# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk01952.fasta.huge -Q ../query/KIAA0661.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0661, 1030 aa vs ./tmplib.23663 library 1986475 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9702+/-0.00947; mu= -5.3425+/- 0.639 mean_var=418.3762+/-101.090, 0's: 0 Z-trim: 20 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.062703 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1081 ( 1003 res) bg00262 (1003) 338 45.6 3.8e-05 KIAA1167 ( 834 res) hj01786(revised) ( 834) 285 40.7 0.00095 KIAA1118 ( 1165 res) hk07196(revised) (1165) 251 37.8 0.0099 >>KIAA1081 ( 1003 res) bg00262 (1003 aa) initn: 250 init1: 104 opt: 338 Z-score: 184.2 bits: 45.6 E(): 3.8e-05 Smith-Waterman score: 360; 22.326% identity (55.749% similar) in 748 aa overlap (230-955:248-957) 200 210 220 230 240 250 KIAA06 ASSSEEVELELQGRMEFSKAAVSRVVEASDRLQRRVEELCQRVYSRGDSEP-LSEAAQAH :.:: ...: :. : .:: ..: .. . 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