# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj03994.fasta.huge -Q ../query/KIAA0648.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0648, 851 aa vs ./tmplib.23663 library 1986654 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8389+/-0.0062; mu= 6.3020+/- 0.421 mean_var=152.3016+/-36.617, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.103925 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0979 ( 1483 res) hj07056s1 (1483) 3433 527.4 4.5e-150 >>KIAA0979 ( 1483 res) hj07056s1 (1483 aa) initn: 3479 init1: 3401 opt: 3433 Z-score: 2786.2 bits: 527.4 E(): 4.5e-150 Smith-Waterman score: 3476; 62.253% identity (83.391% similar) in 861 aa overlap (1-846:513-1362) 10 20 30 KIAA06 LYYLYASLDPNAVKALNEMWKCQNMLRSHV ::::::.:: ::::::::::::::.:: .: KIAA09 NSIDDRLLVERIFAQYMVPHNLETTERMKCLYYLYATLDLNAVKALNEMWKCQNLLRHQV 490 500 510 520 530 540 40 50 60 70 80 90 KIAA06 RELLDLHKQPTSEANCSAMFGKLMTIAKNLPDPGKAQDFVKKFNQVLGDDEKLRSQLELL ..:::: ::: ..:. .:.:.:.:.:..:::::::::::.:::.::: ::::.:.:::.: KIAA09 KDLLDLIKQPKTDASVKAIFSKVMVITRNLPDPGKAQDFMKKFTQVLEDDEKIRKQLEVL 550 560 570 580 590 600 100 110 120 130 140 150 KIAA06 ISPTCSCKQADICVREIARKLANPKQPTNPFLEMVKFLLERIAPVHIDSEAISALVKLMN .:::::::::. :::::..::.::::::::::::.:::::::::::::.:.::::.: .: KIAA09 VSPTCSCKQAEGCVREITKKLGNPKQPTNPFLEMIKFLLERIAPVHIDTESISALIKQVN 610 620 630 640 650 660 160 170 180 190 200 210 KIAA06 KSIEGTADDEEEGVSPDTAIRSGLELLKVLSFTHPTSFHSAETYESLLQCLRMEDDKVAE :::.::::::.::: : :::.::::::::::::: :::::::.:::: ::.:.:.:::: KIAA09 KSIDGTADDEDEGVPTDQAIRAGLELLKVLSFTHPISFHSAETFESLLACLKMDDEKVAE 670 680 690 700 710 720 220 230 240 250 260 270 KIAA06 AAIQIFRNTGHKIETDLPQIRSTLIPILHQKAKRGTPHQAKQAVHCIHAIFTNKEVQLAQ ::.:::.::: ::: :.:.:::.:.:.::.:.:.: :.::: :.:::::::..::.:.:: KIAA09 AALQIFKNTGSKIEEDFPHIRSALLPVLHHKSKKGPPRQAKYAIHCIHAIFSSKETQFAQ 730 740 750 760 770 780 280 290 300 310 320 330 KIAA06 IFEPLSRSLNADVPEQLITPLVSLGHISMLAPDQFASPMKSVVANFIVKDLLMNDRSTGE ::::: .::. . :.::::::..:::..:::::::.:.::.::.::::::::::: :. KIAA09 IFEPLHKSLDPSNLEHLITPLVTIGHIALLAPDQFAAPLKSLVATFIVKDLLMNDRLPGK 790 800 810 820 830 840 340 350 360 370 380 390 KIAA06 KNGKLWSPDEEVSPEVLAKVQAIKLLVRWLLGMKNNQSKSANSTLRLLSAMLVSEGDLTE :. ::: ::::::::...:.::::..::::::::::.:::..::::::...: :.::::: KIAA09 KTTKLWVPDEEVSPETMVKIQAIKMMVRWLLGMKNNHSKSGTSTLRLLTTILHSDGDLTE 