# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk04860.fasta.huge -Q ../query/KIAA0766.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0766, 640 aa vs ./tmplib.23663 library 1986865 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.1821+/-0.00478; mu= 17.9940+/- 0.327 mean_var=76.5058+/-17.685, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 8 in 1/39 Lambda= 0.146631 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1925 ( 1147 res) fj02353(revised) (1147) 379 90.5 8.8e-19 KIAA1353 ( 640 res) fj01443 ( 640) 373 88.9 1.5e-18 >>KIAA1925 ( 1147 res) fj02353(revised) (1147 aa) initn: 219 init1: 93 opt: 379 Z-score: 429.0 bits: 90.5 E(): 8.8e-19 Smith-Waterman score: 379; 23.494% identity (55.221% similar) in 498 aa overlap (153-635:665-1141) 130 140 150 160 170 180 KIAA07 SFTPEERAARAGLGLCRLLALKGRGWGEGDFVYQCMEVLLREVLPEHVS--VLQGVDLSP .: .:.. . :.: : .. : : : :: KIAA19 SHINISALRASYKVALPVAKSKTPYTIAETLVKDCIKEVCLEMLGESAAKKVAQ-VPLSN 640 650 660 670 680 690 190 200 210 220 230 240 KIAA07 DITRQRILSIDRNLRNQLFNRARDFKAYSLALDDQAFVAYENYLLVFIRGVGPELEVQED : .:: . ....::... . : .:: ::. .: :::..: . ...:. 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KIAA13 DAAFSALTESKQKNLLGSGP-------AL-RLAVTSLIPRIEKLVKEKE 600 610 620 630 640 640 residues in 1 query sequences 1986865 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:15:11 2008 done: Thu Dec 18 15:15:12 2008 Total Scan time: 0.520 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]