# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk06406s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0797.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0797, 1126 aa vs ./tmplib.23663 library 1986379 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6005+/-0.00568; mu= 14.8640+/- 0.387 mean_var=119.2268+/-27.983, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.117459 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1707 ( 756 res) fj17662 ( 756) 504 97.1 1e-20 >>KIAA1707 ( 756 res) fj17662 (756 aa) initn: 1201 init1: 502 opt: 504 Z-score: 464.0 bits: 97.1 E(): 1e-20 Smith-Waterman score: 918; 29.614% identity (52.361% similar) in 932 aa overlap (203-1098:33-752) 180 190 200 210 220 230 KIAA07 ERKEYPPHVQKVEINPVRLSRLQGVERIMKKTEESESQVEPEIKRKVQQKRHCSTYQPTP : .:..: . :.. : ... : . : KIAA17 LISRKTKRRLRNNLPDSQYCTSLDKSTEQTKKQEDDSTISTEFE-KPSENYHQDPKLPEE 10 20 30 40 50 60 240 250 260 270 280 290 KIAA07 PLSPASKKCLTHLEDLQRNCRQAITLNESTGPLLRTSIHQNSGGQKSQNTGLTTKKFYGN . .:. .:.: .:. : .::...: :: ..: ::. .. KIAA17 ITTKPTKSDFTKLSSLNS---QELTLSNAT---------------KSASAGSTTETVENS 70 80 90 100 300 310 320 330 340 350 KIAA07 N-VEKVPIDIIVNCDDSKHTYLQTNGKVILPGAKIPKITNLKERKTSLSDLNDPIILSSD : .. : :. .:. :... :.: : :: : . : . :: . .::..::: KIAA17 NSIDIVGISSLVEKDENE---LNTIEKPILRGHN--------EGNQSLIS-AEPIVVSSD 110 120 130 140 150 360 370 380 390 400 KIAA07 DDDDNDRTNRRESISPQPADSACSSPAPSTGKVEAALNE---NTCRAERELRSIPEDSEL .. .. . . . : .. ::. :.:: : ::. :. .::: KIAA17 EEGPVEHKSSEILKLQSKQDRETTNENESTS--ESALLELPLITCE------SVQMSSEL 160 170 180 190 200 410 420 430 440 450 460 KIAA07 NTVTLPRKARMKDQFGNSIINTPLKRRKVFSQEPPDALALSCQSSFDSVILNCRSIRVGT : . :.. . : : . . :. . : :: .. .:. .. KIAA17 C----PYNPVMEN---------------ISSIMPSNEMDLQLDFIFTSVYIG--KIKGAS 210 220 230 240 470 480 490 500 510 520 KIAA07 LFRLLIEPVIFCLDFIKIQLDEPDHDPVEIILNTSDLTKCE-WCNV------RKLPVVFL . : . . : ...:.: . ....:. : . : . :. ..:. KIAA17 KGCVTITKKYIKIPF-QVSLNE-----ISLLVDTTHLKRFGLWKSKDDNHSKRSHAILFF 250 260 270 280 290 530 540 550 560 570 580 KIAA07 QAIPAVYQKLSIQLQMNKEDKVWNDCKGVNKLTNLEEQYIILIFQNGLDPPANMVFESII . :... ::. . : . . ..:.: ..: .. .. ...:. KIAA17 WVSSDYLQEIQTQLEHS-----------VLSQHSKSSEFIFLELHNPVSQREELKLKDIM 300 310 320 330 340 590 600 610 620 KIAA07 NEIGIKNN----------ISNF--FAKIPFEEANGRLVACTRTYEESIKGSCGQKENKIK .::.: .. .. : : .. .:.. :. : : .: :.: KIAA17 TEISIISGELELSYPLSWVQAFPLFQNLSSKESSFIHYYCVSTCSFPA-GVAVAEEMKLK 350 360 370 380 390 400 630 640 650 660 670 KIAA07 TVSFESKIQLRSKQEFQFFDEEEETGENHTIFIGP------------VEKLIVYPPPPAK .:: :. . .: . :.... . .: .: :.:::::::::.: KIAA17 SVSQPSNTDA-AKPTYTFLQKQSSGCYSLSITSNPDEEWREVRHTGLVQKLIVYPPPPTK 410 420 430 440 450 460 680 690 700 710 720 730 KIAA07 GGISVTNEDLHCLNEGEFLNDVIIDFYLKYLVLEKLKKEDADRIHIFSSFFYKRLNQRER ::..::::::.::.:::::::::::::::::.::: . : ..: ::::::::: :...: KIAA17 GGLGVTNEDLECLEEGEFLNDVIIDFYLKYLILEKASDELVERSHIFSSFFYKCLTRKEN 470 480 490 500 510 520 740 750 760 770 780 790 KIAA07 R-NHETTNLSIQQKRHGRVKTWTRHVDIFEKDFIFVPLNEAAHWFLAVVCFPGLEKPKYE .... :::. :.:: ::.:::::..::.::.::::.::..::.:::.::: ::. :: KIAA17 NLTEDNPNLSMAQRRHKRVRTWTRHINIFNKDYIFVPVNESSHWYLAVICFPWLEEAVYE 530 540 550 560 570 580 800 810 820 830 840 850 KIAA07 PNPHYHENAVIQKCSTVEDSCISSSASEMESCSQNSSAKPVIKKMLNKKHCIAVIDSNPG : .. ::.:.:. KIAA17 DFP--------------------------QTVSQQSQAQ--------------------- 590 860 870 880 890 900 910 KIAA07 QEESDPRYKRNICSVKYSVKKINHTASENEEFNKGESTSQKVADRTKSENGLQNESLSST : ..: .:. : : :.. : : KIAA17 QSQND----------------------------------NKTID-----NDLRTTSTLS- 600 610 920 930 940 950 960 970 KIAA07 HHTDGLSKIRLNYSDESPEAGKMLEDELVDFSEDQDNQDDSSDDGFLADDNCSSEIGQWH :: :.:. :.: .. KIAA17 -----LS----------------------------------------AEDSQSTE-SNMS 620 630 980 990 1000 1010 1020 1030 KIAA07 LKPTICKQPCILLMDSLRGPSRSNVVKILREYLEVEWEVKKGSKRSFSKDVMKGSNPKVP . .::.::::..:::.. : .:.:. :::::::::::: ..:.::: : :::: KIAA17 VPKKMCKRPCILILDSLKAASVQNTVQNLREYLEVEWEVKLKTHRQFSKTNMVDLCPKVP 640 650 660 670 680 690 1040 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA07 QQNNFSDCGVYVLQYVESFFENPILSFELPMNLANWFPPPRMRTKREEIRNIILKLQEDQ .:.: ::::::.::::::::..::..::::..: .::: ..::::.::..::::. .: KIAA17 KQDNSSDCGVYLLQYVESFFKDPIVNFELPIHLEKWFPRHVIKTKREDIRELILKLHLQQ 700 710 720 730 740 750 1100 1110 1120 KIAA07 SKEKRKHKDTYSTEAPLGEGTEQCVNSISD .: KIAA17 QKGSSS 1126 residues in 1 query sequences 1986379 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:16:25 2008 done: Thu Dec 18 15:16:26 2008 Total Scan time: 0.710 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]