# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk03987s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0694.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0694, 595 aa vs ./tmplib.23663 library 1986910 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.6118+/-0.00504; mu= 17.0789+/- 0.344 mean_var=98.2579+/-23.344, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 27 in 1/39 Lambda= 0.129387 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1058 ( 2095 res) hh12146s1 (2095) 548 113.6 1.6e-25 KIAA0571 ( 683 res) hh02388 ( 683) 143 37.4 0.0047 KIAA1200 ( 1403 res) fg02656 (1403) 142 37.6 0.0083 >>KIAA1058 ( 2095 res) hh12146s1 (2095 aa) initn: 1525 init1: 449 opt: 548 Z-score: 550.0 bits: 113.6 E(): 1.6e-25 Smith-Waterman score: 1630; 47.241% identity (71.552% similar) in 580 aa overlap (1-575:26-569) 10 20 30 KIAA06 PAMAGERTRRFTRSLLRPGQA-AELRHSAASAAAV : : ... : .::. . . :... :. . : KIAA10 LACLCLARPGTRSCSSCRLSDLRFQPRMQADKCRTSSRSVKKELVIESPLQYKDAAQGEV 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 KIAA06 AVSSRQQQRQEKPRLLEPLDYETVIEELEKTYRNDPLQDLLFFPSDDFSAATVSWDIRTL . : ::.:.::::::.:: . . :: :...:.:: :::..: . . : . 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