# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk02940s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0805.ptfa ./tmplib.23663 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 KIAA0805, 1327 aa
 vs ./tmplib.23663 library

1986178 residues in  2037 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5033+/-0.0062; mu= 15.1655+/- 0.421
 mean_var=151.7268+/-36.107, 0's: 0 Z-trim: 2  B-trim: 3 in 1/39
 Lambda= 0.104122

FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                      opt bits E(2037)
KIAA0435  ( 787 res)   hh02241                     ( 787) 2165 338.3 3.2e-93


>>KIAA0435  ( 787 res)   hh02241                          (787 aa)
 initn: 1853 init1: 1162 opt: 2165  Z-score: 1765.5  bits: 338.3 E(): 3.2e-93
Smith-Waterman score: 2165;  53.583% identity (76.324% similar) in 642 aa overlap (604-1234:113-744)

           580       590       600       610       620       630   
KIAA08 RPVKFWERDYNTKRVDHSNTRLASQLDRNPGTYCQQREVEAITEGVEEDEGFCCCEPGHI
                                     :::::::::::: :: :::.: :::.:::.
KIAA04 LASDDLNAFVHLIEIGNGLVTFQLRGLEFRGTYCQQREVEAIMEGDEEDRGCCCCKPGHL
             90       100       110       120       130       140  

           640       650       660       670       680       690   
KIAA08 PHMLSFNAAFSQRWLAWEVIVTKYILEGYSITDNSAASMLQVFDLRKVLTTYYVKGIIYY
       ::.:: ::::  :::.::.  :.:::::::: ::.::.::::::::..:  ::.:.::::
KIAA04 PHLLSCNAAFHLRWLTWEITQTQYILEGYSILDNNAATMLQVFDLRRILIRYYIKSIIYY
            150       160       170       180       190       200  

           700       710       720        730       740       750  
KIAA08 VTTSSKLEEWLANETMQEGLRLCADRNYVDVD-PTFNPNIDEDYDHRLAGISRESFCVIY
       ..:: ::  :. ::.. ..:.  :  .:.. :   :: :::.::   : ::.: ::: .:
KIAA04 MVTSPKLLSWIKNESLLKSLQPFAKWHYIERDLAMFNINIDDDYVPCLQGITRASFCNVY
            210       220       230       240       250       260  

            760          770       780       790       800         
KIAA08 LNWIEYCSSRRAKP---VDVDKDSSLVTLCYGLCVLGRRALGTASHHMSSNLESFLYGLH
       :.::..:. .: .:   .: :.:: :::: ..::.:::::::::.:.:. .:.:::::::
KIAA04 LEWIQHCARKRQEPSTTLDSDEDSPLVTLSFALCTLGRRALGTAAHNMAISLDSFLYGLH
            270       280       290       300       310       320  

     810       820       830       840       850       860         
KIAA08 ALFKGDFRISSIRDEWIFADMELLRKVVVPGIRMSIKLHQDHFTSPDEYDDPTVLYEAIV
       .::::::::.. ::::.::::.::.:::.:.::::.:::::.:: ::::.::.:::::: 
KIAA04 VLFKGDFRITA-RDEWVFADMDLLHKVVAPAIRMSLKLHQDQFTCPDEYEDPAVLYEAIQ
            330        340       350       360       370       380 

     870       880       890       900       910       920         
KIAA08 SHEKNLVIAHEGDPAWRSAVLANSPSLLALRHVMDDGTNEYKIIMLNRRYLSFRVIKVNK
       : ::..:: ::::::::.:::.:.  ::.::::.:.:..:::.:::.: .:::.::::::
KIAA04 SFEKKVVICHEGDPAWRGAVLSNKEELLTLRHVVDEGADEYKVIMLHRSFLSFKVIKVNK
             390       400       410       420       430       440 

     930       940       950       960       970       980         
KIAA08 ECVRGLWAGQQQELVFLRNRNPERGSIQNAKQALRNMINSSCDQPIGYPIFVSPLTTSYS
       ::::::::::::::.:::::::::::::: ::.:::.::::::::.:::..:::::::: 
KIAA04 ECVRGLWAGQQQELIFLRNRNPERGSIQNNKQVLRNLINSSCDQPLGYPMYVSPLTTSYL
             450       460       470       480       490       500 

     990      1000      1010      1020      1030      1040         
KIAA08 DSHEQLKDILGGPISLGNIRNFIVSTWHRLRKGCGAGCNSGGNIEDSDTGGGTSCTGNNA
        .:.:::.: ::::.:  ::... . : :.:: :.:  .::::::: : ::. .  ::::
KIAA04 GTHRQLKNIWGGPITLDRIRTWFWTKWVRMRKDCNARQHSGGNIEDVDGGGAPTTGGNNA
             510       520       530       540       550       560 

    1050      1060      1070      1080      1090      1100         
KIAA08 TTANNPHSNVTQGSIGNPGQGSGTGLHPPVTSYPPTLGTSHSSHSVQSGLVRQSPARASV
        .... .:.. :   :.  .: ..      :.     . : ..::. :    : :    .
KIAA04 PNGGSQESSAEQPRKGGAQHGVSSCEGTQRTGRRKGRSQSVQAHSALS----QRPP---M
             570       580       590       600           610       

    1110      1120      1130      1140      1150      1160         
KIAA08 ASQSSYCYSSRHSSLRMSTTGFVPCRRSSTSQISLRNLPSSIQSRLSMVNQMEPSG--QS
        :.:.    ::.. :. ::.     .: : :..::.   .:..:.   :.     .  . 
KIAA04 LSSSGPILESRQTFLQTSTSVHELAQRLSGSRLSLHASATSLHSQPPPVTTTGHLSVRER
          620       630       640       650       660       670    

      1170      1180      1190           1200      1210      1220  
KIAA08 GLACVQHGLPSSSSSSQSIPACKHH---TLV--GFLATEGGQSSATDAQPGNTLSPANNS
       . : .. .: ::.::. :.   :.    .::  :. :.:::..:  :.: ..... . . 
KIAA04 AEALIRSSLGSSTSSTLSFLFGKRSFSSALVISGLSAAEGGNTS--DTQSSSSVNIVMGP
          680       690       700       710         720       730  

           1230      1240      1250      1260      1270      1280  
KIAA08 HSKKAEVIYRVQIVDPSQILEGINLSKRKELQWPDEGIRLKAGRNSWKDWSPQEGMEGHV
        .. :    ::.                                                
KIAA04 SARAASQATRVRGWAGLTRTGWDGGTGSWPERGTCLAFPPFCLQNPIPFSMGLPE     
            740       750       760       770       780            




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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]