# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh02681.fasta.huge -Q ../query/KIAA0822.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0822, 1591 aa vs ./tmplib.23663 library 1985914 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.5099+/-0.00463; mu= 18.6811+/- 0.315 mean_var=80.7419+/-19.089, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 4 in 1/39 Lambda= 0.142733 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1888 ( 737 res) fk02242 ( 737) 1498 319.5 1.6e-87 KIAA1062 ( 1771 res) hj03579s1 (1771) 301 73.4 4.5e-13 >>KIAA1888 ( 737 res) fk02242 (737 aa) initn: 1779 init1: 740 opt: 1498 Z-score: 1663.2 bits: 319.5 E(): 1.6e-87 Smith-Waterman score: 1910; 42.062% identity (72.320% similar) in 737 aa overlap (877-1590:2-733) 850 860 870 880 890 900 KIAA08 LLVEYTMVKIYQNSYTWELSPHLYFLAPGQQPHDPLTQLLIINKTGASIDDFIQSVEHQN .:: :.::. :.. ..:.:.:. :: KIAA18 DKPHKYKTSLLLQNSADSDISDLISFFTSQN 10 20 30 910 920 930 940 950 960 KIAA08 IALEVDAFGTRNGTDDPSYNGAITVCCNEKNYSFSLACNAKRLNCFPVLMDIVSNGLLGM : : .. . .. ...:..: .::.: :. . :. . .:.:..:.:: : KIAA18 IM--VTMINDSDYVSVAPHSAALNVVHSEKDYVFAAVFNSTMVYSLPILVNIISNYYLYH 40 50 60 70 80 970 980 990 1000 1010 1020 KIAA08 VKPSVHIRTERSTFLENGQDNPIGFLAYIMFWL--VLTSSCPPYIAMSSIDDYKNRARSQ .. . :. . :... : . . :.. : ..... :::.:: . ...: .: .: KIAA18 LNVTETIQIWSTPFFQEITDIVFKIELYFQAALLGIIVTAMPPYFAMENAENHKIKAYTQ 90 100 110 120 130 140 1030 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA08 LRISGLSPSAYWFGQALVDVSLYFLVFVFIYLMSYIS-NFEDMLLTIIHIIQIPCAVGYS :..::: :::::.:::.::. :.:...... : : .. .. .. :. . . : .:: KIAA18 LKLSGLLPSAYWIGQAVVDIPLFFIILILM-LGSLLAFHYGLYFYTVKFLAVVFCLIGYV 150 160 170 180 190 200 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA08 FSLIFMTYVISFIFRKGRKNSGIWSFCFYVVTVFSVAGFAFSIF-----ESDIPFIFTFL :.:..::. :: :.: ... .::: . :... .: ...: . . . : .. KIAA18 PSVILFTYIASFTFKKILNTKEFWSFIYSVAALACIAITEITFFMGYTIATILHYAFCII 210 220 230 240 250 260 1140 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA08 IPPATMIGCLFLSSHLLFSSLFSEERMDV-QPF----LVFLIPFLHFIIFLFTLRCLEWK :: ..:::. : . .: .. .:. .:. .. . :.:. ....: :. : : KIAA18 IPIYPLLGCLI--SFIKISWKNVRKNVDTYNPWDRLSVAVISPYLQCVLWIFLLQYYEKK 270 280 290 300 310 320 1200 1210 1220 1230 1240 1250 KIAA08 FGKKSMRKDPFFRISPRSSDVCQNPEEP--EGEDEDVQMERVRTANALNSTNFDEKPVII .: .:.::::::: .: . :: : : :::::. ::... . .. .::: :. KIAA18 YGGRSIRKDPFFRNLSTKSKNRKLPEPPDNEDEDEDVKAERLKVKELMGCQCCEEKPSIM 330 340 350 360 370 380 1260 1270 1280 1290 1300 1310 KIAA08 ASCLRKEYAGKRKGCFSKRKNKIATRNVSFCVRKGEVLGLLGHNGAGKSTSIKVITGDTK .: :.::: :. .:.. .:.::. .::::.:::.::::: ::::::: :....:: . KIAA18 VSNLHKEYDDKKDFLLSRKVKKVATKYISFCVKKGEILGLLGPNGAGKSTIINILVGDIE 390 400 410 420 430 440 1320 1330 1340 1350 1360 KIAA08 PTAGQVLL-----KGSGGGDALEFLGYCPQENALWPNLTVRQHLEVYAAVKGLRKGDAEV ::.:::.: . : :.:. .::::: : :::. :...:.:.:.::::. .: . 