# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh01062bmrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0708.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0708, 1753 aa vs ./tmplib.23663 library 1985752 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1057+/-0.00627; mu= 10.2235+/- 0.424 mean_var=191.7237+/-45.084, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 4 in 1/39 Lambda= 0.092627 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0076 ( 1701 res) ha00936 (1701) 3425 471.6 6.6e-133 KIAA0161 ( 326 res) ha02800 ( 326) 311 54.7 4.1e-08 KIAA0399 ( 2982 res) hg00651s2 (2982) 309 55.5 2.1e-07 KIAA1386 ( 1214 res) fj06274 (1214) 278 50.9 2.1e-06 >>KIAA0076 ( 1701 res) ha00936 (1701 aa) initn: 3952 init1: 3393 opt: 3425 Z-score: 2478.0 bits: 471.6 E(): 6.6e-133 Smith-Waterman score: 4516; 62.250% identity (81.942% similar) in 1102 aa overlap (154-1227:592-1681) 130 140 150 160 170 180 KIAA07 IITQELRDTLFRHSGIAPRTEPMPTTRTILMMLLNRYSEPPGSPERAALETPIIQGQDGS ..::. .. : . : .:. .: : KIAA00 LINCHVYKKYGPEALAGNQAYPSLLEAQEDVLLLDAQAQAKDSEDAAKVEAKEPPSQ--S 570 580 590 600 610 190 200 210 220 230 240 KIAA07 PELLIRSLV-G-GPSAELLLDLERVLCREGSPGGAVRPLLKRLQQETQPFLLLLRTLDAP :. .. :: : ::....:::::..: ::. . :.::: .::.. :::: :...::.: KIAA00 PNTPLQRLVEGYGPAGKILLDLEQALSSEGTQENKVKPLLLQLQRQPQPFLALMQSLDTP 620 630 640 650 660 670 250 260 270 280 290 300 KIAA07 GPNKTLLLSVLRVITRLLDFPEAMVLPWHEVLEPCLNCLSGPSSDSEIVQELTCFLHRLA :.:: :.:::.. .:.:::::..:::::... :. :: .:..: :..::: :::::. 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KIAA13 QGSNTSGSDTLSFPLLRAPAVDCGK-GHLFCWEC-LGEAHEPCDCQTWKNWLQKITEMKP 570 580 590 600 610 1460 1470 1480 1490 1500 KIAA07 ----GMS--VEAQSKHLAKLI-SKRCPSCQAPIEKNEGCLHMTCAKCNHGFCWRCLKSWK :.: : .. : : :: : .:..::.::::: :: ::::.. ::: ::. :: KIAA13 EELVGVSEAYEDAANCLWLLTNSKPCANCKSPIQKNEGCNHMQCAKCKYDFCWICLEEWK 620 630 640 650 660 670 1510 1520 1530 1540 KIAA07 PNHKD---YYNCS-------------AMVSKAARQEKRFQDYNERCTFH--HQAREFAVN . .. :: :. :. .: ...::::. .. .. . .: . . KIAA13 KHSSSTGGYYRCTRYEVIQHVEEQSKEMTVEAEKKHKRFQELDRFMHYYTRFKNHEHSYQ 680 690 700 710 720 730 1550 1560 1570 1580 1590 KIAA07 LRNRV------------SAIHEVPP--PRSFTFLNDACQGLEQARKVLAYACVYSFYSQD :..:. :..:. : . ::..:: . : ..:..: . :.:. . KIAA13 LEQRLLKTAKEKMEQLSRALKETEGGCPDT-TFIEDAVHVLLKTRRILKCSYPYGFFLEP 740 750 760 770 780 790 1600 1610 1620 1630 1640 1650 KIAA07 -AEYMDVVEQQTENLELHTNALQILLEETLLRCRDLASSLRLLRADCLSTGMELLRRIQE . .. : . .::. :. : ... :: . ....: :: KIAA13 KSTKKEIFELMQTDLEMVTEDLAQKVNRPYLR----TPRHKIIKAACLVQQKRQEFLASV 800 810 820 830 840 850 1660 1670 1680 1690 1700 1710 KIAA07 RLLAILQHSAQDFRVGLQSPSVEAWEAKGPNMPGSQPQASSGPEAEEEEEDDEDDVPEWQ KIAA13 ARGVAPADSPEAPRRSFAGGTWDWEYLGFASPEEYAEFQYRRRHRQRRRGDVHSLLSNPP 860 870 880 890 900 910 1753 residues in 1 query sequences 1985752 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:12:54 2008 done: Thu Dec 18 15:12:56 2008 Total Scan time: 0.950 Total Display time: 0.290 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]