# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk04006s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0695.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0695, 781 aa vs ./tmplib.23663 library 1986724 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6135+/-0.0057; mu= 12.1255+/- 0.386 mean_var=124.0204+/-30.579, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 80 in 1/39 Lambda= 0.115167 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0617 ( 786 res) hg03834 ( 786) 984 175.3 2.1e-44 KIAA1406 ( 571 res) fg03519s1 ( 571) 229 49.7 9.8e-07 >>KIAA0617 ( 786 res) hg03834 (786 aa) initn: 1336 init1: 380 opt: 984 Z-score: 889.1 bits: 175.3 E(): 2.1e-44 Smith-Waterman score: 1711; 38.156% identity (69.526% similar) in 781 aa overlap (46-781:14-786) 20 30 40 50 60 70 KIAA06 TAATSQQQQLKNKSILISSVASVHHANGLAKSSTTVSSFANSKPGSAK--KLVIKNFKDK ....:.:..... :: : :. :. : KIAA06 HRRRGARPEAAAGEGTSTMSNLSKGT-GSRKDTKMRIRAF--P 10 20 30 40 80 90 100 110 120 130 KIAA06 PKLPENYTDETWQKLKEAVEAIQNSTSIKYNLEELYQAVENLCSYKISANLYKQLRQICE . :.:.. :. ::.:.. :: ... ..::::. . .. .: . .:: ::.. KIAA06 MTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVT 50 60 70 80 90 100 140 150 160 170 180 190 KIAA06 DHIKAQIHQFREDSLDSVL--FLKKIDRCWQNHCRQMIMIRSIFLFLDRTYVLQNSMLPS .:. :.. ::: :.:. ::. ... :..: :.:::.:....::.:: ::.. . KIAA06 EHL---INKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIRDILMYMDRVYVQQNNV-EN 110 120 130 140 150 200 210 220 230 240 KIAA06 IWDMGLELFRAHIISDQKVQNKTIDGILLLIERERNGEAIDRSLLRSLLSMLSDL----- ....:: .:: ... .... . .: .: :::.::..::. .:. .:: : KIAA06 VYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDRGAIRNACQMLMILGLEGR 160 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 KIAA06 QIYQDSFEQRFLEETNRLYAAEGQKLMQEREVPEYLHHVNKRLEEEADRLITYLDQTTQK ..:...:: ::: . ... :.::.. : . :...:. :..:: .:.. ::..:.. KIAA06 SVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEARINEEIERVMHCLDKSTEE 220 230 240 250 260 270 310 320 330 340 350 360 KIAA06 SLIATVEKQLLGEHLTAILQ---KGLNNLLDENRIQDLSLLYQLFSRVRGGVQVLLQQWI .. .::..:...:. .:.. .:: ..: ... .::. .:.::::: .:.... . 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KIAA14 FSFSPEREIRNVELLKLRFGEAPMHFCEVMLKDMADSRRINANIRE--EDEKRPAEEQPP 280 290 300 310 320 330 550 560 570 580 590 600 KIAA06 --LTVNILTMGYWPTYVPMEVHLPPEMVKLQEIFKTFYLGKHSGRKLQWQSTLGHCVLKA . . ::. .:: . ....: .. : . : .. : :.:. ::: .. . 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