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KIAA10 -FITGFVQLSISVTALTAILKYGQVLMHSHVVIIWLFLAVYAVATIMFCFLVSVLYSKAK 90 100 110 120 130 140 340 350 360 370 380 390 KIAA08 LT----GLVVFLLTVFWGCLGFTSLYRH--LPASLEWILSLLSPFAFMLGMAQLLHLDY- :. :.. :: : . ... : . : . : ::.: :: :: . . KIAA10 LASACGGIIYFLSYVPYMYVAIREEVAHDKITAFEKCIASLMSTTAFGLGSKYFALYEVA 150 160 170 180 190 200 400 410 420 430 440 KIAA08 --DLNSNAF---PHPSDGSNLIVATNFMLAFDTCLYLALAIYFEKILPNEYGHRRPPLFF .. ..: : .: ::..:.. :: :. .: :. :.: . :. :: :: : KIAA10 GVGIQWHTFSQSPVEGDDFNLLLAVT-MLMVDAVVYGILTWYIEAVHPGMYGLPRPWYFP 210 220 230 240 250 260 450 460 470 480 KIAA08 LKSSFWSQTQKTD--------------HVALEDEMDADPS--FHDS--FEQAPPEFQGKE :..:.: . .:. : ::. : : :... .:. : .. 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KIAA10 SATIYGHDIR--TEMDEIRKNLGMCPQHNVLFDRLTVEEHLWFYSRLKSMAQEEIRREMD 390 400 410 420 430 440 610 620 KIAA08 ---------------------------------------FLLDEPTAGLDPFSRHQVWNL ..:::::::.::..:. .:.: KIAA10 KMIEDLELSNKRHSLVQTLSGGMKRKLSVAIAFVGGSRAIILDEPTAGVDPYARRAIWDL 450 460 470 480 490 500 630 640 650 660 670 680 KIAA08 LKERKTDRVILFSTQFMDEADILADRKVFLSQGKLKCAGSSLFLKKKWGIGYHLSLQLNE . . : :.::.::. :::::.:.:: ...:.::::: :: :::: .: ::.:.: KIAA10 ILKYKPGRTILLSTHHMDEADLLGDRIAIISHGKLKCCGSPLFLKGTYGDGYRLTLVKRP 510 520 530 540 550 560 690 700 710 720 KIAA08 I----------------------CVEENITSLVKQHIPDAKLSAKSEGKLIYTLPLERTN : : ........:. . : . . .: : :: : .. KIAA10 AEPGGPQEPGLASSPPGRAPLSSCSELQVSQFIRKHVASCLLVSDTSTELSYILPSEAAK 570 580 590 600 610 620 730 740 750 760 770 KIAA08 K--FPELYKDLDSYPD-LGIENYGVSMTTLNEVFLKL--EGKSTIN-ESDIA-----IL- : : .:.. :. : : . ..:. :::.:::::. : .: : :.:. .: KIAA10 KGAFERLFQHLERSLDALHLSSFGLMDTTLEEVFLKVSEEDQSLENSEADVKESRKDVLP 630 640 650 660 670 680 780 790 800 KIAA08 ---GEVQAE-KADDTERLVEMEQVLSSLNKMRKTIGG----------------------- : ...: .: . : :. : .::.. ...:. KIAA10 GAEGPASGEGHAGNLARCSELTQSQASLQSA-SSVGSARGDEGAGYTDVYGDYRPLFDNP 690 700 710 720 730 810 820 830 840 KIAA08 -----VALWRQQICAIARV-----RL----LKLKH-----------ERKALLALL-LILM :.: . . :..:: .: ::... :. ::. ::. KIAA10 QDPDNVSLQEVEAEALSRVGQGSRKLDGGWLKVRQFHGLLVKRFHCARRNSKALFSQILL 740 750 760 770 780 790 850 860 KIAA08 AGF--C----------------PLLV------EYTMVK----IYQNS----YTWELSPH- .: : ::.. .::. . : : : .::: KIAA10 PAFFVCVAMTVALSVPEIGDLPPLVLSPSQYHNYTQPRGNFIPYANEERREYRLRLSPDA 800 810 820 830 840 850 870 880 890 KIAA08 -------LYFLAPG-------QQPHD----PLTQL------LIINK-----------TGA . : : ..: . : .: :. . : KIAA10 SPQQLVSTFRLPSGVGATCVLKSPANGSLGPTLNLSSGESRLLAARFFDSMCLESFTQGL 860 870 880 890 900 910 900 910 920 930 KIAA08 SIDDFI----------------QSVEHQNIALEVDAFGTRNGTDDPSYNGAI---TVC-C ...:. .... :..: : : . :. :: . . : : KIAA10 