# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk04486s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0697.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0697, 2486 aa vs ./tmplib.23663 library 1985019 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.4027+/-0.0127; mu= -30.6872+/- 0.858 mean_var=775.7463+/-186.172, 0's: 0 Z-trim: 23 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.046048 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 44, opt: 32, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1085 ( 584 res) hj07690 ( 584) 1166 94.3 1.2e-19 KIAA1250 ( 1777 res) pf01137 (1777) 639 59.7 9.3e-09 KIAA1223 ( 1089 res) pg00513 (1089) 577 55.4 1.1e-07 KIAA0379 ( 1059 res) hh00505s1 (1059) 500 50.3 3.9e-06 KIAA0957 ( 693 res) hj05670 ( 693) 384 42.4 0.0006 KIAA0229 ( 1180 res) ha02570 (1180) 352 40.5 0.0038 KIAA1636 ( 1864 res) ff02660 (1864) 349 40.5 0.0061 >>KIAA1085 ( 584 res) hj07690 (584 aa) initn: 824 init1: 412 opt: 1166 Z-score: 444.4 bits: 94.3 E(): 1.2e-19 Smith-Waterman score: 1166; 36.645% identity (63.355% similar) in 614 aa overlap (1880-2469:1-583) 1850 1860 1870 1880 1890 1900 KIAA06 SSPTTTTSSSASTVPGTSTNGSPSSPSVRRQLFVTVVKTSNATTTTVTTTASNNNTAPTN :::. : ::: .:......:. .. :. 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KIAA10 SNSEPAPLTLTSPRMVAADNQDTSNLPQLAVPAPRVSH---RMQPRGSFYSMVPNATIHQ 140 150 160 170 180 190 2090 2100 2110 2120 2130 KIAA06 SSVAVLSVNHIKR--PHSVPSSVQLPSTLSTQSACQNSVHPANKPIAPNFSAPLPFGPFS . ... .: . :.. :..::: :... ... : ..:::: . :.:. :. :: KIAA10 DPQSIFVTNPVTLTPPQGPPAAVQLSSAVNIMNGSQMHINPANKSLPPTFGPATLFNHFS 200 210 220 230 240 250 2140 2150 2160 2170 2180 2190 KIAA06 TLFENSPTSAHAFWGGSVVSSQSTPESMLSGKSSYLPNSDPLH----QSDTSKAPGFRPP .::..: . :. :: . .::. . .. .. .:..: :: : . :.::::::::: KIAA10 SLFDSSQVPANQGWGDGPLSSRVATDASFTVQSAFLGNSVLGHLENMHPDNSKAPGFRPP 260 270 280 290 300 310 2200 2210 2220 2230 2240 2250 KIAA06 LQRPAPSPSGIVNMDSPYGSVTPSSTH--LGNFASNISGGQMY--GPGAPLGGAPAAANF :: . :: :. ..: : :: .:::. :..: :.: : ... :: ::.: .:. : KIAA10 SQRVSTSPVGLPSID-PSGS-SPSSSSAPLASF-SGIPGTRVFLQGP-APVG-TPS---F 320 330 340 350 360 2260 2270 2280 2290 2300 KIAA06 NRQHFSPLSLLTPCSSASN--DSSAQSVSSGVRAPSPAPSSVP-LGSEKPSNVSQDRKVP ::::::: : .:::: :: ::::: .: : :. : ::. : ..:::::.: KIAA10 NRQHFSP----HPWTSASNSCDSPIPSVSSGSSSPLSATSAPPTLGQPKGVSASQDRKIP 370 380 390 400 410 420 2310 2320 2330 2340 2350 2360 KIAA06 VPIGTERSARIRQTGTSAPSVIGSNLSTSVGHSGIWSFEGIGGNQDKVD-WCNPGMGNPM :::::: ::::: :. : . :... . ::::::::: :... .. .. : . ::: KIAA10 PPIGTERLARIRQGGSVAQAPAGTSFVAPVGHSGIWSF-GVNAVSEGLSGWSQSVMGNHP 430 440 450 460 470 480 2370 2380 2390 2400 2410 2420 KIAA06 IHRPMSDPGVFSQHQAMERDSTGIVTPSGTFHQHVPAGYMDFPKVGGMPFSVYGNAMIPP .:. .:::..::::: ::::..:.:.::. ::: . .:..:: : :.:.:.::...:: KIAA10 MHQQLSDPSTFSQHQPMERDDSGMVAPSNIFHQPMASGFVDFSK--GLPISMYGGTIIPS 490 500 510 520 530 2430 2440 2450 2460 2470 2480 KIAA06 VAPIPDGAGGPIFNGPHAADPSWNSLIKMVSSSTENNGPQTV-WTGPWAPHMNSVHMNQL . : :::.::: : ::.:: .::....::: . : : : KIAA10 HPQLADVPGGPLFNGLHNPDPAWNPMIKVIQNSTECTDAQQVKWA 540 550 560 570 580 KIAA06 G >>KIAA1250 ( 1777 res) pf01137 (1777 aa) initn: 418 init1: 268 opt: 639 Z-score: 249.1 bits: 59.7 E(): 9.3e-09 Smith-Waterman score: 639; 32.381% identity (64.286% similar) in 420 aa overlap (231-646:24-440) 210 220 230 240 250 260 KIAA06 VKLLLAHKADVNAQSSTGNTALTYACAGGYVDVVKVLLESGASIEDHNENGHTPLMEAGS . ..:.:::. .....:: :.:::: :. KIAA12 LQLSVKMSVLISQSVINYVEEENIPALKALLEKCKDVDERNECGQTPLMIAAE 10 20 30 40 50 270 280 290 300 310 320 KIAA06 AGHVEVARLLLENGAGINTHSNEFKESALTLACYKGHLEMVRFLLEAGADQEHKTDEMHT :..:... :..:::. : .. . . .:: : .::...:. ::. :.. ::. : KIAA12 QGNLEIVKELIKNGANCNLEDLD-NWTALISASKEGHVHIVEELLKCGVNLEHRDMGGWT 60 70 80 90 100 110 330 340 350 360 370 380 KIAA06 ALMEACMDGHVEVARLLLDSGAQVNMPADSFESPLTLAACGGHVELAALLIERGASLEEV ::: ::. :...:..:::. ::. .. . :. :: ::.... ::.. ::... KIAA12 ALMWACYKGRTDVVELLLSHGANPSVTGLYSVYPIIWAAGRGHADIVHLLLQNGAKVNCS 120 130 140 150 160 170 390 400 410 420 430 440 KIAA06 NDEGYTPLMEAAREGHEEMVALLLGQGANINAQTEETQETALTLACCGGFLEVADFLIKA . : :::. :::.:: : : ::..::... : .. ::: .: ::. . . ..: KIAA12 DKYGTTPLVWAARKGHLECVKHLLAMGADVD-QEGANSMTALIVAVKGGYTQSVKEILKR 180 190 200 210 220 230 450 460 470 480 490 KIAA06 GADIEL---GCSTPLMEAAQEGHLELVKYLLAAGANVHATTATGDTALTYACENGHTDVA . ...: .: :: :..::: :.:. :: ::. :. .:::.: : ..::.... KIAA12 NPNVNLTDKDGNTALMIASKEGHTEIVQDLLDAGTYVNIPDRSGDTVLIGAVRGGHVEIV 