# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk05356.fasta.huge -Q ../query/KIAA0779.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0779, 320 aa vs ./tmplib.23663 library 1987185 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9343+/-0.00718; mu= -3.9953+/- 0.483 mean_var=209.9752+/-51.093, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 123 in 1/39 Lambda= 0.088510 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0481 ( 732 res) hm00132 ( 732) 1260 173.4 3e-44 KIAA1145 ( 467 res) hk10430 ( 467) 928 130.8 1.3e-31 >>KIAA0481 ( 732 res) hm00132 (732 aa) initn: 1185 init1: 862 opt: 1260 Z-score: 886.2 bits: 173.4 E(): 3e-44 Smith-Waterman score: 1260; 64.013% identity (86.624% similar) in 314 aa overlap (1-313:416-726) 10 20 30 KIAA07 AKVTGFSEGVVDSVKGGFSSFSQATHSAAG : ..::. :::..:::..:..:::::.: KIAA04 EIEQNGPSRQPKDVLRDMQQGLKDVGANVRAGISGFGGGVVEGVKGSLSGLSQATHTA-- 390 400 410 420 430 440 40 50 60 70 80 90 KIAA07 AVVSKPREIASLIRNKFGSADNIPNLKDSLEEGQVDDAGKALGVISNFQSSPKYGSEEDC :::::::.:::::::::::::: .::: ::.: ..:..::. ... :::::::...: KIAA04 -VVSKPREFASLIRNKFGSADNIAHLKDPLEDGPPEEAARALSGSATLVSSPKYGSDDEC 450 460 470 480 490 500 100 110 120 130 140 KIAA07 SSATSGSVGANSTTGGIAVGA-SSSKTNTLDMQSSGFDALLHEIQEIRETQARLEESFET :::...:.::.:..:. :: .: :.:.: ...::::.:..::.: :..::.:.: KIAA04 SSASASSAGAGSNSGAGPGGALGSPKSNALYGAPGNLDALLEELREIKEGQSHLEDSMED 510 520 530 540 550 560 150 160 170 180 190 200 KIAA07 LKEHYQRDYSLIMQTLQEERYRCERLEEQLNDLTELHQNEILNLKQELASMEEKIAYQSY :: . ::::. . : ::::::: :::::::::::::::::. ::::::::::::.::::: KIAA04 LKTQLQRDYTYMTQCLQEERYRYERLEEQLNDLTELHQNEMTNLKQELASMEEKVAYQSY 570 580 590 600 610 620 210 220 230 240 250 260 KIAA07 ERARDIQEALEACQTRISKMELQQQQQQVVQLEGLENATARNLLGKLINILLAVMAVLLV :::::::::.:.: ::..:.::::::::::::::.:::.:: ::::.::..::.:::::: KIAA04 ERARDIQEAVESCLTRVTKLELQQQQQQVVQLEGVENANARALLGKFINVILALMAVLLV 630 640 650 660 670 680 270 280 290 300 310 320 KIAA07 FVSTVANCVVPLMKTRNRTFSTLFLVVFIAFLWKHWDALFSYVERFFSSPR ::::.:: ..:::::: : :: .::. . .::::::.: .: KIAA04 FVSTIANFITPLMKTRLRITSTTLLVLVLFLLWKHWDSLTYLLEHVLLPS 690 700 710 720 730 >>KIAA1145 ( 467 res) hk10430 (467 aa) initn: 756 init1: 507 opt: 928 Z-score: 659.5 bits: 130.8 E(): 1.3e-31 Smith-Waterman score: 928; 53.287% identity (83.391% similar) in 289 aa overlap (32-320:189-467) 10 20 30 40 50 60 KIAA07 KVTGFSEGVVDSVKGGFSSFSQATHSAAGAVVSKPREIASLIRNKFGSADNIPNLKDSLE : .: ::.:.:::::::::::: .::.::: KIAA11 DAHVKSRTAPHCMESSKSGMPGVSLTPPVFVFNKSREFANLIRNKFGSADNIAHLKNSLE 160 170 180 190 200 210 70 80 90 100 110 120 KIAA07 EGQVDDAGKALGVISNFQSSPKYGSEEDCSSATSGSVGANSTTGGIAVGASSSKTNTLDM : . . ...: : ... ..:::::...:::.::::. .:.. . : ::: ::: KIAA11 EFRPEASARAYGGSATIVNKPKYGSDDECSSGTSGSADSNGNQSFGAGGAS-----TLDS 220 230 240 250 260 270 130 140 150 160 170 180 KIAA07 QSSGFDALLHEIQEIRETQARLEESFETLKEHYQRDYSLIMQTLQEERYRCERLEEQLND :.. . ..:.:..::..:::.: :..:.:: ...:.:..: ::::::::: ::::.::.: KIAA11 QGK-LAVILEELREIKDTQAQLAEDIEALKVQFKREYGFISQTLQEERYRYERLEDQLHD 280 290 300 310 320 330 190 200 210 220 230 240 KIAA07 LTELHQNEILNLKQELASMEEKIAYQSYERARDIQEALEACQTRISKMELQQQQQQVVQL ::.:::.: ::::::::.:::.:::.:::.::::::::.:::::::.::.::.::..: KIAA11 LTDLHQHETANLKQELASIEEKVAYQAYERSRDIQEALESCQTRISKLELHQQEQQALQT 340 350 360 370 380 390 250 260 270 280 290 300 KIAA07 EGLENATARNLLGKLINILLAVMAVLLVFVSTVANCVVPLMKTRNRTFSTLFLVVFIAFL . ...:. :::. ::..:: :.:.:: :::.:. : :.::.: . ..:.: :...:.. KIAA11 D---TVNAKVLLGRCINVILAFMTVILVCVSTIAKFVSPMMKSRCHILGTFFAVTLLAIF 400 410 420 430 440 310 320 KIAA07 WKHWDALFSYVERFFSSPR :.:: .. .::.. :: KIAA11 CKNWDHILCAIERMII-PR 450 460 320 residues in 1 query sequences 1987185 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:15:39 2008 done: Thu Dec 18 15:15:40 2008 Total Scan time: 0.350 Total Display time: 0.020 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]