# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk02635.fasta.huge -Q ../query/KIAA0677.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0677, 1073 aa vs ./tmplib.23663 library 1986432 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2090+/-0.00633; mu= 10.7218+/- 0.432 mean_var=130.1872+/-31.408, 0's: 0 Z-trim: 8 B-trim: 109 in 1/39 Lambda= 0.112406 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0780 ( 1100 res) hk05362 (1100) 2041 343.2 1.2e-94 KIAA0876 ( 1119 res) hh03683 (1119) 2010 338.2 3.9e-93 KIAA0234 ( 1512 res) ha02764 (1512) 453 85.8 4.9e-17 KIAA1286 ( 1214 res) hh11961(revised) (1214) 384 74.5 9.7e-14 KIAA0239 ( 849 res) ha06313 ( 849) 366 71.5 5.7e-13 KIAA0215 ( 857 res) ha02776 ( 857) 360 70.5 1.1e-12 KIAA1807 ( 702 res) fk00712 ( 702) 351 68.9 2.7e-12 KIAA0783 ( 899 res) hk05408 ( 899) 277 57.0 1.3e-08 >>KIAA0780 ( 1100 res) hk05362 (1100 aa) initn: 3910 init1: 2040 opt: 2041 Z-score: 1791.3 bits: 343.2 E(): 1.2e-94 Smith-Waterman score: 3839; 55.215% identity (77.129% similar) in 1045 aa overlap (12-1030:57-1054) 10 20 30 40 KIAA06 LKGPQKGGKMASESET-LNPSARIMTFYPTMEEFRNFSRYI .: :. :::: .:::: :.:::::.:..:. 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KIAA07 ----------------EVSDEVDGAEV-PNPDSVTDDLKVSEKSEAAVKLRNTEASSEEE 450 460 470 480 460 470 480 490 500 510 KIAA06 EDGLTFP---DYSDSTEVKFEELKNVKLEEEDEEEEQEAAALDLSVNPASVGGRLVFSGS .. . . :: ... . .... :. . :...: : :: : : KIAA07 SSASRMQVEQNLSDHIKLSGNSCLSTSVTEDIKTEDDKAYAYR-SVPSIS---------S 490 500 510 520 530 520 530 540 550 560 KIAA06 KKKSSSSLGSGSSRDSISSDSETS---EPLSCRAQGQT-GVLT------VHSYAKGDGRV . .: :..: . :. :: : : :: . ... :::: :.:...: . 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KIAA07 EEDGTSLLISCAKCCVRVHASCYGIPSHEICDGWLCARCKRNAWTAECCLCNLRGGALKQ 770 780 790 800 810 820 800 810 820 830 840 850 KIAA06 ANDDRWVHVSCAVAILEARFVNIAERSPVDVSKIPLPRFKLKCIFCKKRRKRTAGCCVQC .....:.:: ::::. :.::.:. ::. .::..::: :.:::::::..: ::..: :.:: KIAA07 TKNNKWAHVMCAVAVPEVRFTNVPERTQIDVGRIPLQRLKLKCIFCRHRVKRVSGACIQC 830 840 850 860 870 880 860 870 880 890 900 910 KIAA06 SHGRCPTAFHVSCAQAAGVMMQPDDWPFVVFITCFRHKI-PNLERAKGALQSITAGQKVI :.::::..:::.::.::::.:.:::::.:: :::::::. ::. ..:. . :..:: :: KIAA07 SYGRCPASFHVTCAHAAGVLMEPDDWPYVVNITCFRHKVNPNV-KSKACEKVISVGQTVI 890 900 910 920 930 920 930 940 950 960 970 KIAA06 SKHKNGRFYQCEVVRLTTETFYEVNFDDGSFSDNLYPEDIVSQDCLQFGPPAEGEVVQVR .::.: :.:.:.:. .:..::::: ::::::: . .::::::.:::..:::::::::::. 