# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh16048.fasta.nr -Q ../query/KIAA0814.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0814, 1559 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7797183 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4106+/-0.000194; mu= 14.3263+/- 0.011 mean_var=94.2617+/-18.153, 0's: 31 Z-trim: 193 B-trim: 355 in 2/63 Lambda= 0.132101 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|58801252|dbj|BAA32466.2| MEGF5 [Homo sapiens] (1559) 10912 2091.4 0 gi|45477257|sp|O75094.2|SLIT3_HUMAN RecName: Full= (1523) 10667 2044.7 0 gi|37182886|gb|AAQ89243.1| SLIT3 [Homo sapiens] (1523) 10659 2043.1 0 gi|45477220|sp|O88280.1|SLIT3_RAT RecName: Full=Sl (1523) 10145 1945.2 0 gi|56206530|emb|CAI25608.1| slit homolog 3 (Drosop (1523) 10143 1944.8 0 gi|187956543|gb|AAI50781.1| Slit homolog 3 (Drosop (1523) 10142 1944.6 0 gi|74181116|dbj|BAE27826.1| unnamed protein produc (1523) 10132 1942.7 0 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(1471) 6028 1160.5 0 gi|4049585|dbj|BAA35184.1| Slit-1 protein [Homo sa (1534) 5526 1064.9 0 >>gi|58801252|dbj|BAA32466.2| MEGF5 [Homo sapiens] (1559 aa) initn: 10912 init1: 10912 opt: 10912 Z-score: 11233.5 bits: 2091.4 E(): 0 Smith-Waterman score: 10912; 100.000% identity (100.000% similar) in 1559 aa overlap (1-1559:1-1559) 10 20 30 40 50 60 KIAA08 LRRPLPRPPALPARLLGLHASCPAEAASSRSGALHTMAPGWAGVGAAVRARLALALALAS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|588 LRRPLPRPPALPARLLGLHASCPAEAASSRSGALHTMAPGWAGVGAAVRARLALALALAS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 KIAA08 VLSGPPAVACPTKCTCSAASVDCHGLGLRAVPRGIPRNAERLDLDRNNITRITKMDFAGL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|588 VLSGPPAVACPTKCTCSAASVDCHGLGLRAVPRGIPRNAERLDLDRNNITRITKMDFAGL 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 KIAA08 KNLRVLHLEDNQVSVIERGAFQDLKQLERLRLNKNKLQVLPELLFQSTPKLTRLDLSENQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|588 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init1: 10667 opt: 10667 Z-score: 10981.3 bits: 2044.7 E(): 0 Smith-Waterman score: 10667; 100.000% identity (100.000% similar) in 1523 aa overlap (37-1559:1-1523) 10 20 30 40 50 60 KIAA08 RPPALPARLLGLHASCPAEAASSRSGALHTMAPGWAGVGAAVRARLALALALASVLSGPP :::::::::::::::::::::::::::::: gi|454 MAPGWAGVGAAVRARLALALALASVLSGPP 10 20 30 70 80 90 100 110 120 KIAA08 AVACPTKCTCSAASVDCHGLGLRAVPRGIPRNAERLDLDRNNITRITKMDFAGLKNLRVL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|454 AVACPTKCTCSAASVDCHGLGLRAVPRGIPRNAERLDLDRNNITRITKMDFAGLKNLRVL 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 KIAA08 HLEDNQVSVIERGAFQDLKQLERLRLNKNKLQVLPELLFQSTPKLTRLDLSENQIQGIPR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|454 HLEDNQVSVIERGAFQDLKQLERLRLNKNKLQVLPELLFQSTPKLTRLDLSENQIQGIPR 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 KIAA08 KAFRGITDVKNLQLDNNHISCIEDGAFRALRDLEILTLNNNNISRILVTSFNHMPKIRTL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|454 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homolog 3 (Drosophila (1523 aa) initn: 10142 init1: 10142 opt: 10142 Z-score: 10440.5 bits: 1944.6 E(): 0 Smith-Waterman score: 10142; 94.025% identity (98.293% similar) in 1523 aa overlap (37-1559:1-1523) 10 20 30 40 50 60 KIAA08 RPPALPARLLGLHASCPAEAASSRSGALHTMAPGWAGVGAAVRARLALALALASVLSGPP :: : .:.::::::::::.:::::.::::: gi|187 MALGRTGAGAAVRARLALGLALASILSGPP 10 20 30 70 80 90 100 110 120 KIAA08 AVACPTKCTCSAASVDCHGLGLRAVPRGIPRNAERLDLDRNNITRITKMDFAGLKNLRVL :.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|187 AAACPTKCTCSAASVDCHGLGLRAVPRGIPRNAERLDLDRNNITRITKMDFAGLKNLRVL 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 KIAA08 HLEDNQVSVIERGAFQDLKQLERLRLNKNKLQVLPELLFQSTPKLTRLDLSENQIQGIPR ::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|187 HLEDNQVSIIERGAFQDLKQLERLRLNKNKLQVLPELLFQSTPKLTRLDLSENQIQGIPR 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 KIAA08 KAFRGITDVKNLQLDNNHISCIEDGAFRALRDLEILTLNNNNISRILVTSFNHMPKIRTL :::::.: 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