850 860 870 880 890 900 400 410 420 430 440 450 KIAA06 QKRISKSDMSRLRLAAGSAIMKLAQEPCYHEIITPEQFQLCALVINDECYQVRQIFAQKL : .::: :::::::::::::.::::::::::::: ::.:::::.::::::::::.::::: KIAA09 QGKISKPDMSRLRLAAGSAIVKLAQEPCYHEIITLEQYQLCALAINDECYQVRQVFAQKL 910 920 930 940 950 960 460 470 480 490 500 510 KIAA06 HKALVKLLLPLEYMAIFALCAKDPVKERRAHARQCLLKNISIRREYIKQNPMATEKLLSL ::.: .: :::::::: :::::::::::::::::::.:::..::::.::. ..:::::: KIAA09 HKGLSRLRLPLEYMAICALCAKDPVKERRAHARQCLVKNINVRREYLKQHAAVSEKLLSL 970 980 990 1000 1010 1020 520 530 540 550 560 570 KIAA06 LPEYVVPYMIHLLAHDPDFTRSQDVDQLRDIKECLWFMLEVLMTKNENNSHAFMKKMAEN :::::::: :::::::::... ::..::.:.::::::.::.::.:::::::::..::.:: KIAA09 LPEYVVPYTIHLLAHDPDYVKVQDIEQLKDVKECLWFVLEILMAKNENNSHAFIRKMVEN 1030 1040 1050 1060 1070 1080 580 590 600 610 620 630 KIAA06 IKLTRDAQSPDESKTNEKLYTVCDVALCVINSKSALCNADSPKDPVLPMKFFTQPEKDFC :: :.:::.::..: :::::::::::. .: :::. . .:::::::: .:::::.:.: KIAA09 IKQTKDAQGPDDAKMNEKLYTVCDVAMNIIMSKSTTYSLESPKDPVLPARFFTQPDKNFS 1090 1100 1110 1120 1130 1140 640 650 660 670 680 690 KIAA06 NDKSYISEETRVLLLTGKPKPAGVLGAVNKPLSATGRKPYVRSTGTETGSNINVNSELNP : :.:. : . .. :::: ..::::::::::..:.. ..:. :: :: . .: :: KIAA09 NTKNYLPPEMKSFFTPGKPKTTNVLGAVNKPLSSAGKQSQTKSSRMETVSNASSSS--NP 1150 1160 1170 1180 1190 1200 700 710 720 730 740 750 KIAA06 STGNRSREQSSEAAETGVSENEENPVRIISVTPVKNIDPVKNKEINSDQATQGNISSDRG :. .: . . ...: ::::. . : : :. : :. .:: . .... . :: KIAA09 SSPGRIKGRL-DSSEMDHSENEDYTMS--SPLPGKKSD----KRDDSDLV-RSELEKPRG 1210 1220 1230 1240 1250 760 770 780 790 KIAA06 KKRTVTAAGAENIQQKTDEK-VDESGPPAPSKPRRGRRPKSES-----------QGNATK .:.: .. :.. . : :.:. : . .. :. . ::: . . . KIAA09 RKKTPVTEQEEKLGMDDLTKLVQEQKPKGSQRSRKRGHTASESDEQQWPEEKRLKEDILE 1260 1270 1280 1290 1300 1310 800 810 820 830 840 850 KIAA06 NDD-LNKPINKGRKRAAVGQESPGGL--EAGNAKAPKLQDLAKKAAPAERQIDLQR :.: :.: .:: ::. . :: : . :. : . :.. :: .. KIAA09 NEDEQNSPPKKG-KRGRPPKPLGGGTPKEEPTMKTSKKGSKKKSGPPAPEEEEEEERQSG 1320 1330 1340 1350 1360 1370 KIAA09 NTEQKSKSKQHRVSRRAQQRAESPESSAIESTQSTPQKGRGRPSKTPSPSQPKKNVRVGR 1380 1390 1400 1410 1420 1430 851 residues in 1 query sequences 1986654 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:10:38 2008 done: Thu Dec 18 15:10:38 2008 Total Scan time: 0.600 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]