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KIAA08 ERKKKSFGLLPPQLPPPPAHFPSEEALWLPSPLEPPVLGPGPAAMEESPLPAPLNVVPPE 480 490 500 510 520 530 510 520 530 540 550 560 KIAA06 LVFSGSKKKSSSSLGSGSSRDSISSDSETSEPLSCRAQGQTGVLTVHSYAKGDGRVTVGE . . : . .. . ..: .::. . . .. . . . . KIAA08 VPSEELEAKPRPIIPMLYVVPRPGKAAFNQEHVSCQQAFEHFAQKGPTWKEPVSPMELTG 540 550 560 570 580 590 570 580 590 600 610 620 KIAA06 PCTRKKGSAA-RSFSERELAEVADEYMFSLEENKKSKGRRQPLSKLPRHHPL-VLQECVS : .:.: : .. . .: :: . . .:.::.::.. : . :: :... .: KIAA08 PEDGAASSGAGRMETKARAGEGQAPSTFSKLKMEIKKSRRHPLGRPPTRSPLSVVKQEAS 600 610 620 630 640 650 630 640 650 660 670 680 KIAA06 DDETSEQLTPEEEAEETEAWAKPLSQLWQNRPPNFEAEKEFNETMAQQAPHCAVCMIF-- .:: . .. ::.. . .: :: :.:: .:.::..:: . :. :.::.: .: KIAA08 SDEEASPFSGEEDVSDPDALRPLLSLQWKNRAASFQAERKFNAAAARTEPYCAICTLFYP 660 670 680 690 700 710 690 700 710 720 730 KIAA06 -----QTYHQVEFGGFNQNCGNASDLAPQKQRTKPLIPEMCFTSTGCSTDINLSTPYLEE :: ... .......: :. . ..:.:.:::::::::: : .:. .. :. . KIAA08 YCQALQTEKEAPIASLGEGCP-ATLPSKSRQKTRPLIPEMCFTSGGENTEPLPANSYIGD 720 730 740 750 760 770 740 750 760 770 780 790 KIAA06 DGTSILVSCKKCSVRVHASCYGVPPAKASEDWMCSRCSANALEEDCCLCSLRGGALQRAN :::: :..: :: ..:::::::. : ..: : ::::.:.: .::::.::::::: .. KIAA08 DGTSPLIACGKCCLQVHASCYGIRPELVNEGWTCSRCAAHAWTAECCLCNLRGGALQMTT 780 790 800 810 820 830 800 810 820 830 840 850 KIAA06 DDRWVHVSCAVAILEARFVNIAERSPVDVSKIPLPRFKLKCIFCKKRRKRTAGCCVQCSH : ::.:: ::.:. ::::.:. :: :::.: :: :.::::..:.:: :...: :.:::. KIAA08 DRRWIHVICAIAVPEARFLNVIERHPVDISAIPEQRWKLKCVYCRKRMKKVSGACIQCSY 840 850 860 870 880 890 860 870 880 890 900 910 KIAA06 GRCPTAFHVSCAQAAGVMMQPDDWPFVVFITCFRHKIPNLERAKGALQSITAGQKVISKH .: :.:::.::.::::.:.:::::.:: :::..:: . .: :.... :: ::.:. KIAA08 EHCSTSFHVTCAHAAGVLMEPDDWPYVVSITCLKHKSGG--HAVQLLRAVSLGQVVITKN 900 910 920 930 940 950 920 930 940 950 960 970 KIAA06 KNGRFYQCEVVRLTTETFYEVNFDDGSFSDNLYPEDIVSQDCLQFGPPAEGEVVQVRWTD .:: .:.:.:. ...: :::::::::.:::::::.:.:.::.:.:::.:::.:..:::: KIAA08 RNGLYYRCRVIGAASQTCYEVNFDDGSYSDNLYPESITSRDCVQLGPPSEGELVELRWTD 960 970 980 990 1000 1010 980 990 1000 1010 1020 1030 KIAA06 GQVYGAKFVASHPIQMYQVEFEDGSQLVVKRDDVYTLDEELPKRVKSRLSVASDMRFNEI :..: :::..: ..:::::::::::.::: :..::.:::::::.::::... . KIAA08 GNLYKAKFISSVTSHIYQVEFEDGSQLTVKRGDIFTLEEELPKRVRSRLSLSTGAPQEPA 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1040 1050 1060 1070 KIAA06 