.: .::::::.::. gi|149 SQVLPSTVHLIQEGWQAVGALVTQRSALLSERQVLTGRLQRLVEEVKRLLLGSSERKVLL 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 KIAA08 LGLRRCCLWTELKALHDQSQELQDAAGHRQLLLRELQAKQQRILHWRQLVEETQEQVRLL ::::. : .:::::: :::::..:.:.:.:::::::::.::::.::::::. :::.::: gi|149 LGLRHSGLLAELKALHAQSQELESAVGQRHLLLRELQAKRQRILQWRQLVEDRQEQIRLL 370 380 390 400 410 420 420 430 440 450 460 470 KIAA08 IKGNSASKTRLCRSPGEVLALVQRKVVPTFEAVAPQSRELLRCLEEEVRHLPHILLGTLL ::::::::::: :.: :::::...:.::: :::::::.::::::.::..:::..::: :: gi|149 IKGNSASKTRLSRGPEEVLALIDQKLVPTSEAVAPQSQELLRCLKEEAKHLPRVLLGPLL 430 440 450 460 470 480 480 490 500 510 520 530 KIAA08 RHRPGELKPLPTVLPSIHQLHPASPRGSSFIALSHKLGLPPGKASELLLPAAASLRQDLL .. :::: .:::::::::..::.::.: ::: :::: ::::::::: ::::.:::: gi|149 PYHVKGLKPLSRILPSIHQLHPTNPRASSLILLSHTLGLPVGKASELLLPRAASLQQDLL 490 500 510 520 530 540 540 550 560 570 580 590 KIAA08 LLQDQRSLWCWDLLHMKTSLPPGLPTQELLQIQASQEKQQKENLGQALKRLEKLLKQALE .:::: .: .: .::::::: ::::::.:.::::.:.::.::.::.: .::::::: gi|149 FLQDQLGLRRGNLC-VKTSLPPGPSTQELLQMQVSQEKEQNENVGQTLKKLSNLLKQALE 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 KIAA08 RIPELQGIVGDWWEQPGQAALSEELCQGLSLPQWRLRWVQAQGALQKLCS .:::::::: ::::::.:::: ::.:::::::: .:: gi|149 QIPELQGIVQDWWEQPSQAALPEEICQGLSLPQCQLR 600 610 620 630 >>gi|149256963|ref|XP_001001304.2| PREDICTED: similar to (636 aa) initn: 2916 init1: 2506 opt: 2911 Z-score: 3099.3 bits: 583.7 E(): 6.2e-164 Smith-Waterman score: 2911; 72.903% identity (90.484% similar) in 620 aa overlap (9-628:18-636) 10 20 30 40 50 KIAA08 RCRRRGAVMELAQEARELGCWAVEEMGVPVAARAPESTLRRLCLGQGADIW :::.:. :::. ::.::: ::.::: :::::::::.:::::: gi|149 MLRECGKLRLQLSSVTAMELTQKERELSRWAAEEMEVPLAARPRESTLRRLCLSQGADIW 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 KIAA08 AYILQHVHSQRTVKKIRGNLLWYGHQDSPQVRRKLELEAAVTRLRAEIQELDQSLELMER :::.:::.:::..:::.:::::...::.:...:::::::.:.::::: ::::::::::.. gi|149 AYIVQHVRSQRNIKKIQGNLLWHAYQDNPKIHRKLELEATVARLRAENQELDQSLELMDQ 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 KIAA08 DTEAQDTAMEQARQHTQDTQRRALLLRAQAGAMRRQQHTLRDPMQRLQNQLRRLQDMERK ..::::.:: :. : .:::.:::::.:::::.::::. :.::::::::::.:::::.:: gi|149 ESEAQDVAMTQTLQSLKDTQHRALLLQAQAGAVRRQQRGLQDPMQRLQNQLKRLQDMQRK 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 KIAA08 AKVDVTFGSLTSAALGLEPVVLRDVRTACTLRAQFLQNLLLPQAKRGSLPTPHDDHFGTS :::::::: ..::: .::: :: :::.:::::.::::::: :.:. ::. .: ::: ::: gi|149 AKVDVTFGPVVSAAPALEPEVLGDVRAACTLRTQFLQNLLTPRARGGSILSPCDDHVGTS 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 KIAA08 YQQWLSSVETLLTNHPPGHVLAALEHLAAEREAEIRSLCSGDGLGDTEISRPQAPDQSDS :::::.:::::::::: ::::::::.::::::.:::::: :::: . :.::::::..:.: gi|149 YQQWLTSVETLLTNHPAGHVLAALEYLAAERESEIRSLCYGDGLKEEELSRPQAPESSNS 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 KIAA08 SQTLPSMVHLIQEGWRTVGVLVSQRSTLLKERQVLTQRLQGLVEEVERRVLGSSERQVLI ::.::: ::::::::..::.::.:::.::.:::::: .:: :::::.: .::::::.::. gi|149 SQVLPSTVHLIQEGWQAVGALVTQRSALLSERQVLTGHLQRLVEEVKRLLLGSSERKVLL 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 KIAA08 LGLRRCCLWTELKALHDQSQELQDAAGHRQLLLRELQAKQQRILHWRQLVEETQEQVRLL ::::. : .:::::: :::::..:.:.:.:::::::::.::::.::::::. :::.::: gi|149 LGLRHSGLLAELKALHAQSQELESAVGQRHLLLRELQAKRQRILQWRQLVEDRQEQIRLL 370 380 390 400 410 420 420 430 440 450 460 470 KIAA08 IKGNSASKTRLCRSPGEVLALVQRKVVPTFEAVAPQSRELLRCLEEEVRHLPHILLGTLL ::::::::::: :.: :::::...:.::: :::::::.::::::.::..:::..::: :: gi|149 IKGNSASKTRLSRGPEEVLALIDQKLVPTSEAVAPQSQELLRCLKEEAKHLPRVLLGPLL 430 440 450 460 470 480 480 490 500 510 520 530 KIAA08 RHRPGELKPLPTVLPSIHQLHPASPRGSSFIALSHKLGLPPGKASELLLPAAASLRQDLL .. :::: .:::::::::..::.::.: ::: :::: ::::::::: ::::.:::: gi|149 PYHVKGLKPLSRILPSIHQLHPTNPRASSLILLSHTLGLPVGKASELLLPRAASLQQDLL 490 500 510 520 530 540 540 550 560 570 580 590 KIAA08 LLQDQRSLWCWDLLHMKTSLPPGLPTQELLQIQASQEKQQKENLGQALKRLEKLLKQALE .:::: .: .: .::::::: ::::::.:.::::.:.::.::.::.: .::::::: gi|149 FLQDQLGLRRGNLC-VKTSLPPGPSTQELLQMQVSQEKEQNENVGQTLKKLSNLLKQALE 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 KIAA08 RIPELQGIVGDWWEQPGQAALSEELCQGLSLPQWRLRWVQAQGALQKLCS .:::::::: ::::::.:::: ::.:::::::: .:: gi|149 QIPELQGIVQDWWEQPSQAALPEEICQGLSLPQCQLR 600 610 620 630 >>gi|151555676|gb|AAI48961.1| LOC510660 protein [Bos tau (533 aa) initn: 2760 init1: 2760 opt: 2760 Z-score: 2939.6 bits: 553.9 E(): 4.9e-155 Smith-Waterman score: 2760; 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