PLSNFVPPPPSPAPSDSPASPDEDLQAWNVSLPPTA-GPEMWTSAPSLPRLVREPVRCTC 920 930 940 950 960 970 940 950 960 KIAA08 NEKNYSFSLACNAK------RLNCFPVLMDI----VSNGLL------------------- . .. .:: .. :. .: :: ::. :: KIAA10 SAQGTGFSCPSSVGGHPPQMRVVTGDILTDITGHNVSEYLLFTSDRFRLHRYGAITFGNV 980 990 1000 1010 1020 1030 970 980 KIAA08 --------GMVKP----SVHIRTERSTFLEN------------------------GQDNP : : .. .: ..: .: .. :: KIAA10 LKSIPASFGTRAPPMVRKIAVRRAAQVFYNNKGYHSMPTYLNSLNNAILRANLPKSKGNP 1040 1050 1060 1070 1080 1090 990 1000 1010 1020 KIAA08 IGF-----------------LAYIM---------FWLVLTSSCPPYIAMSSIDDYKNRAR .. : :.. : .: : : ... . . ...:. KIAA10 AAYGITVTNHPMNKTSASLSLDYLLQGTDVVIAIFIIVAMSFVPASFVVFLVAEKSTKAK 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA08 SQLRISGLSPSAYWFGQALVDVSLYFL------VFVFIY-LMSYIS--NFEDMLLTIIHI .:: .: ::... . :. :.. ...:.. : .: : :: .: .. KIAA10 HLQFVSGCNPIIYWLANYVWDMLNYLVPATCCVIILFVFDLPAYTSPTNFPAVLSLFLL- 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA08 IQIPCAVGYSFSLIFMTYVISFIFRKGRKNSGIWSFCFYVVTVF-----SVAGFAFSIFE :..:. . : :: :. :. . : . :...: .:: : ...:: KIAA10 --------YGWSITPIMYPASFWFEVP---SSAYVF-LIVINLFIGITATVATFLLQLFE 1220 1230 1240 1250 1260 1130 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA08 SDIPFIFT-------FLIPPATMIGCLFLSSHLLFSSLFSEERMDVQPFLVFLIPFLHFI : . . ::: : .: .. .. .. ..: . : . :: : KIAA10 HDKDLKVVNSYLKSCFLIFPNYNLGHGLM--EMAYNEYINEYYAKIGQFDKMKSPFEWDI 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA08 IFL-FTLRCLEWKFG--KKSMRKDPFFRISPRSSDVCQNPEEPEGEDEDVQMERVRTANA . .. .: : : . :.: :. : .: : .: :: :: :. . KIAA10 VTRGLVAMAVEGVVGFLLTIMCQYNFLR-RPQRMPVSTKPVE---DDVDVASERQRVLRG 1330 1340 1350 1360 1370 1240 1250 1260 1270 1280 1290 KIAA08 LNSTNFDEKPVIIASCLRKEYAGKRKGCFSKRKNKIATRNVSFCVRKGEVLGLLGHNGAG . :. : : . : : : ... : . .:. . . :: :: .:::: :::: KIAA10 ----DADNDMVKIEN-LTKVYKSRKIGRI------LAVDRLCLGVRPGECFGLLGVNGAG 1380 1390 1400 1410 1420 1300 1310 1320 1330 1340 1350 KIAA08 KSTSIKVITGDTKPTAGQVLLKGSGGGDAL----EFLGYCPQENALWPNLTVRQHLEVYA :....:..::: . :.:.....: . : . :::::: .::. .::.:.::..:. 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KIAA10 LKNRFGDGYMITVRTKSSQSVKDVVRFFNRNFPEAMLKERHHTKVQYQLKSEHIS-LAQV 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1540 1550 1560 1570 1580 1590 KIAA08 FFKLEKVKQSFDLEEYSLSQSTLEQVFLELSKEQELGDFEEDFDPSVKWKLLPQEEP : :.:.:. . .:.::.::.::..::....:.: . ... .: KIAA10 FSKMEQVSGVLGIEDYSVSQTTLDNVFVNFAKKQSDNLEQQETEPPSALQSPLGCLLSLL 1670 1680 1690 1700 1710 1720 KIAA10 RPRSAPTELRALVADEPEDLDTEDEGLISFEEERAQLSFNTDTLC 1730 1740 1750 1760 1770 1591 residues in 1 query sequences 1985914 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:17:36 2008 done: Thu Dec 18 15:17:37 2008 Total Scan time: 0.860 Total Display time: 0.210 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]