FTEKEVKQEKKRQRVINSRYREDYIEPALYRAIME :. .:.: : : :: . :: . : :..: KIAA08 FSGEEAKAAK-RPRVGTPLATEDSGRSQDYVAFVESLLQVQGRPGAPF 1080 1090 1100 1110 >>KIAA0234 ( 1512 res) ha02764 (1512 aa) initn: 522 init1: 450 opt: 453 Z-score: 397.8 bits: 85.8 E(): 4.9e-17 Smith-Waterman score: 455; 33.607% identity (62.705% similar) in 244 aa overlap (93-313:354-593) 70 80 90 100 110 120 KIAA06 KPRASYDDIDDLVIPAPIQQLVTGQSGLFTQYNIQKKAMTVREFRKIANSDKYCTPRYSE .:..:. . . :. :: . : . KIAA02 IPRGIWRCPKCILAECKQPPEAFGFEQATQEYSLQSFGEMADSFK----SDYFNMPVHMV 330 340 350 360 370 130 140 150 KIAA06 FEEL-ERKYWKNLT-FNPPI---YGADVNGTLY----------------EKH--VDEWNI :: :...:. .. .. . ::::... . ::. .. ::. 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KIAA02 FPRAYHSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPAGRQCIEHYRRLRRYCVFSHEELICKMAAFPE 560 570 580 590 600 610 340 350 360 370 380 390 KIAA06 LWKAGKDNTVIDHTLPTPEAAEFLKESELPPRAGNEEECPEEDMEGVEDGEEGDLKTSLA KIAA02 TLDLNLAVAVHKEMFIMVQEERRLRKALLEKGVTEAEREAFELLPDDERQCIKCKTTCFL 620 630 640 650 660 670 >>KIAA1286 ( 1214 res) hh11961(revised) (1214 aa) initn: 364 init1: 198 opt: 384 Z-score: 338.5 bits: 74.5 E(): 9.7e-14 Smith-Waterman score: 384; 37.500% identity (65.972% similar) in 144 aa overlap (737-878:231-370) 710 720 730 740 750 760 KIAA06 QKQRTKPLIPEMCFTSTGCSTDINLSTPYLEEDGTSILVSCKKCSVRVHASCYGVPPAKA : ...... : :.. :: ::::: KIAA12 EKESYLESRSSGAQQSLIDEDAFCCVCLDDECHNSNVILFCDICNLAVHQECYGVPYIPE 210 220 230 240 250 260 770 780 790 800 810 820 KIAA06 SEDWMCSRC-SANALEEDCCLCSLRGGALQRANDDRWVHVSCAVAILEARFVNIAERSPV .. :.: : .. . :: :: .:::.....: .:.:: ::. : :. :.: . :. KIAA12 GQ-WLCRCCLQSPSRPVDCILCPNKGGAFKQTSDGHWAHVVCAIWIPEVCFANTVFLEPI 270 280 290 300 310 830 840 850 860 870 880 KIAA06 D-VSKIPLPRFKLKCIFCKKRRKRTAGCCVQCSHGRCPTAFHVSCAQAAGVMMQPDDWPF . ...:: :.:: : .:: .. : .:: . : :::::.::: ::..:. KIAA12 EGIDNIPPARWKLTCYICK---QKGLGAAIQCHKVNCYTAFHVTCAQRAGLFMKIEPMRE 320 330 340 350 360 370 890 900 910 920 930 940 KIAA06 VVFITCFRHKIPNLERAKGALQSITAGQKVISKHKNGRFYQCEVVRLTTETFYEVNFDDG KIAA12 TSLNGTIFTVRKTAYCEAHSPPGAATARRKGDSPRSISETGDEEGLKEGDGEEEEEEEVE 380 390 400 410 420 430 >>KIAA0239 ( 849 res) ha06313 (849 aa) initn: 270 init1: 114 opt: 366 Z-score: 324.7 bits: 71.5 E(): 5.7e-13 Smith-Waterman score: 366; 34.742% identity (56.808% similar) in 213 aa overlap (738-939:270-466) 710 720 730 740 750 760 KIAA06 KQRTKPLIPEMCFTSTGCSTDINLSTPYLEEDGTSILVSCKKCSVRVHASCYGVPPAKAS :::. .: : ::.: :: .:::. . .. 