# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh18335.fasta.huge -Q ../query/KIAA0654.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0654, 1267 aa vs ./tmplib.23663 library 1986238 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.2950+/-0.0111; mu= -14.4825+/- 0.750 mean_var=554.5585+/-132.944, 0's: 0 Z-trim: 16 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.054463 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0897 ( 419 res) hk09524 ( 419) 1849 160.4 5.5e-40 KIAA1230 ( 932 res) fh06860s1 ( 932) 356 43.5 0.00019 KIAA0445 ( 1919 res) hg00102s1 (1919) 304 39.8 0.0053 >>KIAA0897 ( 419 res) hk09524 (419 aa) initn: 1838 init1: 1759 opt: 1849 Z-score: 809.8 bits: 160.4 E(): 5.5e-40 Smith-Waterman score: 1849; 66.749% identity (85.961% similar) in 406 aa overlap (850-1251:1-406) 820 830 840 850 860 870 KIAA06 SEGTPDSLHKAPKKKSIKSSIGRLFGKKEKGRMGPPGRDSSSLAGTPSDETLAT-DPLGL ::. .::... .: .. .:. 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KIAA12 --------TSVPEE----FHTTILQVSIPSLLPATVSMETSEKSK-------LTPKPETS 320 330 340 350 680 690 700 710 720 730 KIAA06 VQTLAIMLQEQLEAINKEIKLIQEEKETTEQRAEELESRVSSSGLDSLGRYRSSCSLPPS . ... ..: :. . : : ...:. ::: .. : . KIAA12 FE-------------ENDGNIILGATVDTQLCDKLLTSSLQKSS--SLGNLKKETSDGEK 360 370 380 390 400 740 750 760 770 780 KIAA06 LTTSTLASPSPPSSGHSTPRLAPPSPAREGTDKANHVPKEEAGAPRGEG--PAIPGDTPP : . . :. .. : : :... . : ... . :.: . 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KIAA04 LRLQEQAALETEDGEGLQQTLRDLAQAVLSDSESGVQL-SGSERT-ADASNGS-LRGLSG 340 350 360 370 380 390 40 50 60 70 80 90 KIAA06 DRAGPRPLPGAPPGPPTPPHVPPAAQLRPQPPRTRQARTAAMMCEVMPT--ISEDGRRGS .:. : : . :: :. :. : .. : :.. .. .. . :: KIAA04 QRT-PSPPRRSSPGRGRSPRRGPS-------PACSDSSTLALIHSALHKRQLQVQDMRGR 400 410 420 430 440 100 110 120 130 KIAA06 ALGPDEAGGELERLMVTMLTER---ERLLETLREAQDGLATAQ-------LRLRE----L . .. : :.. . .:: :. :. ::. :: :. ::: : KIAA04 YEASQDLLGTLRKQLSDSESERRALEEQLQRLRDKTDGAMQAHEDAQREVQRLRSANELL 450 460 470 480 490 500 140 150 160 170 180 KIAA06 GHEKDSLQRQLSIALPQ---------EFAALTKELNLCREQLLEREEEI----AELKAER ..::..: ..:..: : .. : .:: :..: :..:. :... : KIAA04 SREKSNLAHSLQVAQQQAEELRQEREKLQAAQEELRRQRDRLEEEQEDAVQDGARVRREL 510 520 530 540 550 560 190 200 210 220 230 240 KIAA06 NNTRLLLEHLE---CLVSRHERSLRMTVVKRQAQSPGGVSSEVEVLKALKSLFEHHKALD . .. ::.:: ..... .: .. . : . ..:: .:: . . :. 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KIAA04 QAL--SLKESEKTALSEKLMGTRHSLATISLEMERQKRDAQSRQEQDRSTVNALTSELRD 970 980 990 1000 1010 1020 1267 residues in 1 query sequences 1986238 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:10:51 2008 done: Thu Dec 18 15:10:52 2008 Total Scan time: 0.790 Total Display time: 0.130 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]