# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk04507s1.fasta.nr -Q ../query/KIAA0839.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0839, 1393 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7827204 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1725+/-0.000182; mu= 15.1767+/- 0.010 mean_var=73.2307+/-14.212, 0's: 37 Z-trim: 44 B-trim: 2 in 1/65 Lambda= 0.149875 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|3608356|gb|AAC35881.1| rab3-GAP regulatory doma (1393) 9232 2006.5 0 gi|114572726|ref|XP_514211.2| PREDICTED: rab3 GTPa (1393) 9231 2006.3 0 gi|109018221|ref|XP_001103011.1| PREDICTED: simila (1393) 9179 1995.1 0 gi|74006191|ref|XP_536122.2| PREDICTED: similar to (1394) 8854 1924.8 0 gi|149743780|ref|XP_001488184.1| PREDICTED: RAB3 G (1393) 8820 1917.4 0 gi|76636941|ref|XP_585763.2| PREDICTED: similar to (1392) 8649 1880.5 0 gi|126307101|ref|XP_001375651.1| PREDICTED: simila (1392) 8311 1807.4 0 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1002 226.5 1.9e-56 gi|212516809|gb|EEB18777.1| Rab3 GTPase-activating (1309) 955 216.8 7.7e-53 gi|221110692|ref|XP_002155647.1| PREDICTED: simila ( 389) 930 211.0 1.3e-51 gi|26331940|dbj|BAC29700.1| unnamed protein produc ( 183) 909 206.2 1.7e-50 gi|108874202|gb|EAT38427.1| conserved hypothetical (1381) 890 202.8 1.4e-48 gi|156214722|gb|EDO35702.1| predicted protein [Nem ( 384) 879 200.0 2.6e-48 gi|193912409|gb|EDW11276.1| GI14853 [Drosophila mo (1320) 670 155.2 2.8e-34 gi|47207038|emb|CAF91251.1| unnamed protein produc ( 207) 630 145.9 2.6e-32 gi|47208751|emb|CAF94457.1| unnamed protein produc ( 228) 630 146.0 2.8e-32 gi|193905166|gb|EDW04033.1| GH10197 [Drosophila gr (1336) 635 147.6 5.3e-32 gi|193617958|ref|XP_001949816.1| PREDICTED: simila ( 374) 627 145.5 6.5e-32 gi|72155637|ref|XP_795695.1| PREDICTED: similar to ( 126) 620 143.6 8e-32 gi|190580237|gb|EDV20322.1| hypothetical protein T (1289) 620 144.4 4.9e-31 gi|158597919|gb|EDP35936.1| hypothetical protein B (1100) 609 141.9 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