# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk02346.fasta.huge -Q ../query/KIAA0669.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0669, 825 aa vs ./tmplib.23663 library 1986680 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.0282+/-0.0134; mu= -31.3595+/- 0.903 mean_var=823.9264+/-196.921, 0's: 0 Z-trim: 12 B-trim: 5 in 1/39 Lambda= 0.044682 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1994 ( 1117 res) bh00052 (1117) 613 55.4 4e-08 KIAA0754 ( 1174 res) hh06485 (1174) 346 38.2 0.0063 >>KIAA1994 ( 1117 res) bh00052 (1117 aa) initn: 794 init1: 337 opt: 613 Z-score: 237.7 bits: 55.4 E(): 4e-08 Smith-Waterman score: 1032; 31.624% identity (53.276% similar) in 1053 aa overlap (20-820:105-1115) 10 20 30 40 KIAA06 LLTAAGLRPQRRLGLCLWGPVLCPPRFPTGPRGAGVPLCPPA----FFT : : : :.. .: : :: ... 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