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KIAA02 YELVEPAEVAERLDLAEALVDFIYQYWKLKRKANANQPLLTPKTDEVDNLAQQEQDVLYR 470 480 490 500 510 520 >>KIAA0215 ( 857 res) ha02776 (857 aa) initn: 251 init1: 107 opt: 360 Z-score: 319.4 bits: 70.5 E(): 1.1e-12 Smith-Waterman score: 360; 31.604% identity (57.547% similar) in 212 aa overlap (738-943:246-449) 710 720 730 740 750 760 KIAA06 KQRTKPLIPEMCFTSTGCSTDINLSTPYLEEDGTSILVSCKKCSVRVHASCYGVPPAKAS :.:.. .: : ::.: :: .:::. :. KIAA02 NMNHAIETEEGLGIEYDEDVICDVCRSPDSEEGND-MVFCDKCNVCVHQACYGI--LKVP 220 230 240 250 260 270 770 780 790 800 810 820 KIAA06 E-DWMCSRCSANALEEDCCLCSLRGGALQRANDD-RWVHVSCAVAILEARFVNIAERSPV : .:.: : . . .: :: .::::. .. .:.:::::. : :. .. . :. KIAA02 EGSWLCRSCVLG-IYPQCVLCPKKGGALKTTKTGTKWAHVSCALWIPEVSIACPERMEPI 280 290 300 310 320 330 830 840 850 860 870 880 KIAA06 D-VSKIPLPRFKLKCIFCKKRRKRTAGCCVQCSHGRCPTAFHVSCAQAAGVMMQP--DDW .:.:: :. : : .:: . .: :.::: : :::::.:: :. :. :. KIAA02 TKISHIPPSRWALVCNLCKLK----TGACIQCSIKSCITAFHVTCAFEHGLEMKTILDEG 340 350 360 370 380 890 900 910 920 930 940 KIAA06 PFVVFIT-CFRHKIPNLERAKGALQSITAGQKVISKHKNGRFYQCEVVRLTTETFYEVNF : : . :..:. . ... : .. .: .. . .. .: : . : KIAA02 DEVKFKSYCLKHSQNRQKLGEAEYPHHRAKEQSQAKSEKTSLRAQKLRELEEEFYSLVRV 390 400 410 420 430 440 950 960 970 980 990 1000 KIAA06 DDGSFSDNLYPEDIVSQDCLQFGPPAEGEVVQVRWTDGQVYGAKFVASHPIQMYQVEFED .: KIAA02 EDVAAELGMPTLAVDFIYNYWKLKRKSNFNKPLFPPKEDEENGLVQPKEESIHTRMRMFM 450 460 470 480 490 500 >>KIAA1807 ( 702 res) fk00712 (702 aa) initn: 240 init1: 91 opt: 351 Z-score: 312.6 bits: 68.9 E(): 2.7e-12 Smith-Waterman score: 351; 36.111% identity (58.333% similar) in 180 aa overlap (738-906:75-244) 710 720 730 740 750 760 KIAA06 KQRTKPLIPEMCFTSTGCSTDINLSTPYLEEDGTSILVSCKKCSVRVHASCYGVPPAKAS :::. .: : ::.. :: .:::. :. 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KIAA07 DIDKLRPVTLTEMNYSKYGAKECSFCEDPRFARTGVCISCDAGMCRAYFHVTCAQKEGLL 430 440 450 460 470 480 880 890 900 910 920 930 KIAA06 MQP---DDWPFVVFITCFRHKIPNLERAKGALQSITAGQKVISKHKNGRFYQCEVVRLTT . .: : : .: KIAA07 SEAAAEEDIADPFFAYCKQHADRLDRKWKRKNYLALQSYCKMSLQEREKQLSPEAQARIN 490 500 510 520 530 540 1073 residues in 1 query sequences 1986432 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:11:43 2008 done: Thu Dec 18 15:11:44 2008 Total Scan time: 0.700 Total Display time: 0.270 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]