# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ah04178.fasta.huge -Q ../query/KIAA0716.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0716, 1388 aa vs ./tmplib.23663 library 1986117 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.9539+/-0.00781; mu= -18.3826+/- 0.522 mean_var=434.2726+/-108.957, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 136 in 1/39 Lambda= 0.061545 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0299 ( 1907 res) hf00368 (1907) 4860 447.3 1.2e-125 KIAA0209 ( 1842 res) ha04649 (1842) 2000 193.4 3.3e-49 >>KIAA0299 ( 1907 res) hf00368 (1907 aa) initn: 3433 init1: 3112 opt: 4860 Z-score: 2347.6 bits: 447.3 E(): 1.2e-125 Smith-Waterman score: 5207; 56.634% identity (79.539% similar) in 1432 aa overlap (12-1384:463-1883) 10 20 30 40 KIAA07 GIFLGNNNQAMKATKESFCITSFLCSTKLTQNGDMLDLLKW ..::::: :.. : ::::::: :.: :::: KIAA02 FNNHALYLGLPCCKEDYNGCPNIPSSLIFQRSTKESFFISTQLSSTKLTQNVDLLALLKW 440 450 460 470 480 490 50 60 70 80 90 100 KIAA07 RTHPDKITGCLSKLKEIDGSEIVKFLQDTLDTLFGILDENSQKYGSKVFDSLVHIINLLQ .. ::.: :..:....: :::::::: ::::: :::.:..::: ::.::: :::::. 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KIAA02 SPQSGLDGSNSTLSGSASSGVSSLSESNFGHSSEAPPRTDTMDS-------MPSQAWNAD 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1320 1330 1340 1350 1360 KIAA07 EPVRKESKTPPPYSVYERTLRRPVPL-P---HSLS---IPVTS-EPPALPPKPLAARSSH : . . : ::. : .. . : :: :: .:::::::: : KIAA02 EDL-EPPYLPVHYSLSESAVLDSIKAQPCRSHSAPGCVIPQDPMDPPALPPKPYHPRLPA 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1370 1380 KIAA07 LEN--GARRTDPGPRPRPLPRKVSQL ::. :. . ::: : :: KIAA02 LEHDEGVLLREETERPRGLHRKAPLPPGSAKEEQARMAWEHGRGEQ 1870 1880 1890 1900 >>KIAA0209 ( 1842 res) ha04649 (1842 aa) initn: 2336 init1: 905 opt: 2000 Z-score: 975.4 bits: 193.4 E(): 3.3e-49 Smith-Waterman score: 2694; 37.825% identity (68.263% similar) in 1232 aa overlap (13-1231:607-1793) 10 20 30 40 KIAA07 GIFLGNNNQAMKATKESFCITSFLCSTKLTQNGDMLDLLKWR .... : :....:::::::: .: ::::: KIAA02 YLTLPSYRHHVENKGATLSRSSSSVGGLSVSSRDVFSISTLVCSTKLTQNVGLLGLLKWR 580 590 600 610 620 630 50 60 70 80 90 100 KIAA07 THPDKITGCLSKLKEIDGSEIVKFLQDTLDTLFGILDENSQ--KYGSKVFDSLVHIINLL .:. . : ::: .:: :.:::::::::.::.:. :.:: .: :::.:..::.:. KIAA02 MKPQLLQENLEKLKIVDGEEVVKFLQDTLDALFNIMMEHSQSDEYDILVFDALIYIIGLI 640 650 660 670 680 690 110 120 130 140 150 160 KIAA07 QDSKFHHFKPVMDTYIESHFAGALAYRDLIKVLKWYVDRITEAERQEHIQEVLKAQEYIF : ::.::. :...::..::...:::. :. ::: :.: ...:. : : ..::: ::.: KIAA02 ADRKFQHFNTVLEAYIQQHFSATLAYKKLMTVLKTYLDTSSRGEQCEPILRTLKALEYVF 