240 250 260 270 280 290 500 510 520 530 540 550 KIAA06 DVLLQAGADLEHESEGGRTPLMKAARAGHVCTVQFLISKGANVNRTTANNDHTVLSLACA .::: ::.. ... ..: :. :.. :.. :. ... . ... : ... : : : KIAA12 RALLQKYADIDIRGQDNKTALYWAVEKGNATMVRDILQCNPDTEICTKDGE-TPLIKATK 300 310 320 330 340 350 560 570 580 590 600 610 KIAA06 GGHLAVVELLLAHGADPTHRLKDGSTMLIEAAKGGHTSVVCYLLDYPNNLLSAPPPDVTQ .. :::::: .:: . : :.: : : .: ... :: :.. :. . KIAA12 MRNIEVVELLLDKGAKVSAVDKKGDTPLHIAIRGRSRKLAELLLRNPKDGRLLYRPNKAG 360 370 380 390 400 410 620 630 640 650 660 670 KIAA06 LTPPSHDLNRAPRVPVQALPMV-VPPQEPDKPPANVATTLPIRNKAASKQKSSSHLPANS :: . : .. . .: . . : : : KIAA12 ETPYNIDCSHQKSILTQIFGARHLSPTETDGDMLGYDLYSSALADILSEPTMQPPICVGL 420 430 440 450 460 470 >>KIAA1223 ( 1089 res) pg00513 (1089 aa) initn: 1172 init1: 283 opt: 577 Z-score: 229.5 bits: 55.4 E(): 1.1e-07 Smith-Waterman score: 901; 32.716% identity (60.957% similar) in 648 aa overlap (112-745:262-880) 90 100 110 120 130 KIAA06 PEVLRRLTSSVSCALDEAAAALTRMRAESTANAGQSDN---RSLAEACSEGDVNAVRKLL :: ...:. .: : : ...: :: KIAA12 EIEDAHGHTPLTLAARQGHTKVVNCLIGCGANINHTDQDGWTALRSAAWGGHTEVVSALL 240 250 260 270 280 290 140 150 160 170 180 190 KIAA06 IEGRSVNEHTEEGESLLCLACSAGYYELAQVLLAMHANVEDRGIKGDITSLMAAANGGHV : .:. .....: : .:. ... :: :.:. .: :.:.::: :: KIAA12 YAGVKVDCADADSRTVLRAAAWGGHEDIVLNLLQHGAEVNKADNEGR-TALIAAAYMGHR 300 310 320 330 340 350 200 210 220 230 240 250 KIAA06 KIVKLLLAHKADVNAQSSTGNTALTYA--C---AGGYVDVVKVLLESGASIEDHNENGHT .::. :: : :.:: .. : :::. : : . :...::..:.. :: .. ...: : KIAA12 EIVEHLLDHGAEVNHEDVDGRTALSVAALCVPASKGHASVVSLLIDRGAEVDHCDKDGMT 360 370 380 390 400 410 260 270 280 290 300 310 KIAA06 PLMEAGSAGHVEVARLLLENGAGINTHSNEFKESALTLACYKGHLEMVRFLLEAGADQEH ::. :. :::.:. ::::.:: .. :... .. : : :: .: :: :: . KIAA12 PLLVAAYEGHVDVVDLLLEGGADVD-HTDNNGRTPLLAAASMGHASVVNTLLFWGAAVDS 420 430 440 450 460 320 330 340 350 360 370 KIAA06 KTDEMHTALMEACMDGHVEVARLLLDSGAQVNMPADSFESPLTLAACGGHVELAALLIER .: .:.: : .:.:::.: ::: : . : :. .:: .:: :: . :::. KIAA12 IDSEGRTVLSIASAQGNVEVVRTLLDRGLDENHRDDAGWTPLHMAAFEGHRLICEALIEQ 470 480 490 500 510 520 380 390 400 410 420 430 KIAA06 GASLEEVNDEGYTPLMEAAREGHEEMVALLLGQGANINAQTEETQETALTLACCGGFLEV :: .:....: :.. :..::: . : .:: . .::. : ..:: .: : .. KIAA12 GARTNEIDNDGRIPFILASQEGHYDCVQILLENKSNID-QRGYDGRNALRVAALEGHRDI 530 540 550 560 570 580 440 450 460 470 480 KIAA06 ADFLIKAGADIELGCST----PLMEA-AQEGHLELVKYLLAAGANVHATTATGDTALTYA ...:.. :::.. :. : . : :..: ...:.: ::::.:. : : ::: . KIAA12 VELLFSHGADVN--CKDADGRPTLYILALENQLTMAEYFLENGANVEASDAEGRTALHVS 590 600 610 620 630 640 490 500 510 520 530 540 KIAA06 CENGHTDVADVLLQAGADLEHESEGGRTPLMKAARAGHVCTVQFLISKGANVNRTTANND : .:: ....::. ::.. .. :. :..:: ::: .::.:: .:: :..: :. KIAA12 CWQGHMEMVQVLIAYHADVNAADNEKRSALQSAAWQGHVKVVQLLIEHGAVVDHTC-NQG 650 660 670 680 690 700 550 560 570 580 590 600 KIAA06 HTVLSLACAGGHLAVVELLLAHGADPTHRLKDGSTMLIEAAKGGHTSVVCYLLDYPNNLL :.: .: ::. ::..:: :::::.: . : : . :::.::.... : : . : KIAA12 ATALCIAAQEGHIDVVQVLLEHGADPNHADQFGRTAMRVAAKNGHSQIIKLLEKYGASSL 710 720 730 740 750 760 610 620 630 640 650 660 KIAA06 SAPPPDVTQLTPPSHDLNRAPRVPVQALPMVVPPQEPDKPPANVATTLPIRNKAASKQKS .. :. : : ... : .:.: : .. .. . ... : : KIAA12 NGCSPS------PVHTMEQKP---LQSLSSKVQSL-------TIKSNSSGSTGGGDMQPS 770 780 790 800 670 680 690 700 710 720 KIAA06 SSHLPANSQDVQGYITNQSPESIVEEAQGKLTELEQRIKEAIEKNAQLQSLE-LAHADQL :: :. ..::.: :.. ...:. .. .: . ::..:.. : :. . KIAA12 LRGLP-NGPTHAFSSPSESPDSTVDRQKSSLS--NNSLKSS--KNSSLRTTSSTATAQTV 810 820 830 840 850 860 730 740 750 760 770 780 KIAA06 TKEKIEELNKTREEQIQKKQKILEELQKVERELQLKTQQQLKKQYLEVKAQRIQLQQQQQ .....:. : ::::. KIAA12 PIDSFHNLSFT--EQIQQHSLPRSRSRQSIVSPSSTTQSLGQSHNSPSSEFEWSQVKPSL 870 880 890 900 910 920 >>KIAA0379 ( 1059 res) hh00505s1 (1059 aa) initn: 1048 init1: 313 opt: 500 Z-score: 202.0 bits: 50.3 E(): 3.9e-06 Smith-Waterman score: 817; 26.630% identity (53.444% similar) in 1089 aa overlap (108-1176:2-973) 80 90 100 110 120 130 KIAA06 AFADPEVLRRLTSSVSCALDEAAAALTRMRAESTANA--GQSDNRSLAEACSEGDVNAVR ::.:: : :. ::..: .:: . :: KIAA03 GAEATAMAFLKLRDQPSLVQAIFNGDPDEVR 10 20 30 140 150 160 170 180 190 KIAA06 KLLIEGRSVNEHTEEGESLLCLACSAGYYELAQVLLAMHANVEDRGIKGDITSLMAAANG :... ..:: . .: .. : : : :. ..:. : :. . : .: : :. . KIAA03 ALIFKKEDVNFQDNEKRTPLHAAAYLGDAEIIELLILSGARVNAKDSKW-LTPLHRAVAS 40 50 60 70 80 90 200 210 220 230 240 250 KIAA06 GHVKIVKLLLAHKADVNAQSSTGNTALTYACAGGYVDVVKVLLESGASIEDHNENGHTPL . :..:: :.:::::.... .: : : :. : ...:. .... .. :.: : KIAA03 CSEEAVQVLLKHSADVNARDKNWQTPLHIAAANKAVKCAEALVPLLSNVNVSDRAGRTAL 100 110 120 130 140 150 260 270 280 290 300 310 KIAA06 MEAGSAGHVEVARLLLENGAGINTHSNEFKESALTLACYKGHLEMVRFLLEAGADQEHKT .:. .:: :...::: ::.::. ... . :. : : ::.:.:..:. ::. : KIAA03 HHAAFSGHGEMVKLLLSRGANINAFDKK-DRRAIHWAAYMGHIEVVKLLVSHGAEVTCKD 160 170 180 190 200 320 330 340 350 360 370 KIAA06 DEMHTALMEACMDGHVEVARLLLDSGAQVNMPADSFESPLTLAACGGHVELAALLIERGA . .: : : .: . :.. ::: :...: : ..:: .: .:. .. ::. :: KIAA03 KKSYTPLHAAASSGMISVVKYLLDLGVDMNEPNAYGNTPLHVACYNGQDVVVNELIDCGA 210 220 230 240 250 260 380 390 400 410 420 430 KIAA06 SLEEVNDEGYTPLMEAAREGHEEM-VALLLGQGANINAQTEETQETALTLACCGGFLEVA ... :..:.::: :: : . . ::.:.::..: .... . : : .. : . . KIAA03 IVNQKNEKGFTPLHFAAASTHGALCLELLVGNGADVNMKSKDGK-TPLHMTALHGRFSRS 270 280 290 300 310 320 440 450 460 470 480 KIAA06 DFLIKAGADIELGC-----STPLMEAAQEGHLELVKYLLAAGANVHATTATGDTALTYAC . .:..:: :. : .::: ::. :: :.. :...::.. : : : KIAA03 QTIIQSGAVID--CEDKNGNTPLHIAARYGHELLINTLITSGADTAKRGIHGMFPLHLAA 330 340 350 360 370 380 490 500 510 520 530 540 KIAA06 ENGHTDVADVLLQAGADLEHESEGGRTPLMKAARAGHVCTVQFLISKGANVNRTTANNDH .: .: ::..: :.. .. ::: : :: .:.. ...:.. ::. :. . . KIAA03 LSGFSDCCRKLLSSGFDIDTPDDFGRTCLHAAAAGGNLECLNLLLNTGADFNKKD-KFGR 390 400 410 420 430 440 550 560 570 580 590 600 KIAA06 TVLSLACAGGHLAVVELLLAHGADPTHRLKDGSTMLIEAAKGGHTSVVCYLLDYPNNLLS . : : :. . . :.. ::. . . : : : :: . :. : :.: :: KIAA03 SPLHYAAANCNYQCLFALVGSGASVNDLDERGCTPLHYAATSD-TDGKC--LEY---LLR 450 460 470 480 490 610 620 630 640 650 660 KIAA06 APPPDVTQLTPPSHDLNRAPRVPVQALPMVVPPQEPDKPPANVATTLPIRNKAASKQKSS .: : : :: :. .. .:: .. KIAA03 -------------NDAN---------------PGIRDKQGYNA-----VHYSAAYGHRLC 500 510 520 670 680 690 700 710 720 KIAA06 SHLPANSQDVQGYITNQSPESIVEEAQGKLTELEQRIKEAIEKNAQLQSLELAHADQLTK .: :....: ... :..: :.. .... .. : .. :.:: KIAA03 LQL----------IASETPLDVLMETSG--TDM---LSDS-DNRATISPLHLA------- 530 540 550 560 730 740 750 760 770 780 KIAA06 EKIEELNKTREEQIQKKQKILEELQKVERELQLKTQQQLKKQYLEVKAQRIQLQQQQQQS . ... :: : :. :.: .... . :.. : . ... KIAA03 ------------AYHGHHQALEVL--VQSLLDLDVRNSSGRTPLDLAAFKGHVE------ 570 580 590 600 790 800 810 820 830 840 KIAA06 