# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk02748.fasta.huge -Q ../query/KIAA0681.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0681, 538 aa vs ./tmplib.23663 library 1986967 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8059+/-0.00617; mu= 19.3001+/- 0.421 mean_var=137.8552+/-31.896, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.109235 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1798 ( 781 res) fj20547 ( 781) 2037 332.4 7.2e-92 KIAA1617 ( 904 res) fj13890 ( 904) 445 81.7 2.6e-16 KIAA1106 ( 1154 res) fg01888 (1154) 210 44.8 4.2e-05 KIAA1050 ( 829 res) hh03308 ( 829) 192 41.7 0.00025 KIAA0535 ( 1047 res) hg03847 (1047) 193 42.0 0.00025 KIAA0835 ( 1167 res) hj05861 (1167) 192 42.0 0.0003 >>KIAA1798 ( 781 res) fj20547 (781 aa) initn: 2564 init1: 1603 opt: 2037 Z-score: 1741.2 bits: 332.4 E(): 7.2e-92 Smith-Waterman score: 2052; 54.234% identity (74.595% similar) in 555 aa overlap (1-534:242-774) 10 20 30 KIAA06 QKAITAPVSLFQDSQAVTHNKNGFKLGMKL .::...:..::.. :. .::::::.:::: KIAA17 RKRRGDSAVLKQGLPPKGKKAWCWASYLEEEKAVAVPAKLFKEHQSFPYNKNGFKVGMKL 220 230 240 250 260 270 40 50 60 70 80 90 KIAA06 EGIDPQHPSMYFILTVAEVCGYRLRLHFDGYSECHDFWVNANSPDIHPAGWFEKTGHKLQ ::.::.: :.: .::::::::::..:::::::.:.::::::.. ::::.:: :::::::. 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