700 710 720 730 740 750 170 180 190 200 210 220 KIAA07 KYIVQSRRLFSLATGGQNEEEFRCCIQELLMSVRFFLSQESKGSGALSQSQAVFLSSFPA :.::.:: ::: :... ::. ...:. :. ..... : . : :.. :. .:. KIAA02 KFIVRSRTLFSQLYEGKEQMEFEESMRRLFESINNLMKSQYKTTILL---QVAALKYIPS 760 770 780 790 800 810 230 240 250 260 270 280 KIAA07 VYSELLKLFDVREVANLVQDTLGSLPTILHVDDSLQAIKLQCIGKTVESQLYTNPDSRYI : .. .::.. ...:. . .: . .:: :.: ... :.:.:. . . : : KIAA02 VLHDVEMVFDAKLLSQLLYEFYTCIPPV-----KLQKQKVQSMNEIVQSNLFKKQECRDI 820 830 840 850 860 290 300 310 320 330 340 KIAA07 LLPVVLHHLHIHLQEQKDLIMCARILSNVFCLIKKNSSEKSVLEEIDVIVASLLDILLRT ::::. ..:. .: :::: : ..: .:. : :.:: .. :.. .. KIAA02 LLPVITKELK-ELLEQKDD-MQHQVLERKYCVELLN----SILEVLSYQDAAFTYHHIQE 870 880 890 900 910 920 350 360 370 380 390 400 KIAA07 ILEITSRPQPSSSAMRFQFQDVTGEFVACLLSLLRQMTDRHYQQLLDSFNTKEELRDFLL :. : . . . . ..::::. ..: :: :.::. ...:.:. :: :::. 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KIAA02 MTQFPNAEKMNTTSAPGDDVKNAPGQYIQCFTVQPVLDEHPRFKNKPVPDQIINFYKSNY 1400 1410 1420 1430 1440 1450 880 890 900 910 920 930 KIAA07 IWKFRYDRPFHKGTKDKENEFKSLWVERTSLYLVQSLPGISRWFEVEKREVVEMSPLENA . .:.:.:: ..:: : :::: :.:.::::. . .:::: ::::: . . .:::::: KIAA02 VQRFHYSRPVRRGTVDPENEFASMWIERTSFVTAYKLPGILRWFEVVHMSQTTISPLENA 1460 1470 1480 1490 1500 1510 940 950 960 970 980 990 KIAA07 IEVLENKNQQLKTLISQCQTRQMQNINPLTMCLNGVIDAAVNGGVSRYQEAFFVKEYILS ::.. . :... .:.: :. . ::::.: :::..: :: :: ..:..:::..::. . KIAA02 IETMSTANEKILMMINQYQSDETLPINPLSMLLNGIVDPAVMGGFAKYEKAFFTEEYVRD 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA07 HPEDGEKIARLRELMLEQAQILEFGLAVHEKFVPQDMRPLHKKLVDQFFVMKSSLGIQEF :::: .:...:..:. : .: :. .::: : ...::.: .. . : .: .. .:. KIAA02 HPEDQDKLTHLKDLIAWQIPFLGAGIKIHEKRVSDNLRPFHDRMEECFKNLKMKVE-KEY 1580 1590 1600 1610 1620 1060 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA07 SACMQASPVHFPNGSPRVCRNSAPASVSPDGTRVIPRRSPLSYPAVNRYSSSSLSSQASA .. ..:. . : : . : :. : . : .: ..: :. : :. .. 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KIAA02 SRKHEFMSDTNLSEHAAIPLKASVLSQMSF---ASQSMP-TIPALALSVAGIPGLDEANT 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1230 1240 1250 1260 1270 1280 KIAA07 SPSPAGRSPLKGSVQSFTPSPVEYHSPGLISNSPVLSGSYSSGISSLSRCSTSETSGFEN :: KIAA02 SPRLSQTFLQLSDGDKKTLTRKKVNQFFKTMLASKSAEEGKQIPDSLSTDL 1800 1810 1820 1830 1840 1388 residues in 1 query sequences 1986117 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:13:15 2008 done: Thu Dec 18 15:13:16 2008 Total Scan time: 0.780 Total Display time: 0.240 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]