CQHLGLLTPVGVGEQLSEGDYARLQQVDPVLLKDEPQQTAAQMGFAPIQPLAMPQALPLA : . .: .. : .. :: .:: : ..:: : . : . .: : KIAA03 C--VDVL--INQGASILVKDY---------ILKRTPIHAAATNGHSECLRLLIGNAEPQN 610 620 630 640 650 850 860 870 880 890 900 KIAA06 AGPLPPGSIANLTELQGVIVGQPVLGQAQLAGLGQGILTETQQGLMVASPAQTLNDTLDD : . :. :: : . : : . . . ..: : . . .: KIAA03 AVDIQDGN------------GQTPLMLSVLNGHTDCVYSLLNKGANVDAKDKWGRTALHR 660 670 680 690 910 920 930 940 950 960 KIAA06 IMAVSGRASAMSNTPTHSIAASISQPQTPTPSPIISP-------SAMLPIYPAIDIDAQT ::.:. .. :. . . . :: . . .:.: ..: . : KIAA03 -GAVTGHEECVDALLQHGAKCLLRDSRGRTPIHLSAACGHIGVLGALLQSAASMDANPAT 700 710 720 730 740 750 970 980 990 1000 1010 1020 KIAA06 ESNHD-TALTLACAGGHEELVQTLLERGASIEHRDKKGFTPLILAATAGHVGVVEILLDN .:: ::: :: .::: :. :::. ... . ..:.:: :. . :..:.:.:. KIAA03 ADNHGYTALHWACYNGHETCVELLLEQ-EVFQKTEGNAFSPLHCAVINDNEGAAEMLIDT 760 770 780 790 800 810 1030 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA06 -GADIEAQSERTKDTPLSLACSGGRQEVVELLLARGANKEHRNVSDYTPLSLAASGGYVN ::.: .. ::: : . : ..:::...:. . . . ::: .:: .: .: KIAA03 LGASIVNATDSKGRTPLHAAAFTDHVECLQLLLSHNAQVNSVDSTGKTPLMMAAENGQTN 820 830 840 850 860 870 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA06 IIKILLN-AGAEINSRTGSKLGISPLMLAAMNGHTAAVKLLLDMGSDINAQIETNR--NT ...:.. :.::.. . .:: . : :: .:: ... :.:. .: : :: .: KIAA03 TVEMLVSSASAELTLQDNSK--NTALHLACSKGHETSALLILEKITDRNLINATNAALQT 880 890 900 910 920 930 1140 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA06 ALTLACFQGRTEVVSLLLDRKANVEHRAKTGLTPLMEAASGGYAEVGRVLLDKGADVNAP : .: .: : ::. :: . :.: ..: :: . : KIAA03 PLHVAARNGLTMVVQELLGKGASVLAVDENGYTPALACAPNKDVADCLALILATMMPVSS 940 950 960 970 980 990 1200 1210 1220 1230 1240 1250 KIAA06 PVPSSRDTALTIAADKGHYKFCELLIGRGAHIDVRNKKGNTPLWLAANGGHLDVVQLLVQ KIAA03 SSPLSSLTFNAINRYTNTSKTVSFEALPIMRNEPSSYCSFNNIGGEQEYLYTDVDELNDS 1000 1010 1020 1030 1040 1050 >>KIAA0957 ( 693 res) hj05670 (693 aa) initn: 340 init1: 200 opt: 384 Z-score: 162.7 bits: 42.4 E(): 0.0006 Smith-Waterman score: 438; 27.886% identity (54.885% similar) in 563 aa overlap (289-831:15-538) 260 270 280 290 300 310 KIAA06 GSAGHVEVARLLLENGAGINTHSNEFKESALTLACYKGHLEMVRFLLEAGADQEHKTDEM : .: :::. : : :.. :: . : . 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