# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pf00581.fasta.nr -Q ../query/KIAA0813.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0813, 1618 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7796408 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1458+/-0.000197; mu= 16.2759+/- 0.011 mean_var=98.8779+/-18.560, 0's: 30 Z-trim: 176 B-trim: 13 in 1/65 Lambda= 0.128981 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|20521105|dbj|BAA32465.3| MEGF4 [Homo sapiens] (1618) 11462 2144.9 0 gi|109090133|ref|XP_001094231.1| PREDICTED: slit h (1706) 11017 2062.1 0 gi|148921567|gb|AAI46762.1| Slit homolog 1 (Drosop (1534) 10860 2032.8 0 gi|145559530|sp|O75093.4|SLIT1_HUMAN RecName: Full (1534) 10855 2031.9 0 gi|4049585|dbj|BAA35184.1| Slit-1 protein [Homo sa (1534) 10843 2029.7 0 gi|148709913|gb|EDL41859.1| slit homolog 1 (Drosop (1557) 10440 1954.7 0 gi|45477219|sp|O88279.1|SLIT1_RAT RecName: Full=Sl (1531) 10320 1932.4 0 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(98.333% similar) in 1560 aa overlap (59-1618:1-1557) 30 40 50 60 70 80 KIAA08 AVAWRSKVPPSPQGRRAQARGLFGGSAPGLHLEAAPDGDGQRLLPSGSRAGRCEGTMALT ::: ::::::::: :::.:.:. ::::::: gi|148 HLELAPDGDGQRLRPSGTRTGHGEGTMALT 10 20 30 90 100 110 120 130 140 KIAA08 PGWGSSAGPVRPELWLLLWAAAWRLGASACPALCTCTGTTVDCHGTGLQAIPKNIPRNTE : :::.: :::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::: gi|148 PQRGSSSGLSRPELWLLLWAAAWRLGATACPALCTCTGTTVDCHGTGLQAIPKNIPRNTE 40 50 60 70 80 90 150 160 170 180 190 200 KIAA08 RLELNGNNITRIHKNDFAGLKQLRVLQLMENQIGVVERGAFDDMKELERLRLNRNQLHML ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::..: gi|148 RLELNGNNITRIHKNDFAGLKQLRVLQLMENQIGAVERGAFDDMKELERLRLNRNQLQVL 100 110 120 130 140 150 210 220 230 240 250 260 KIAA08 PELLFQNNQALSRLDLSENAIQAIPRKAFRGATDLKNLQLDKNQISCIEEGAFRALRGLE ::::::::::::::::::: .::.:::::::::::::::::::.:::::::::::::::: gi|148 PELLFQNNQALSRLDLSENFLQAVPRKAFRGATDLKNLQLDKNRISCIEEGAFRALRGLE 160 170 180 190 200 210 270 280 290 300 310 320 KIAA08 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