# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh02681.fasta.nr -Q ../query/KIAA0822.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0822, 1591 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7774853 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4896+/-0.000198; mu= 14.3030+/- 0.011 mean_var=113.4051+/-24.152, 0's: 34 Z-trim: 323 B-trim: 4464 in 2/64 Lambda= 0.120436 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|115503766|sp|O94911.3|ABCA8_HUMAN RecName: Full (1581) 10404 1820.3 0 gi|109117480|ref|XP_001082492.1| PREDICTED: simila (1581) 10082 1764.4 0 gi|120660144|gb|AAI30281.1| ABCA8 protein [Homo sa (1621) 6504 1142.7 0 gi|119609482|gb|EAW89076.1| hCG2039659, isoform CR (1580) 5844 1028.0 0 gi|122890140|emb|CAM13339.1| ATP-binding cassette, (1558) 5034 887.3 0 gi|115503761|sp|Q8K440.2|ABC8B_MOUSE RecName: Full (1620) 5034 887.3 0 gi|22087275|gb|AAM90908.1|AF498362_1 ATP-binding c (1620) 5025 885.7 0 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(1623) 2567 458.6 1.8e-125 gi|218675660|gb|AAI69265.2| ATP-binding cassette t ( 766) 2548 455.0 1.1e-124 gi|81914722|sp|Q8K449.1|ABCA9_MOUSE RecName: Full= (1623) 2549 455.5 1.5e-124 gi|123242731|emb|CAM20975.1| ATP-binding cassette (1623) 2548 455.3 1.7e-124 >>gi|115503766|sp|O94911.3|ABCA8_HUMAN RecName: Full=ATP (1581 aa) initn: 10404 init1: 10404 opt: 10404 Z-score: 9768.4 bits: 1820.3 E(): 0 Smith-Waterman score: 10404; 100.000% identity (100.000% similar) in 1581 aa overlap (11-1591:1-1581) 10 20 30 40 50 60 KIAA08 IPCFHFPRNKMRKRKISVCQQTWALLCKNFLKKWRMKRESLMEWLNSLLLLLCLYIYPHS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|115 MRKRKISVCQQTWALLCKNFLKKWRMKRESLMEWLNSLLLLLCLYIYPHS 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 KIAA08 HQVNDFSSLLTMDLGRVDTFNESRFSVVYTPVTNTTQQIMNKVASTPFLAGKEVLGLPDE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|115 HQVNDFSSLLTMDLGRVDTFNESRFSVVYTPVTNTTQQIMNKVASTPFLAGKEVLGLPDE 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 KIAA08 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